140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_03185 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010717  PXO_03185  DNA-binding protein  100 
 
 
153 aa  295  1e-79  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1726  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  62.3 
 
 
124 aa  150  5e-36  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.442577  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1793  DNA-binding protein  61.48 
 
 
124 aa  150  7e-36  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0526  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  66.67 
 
 
127 aa  148  2e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.280908 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3562  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  40.88 
 
 
139 aa  93.2  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.626821  normal  0.684238 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1957  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  37.4 
 
 
121 aa  73.2  0.000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00140882  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1545  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  38.02 
 
 
105 aa  70.9  0.000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.718681  normal  0.0365604 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1024  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  40.87 
 
 
105 aa  70.5  0.000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0737742  normal  0.814079 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1651  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  39.02 
 
 
107 aa  67.4  0.00000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0439  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  36.89 
 
 
107 aa  67  0.00000000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.0000352276  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1863  regulator protein, putative  34.68 
 
 
112 aa  64.7  0.0000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  unclonable  0.0000000371113  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3068  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  50 
 
 
122 aa  65.1  0.0000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.280777  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3069  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  30.66 
 
 
130 aa  63.9  0.0000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.39515  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3107  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  34.68 
 
 
106 aa  62.4  0.000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4229  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  34.45 
 
 
108 aa  62  0.000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.289876  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4136  hypothetical protein  35.54 
 
 
132 aa  61.6  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0019  H-NS histone family  38.82 
 
 
141 aa  61.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0798  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  30.33 
 
 
119 aa  58.5  0.00000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.835916  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1370  nucleoid protein H-NS  40 
 
 
115 aa  58.9  0.00000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.620152  normal 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4056  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  33.88 
 
 
105 aa  58.2  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0002  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  33.7 
 
 
131 aa  58.2  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.0049965  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2525  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  35.43 
 
 
105 aa  57.4  0.00000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  9.16284e-21  normal  0.0335348 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5596  nucleoid protein H-NS  41.94 
 
 
102 aa  56.6  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.16143  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3349  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  35.54 
 
 
105 aa  56.6  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.340557 
 
 
-
 
NC_003296  RS02604  putative HNS-like transcription regulator protein  54.39 
 
 
102 aa  55.1  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00414449  normal  0.0842767 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2782  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  54.76 
 
 
102 aa  54.7  0.0000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0983316  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3156  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  37.19 
 
 
105 aa  54.3  0.0000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.116532  normal  0.477373 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4162  hypothetical protein  30.58 
 
 
247 aa  54.3  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2738  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  49.02 
 
 
139 aa  53.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.789792  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3677  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  40.66 
 
 
102 aa  53.1  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.166379 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4385  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  29.75 
 
 
105 aa  53.1  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0118502  normal  0.891502 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4238  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  51.02 
 
 
102 aa  52.4  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4348  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  51.02 
 
 
102 aa  52.4  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.513312 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1489  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  28.23 
 
 
115 aa  52.8  0.000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2961  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  31.97 
 
 
104 aa  52.4  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0570093 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1517  HNS family histone-like protein  30.33 
 
 
104 aa  51.2  0.000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.632748  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0169  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  30.33 
 
 
104 aa  51.2  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.485688 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4578  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  43.01 
 
 
121 aa  49.7  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02525  DNA binding protein, nucleoid-associated  38.78 
 
 
134 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1014  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  38.78 
 
 
134 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02489  hypothetical protein  38.78 
 
 
134 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3911  DNA binding protein, nucleoid-associated  38.78 
 
 
134 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.268261 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1986  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  27.56 
 
 
105 aa  48.9  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000114439  normal  0.0153833 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4886  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  47.46 
 
 
114 aa  48.9  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.602991  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3212  DNA binding protein, nucleoid-associated  38.78 
 
 
134 aa  48.9  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0838  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  36.63 
 
 
94 aa  49.3  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2949  DNA binding protein, nucleoid-associated  38.78 
 
 
134 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1037  DNA binding protein, nucleoid-associated  38.78 
 
 
134 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2789  DNA binding protein, nucleoid-associated  38.78 
 
 
134 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.338985 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2585  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  35.78 
 
 
130 aa  48.9  0.00003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000212728  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0116  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  40.66 
 
 
100 aa  48.9  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2913  DNA binding protein, nucleoid-associated  41.25 
 
 
133 aa  48.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3102  DNA binding protein, nucleoid-associated  41.25 
 
 
133 aa  48.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.669725  normal  0.844597 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5155  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  32.14 
 
 
97 aa  48.1  0.00004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.336859  normal  0.425922 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4285  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  33.9 
 
 
97 aa  48.5  0.00004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2980  DNA binding protein, nucleoid-associated  41.25 
 
 
133 aa  48.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.681217  normal  0.158314 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0441  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  30.59 
 
 
124 aa  48.1  0.00004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.940607  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2945  DNA binding protein, nucleoid-associated  41.25 
 
 
133 aa  48.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.14201 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2997  DNA binding protein, nucleoid-associated  41.25 
 
 
133 aa  48.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.185251  normal  0.0364479 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2804  DNA binding protein, nucleoid-associated  37.76 
 
 
134 aa  47.8  0.00005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2290  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  35.64 
 
 
112 aa  47.8  0.00006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3149  DNA binding protein, nucleoid-associated  38.82 
 
 
134 aa  47.8  0.00006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000000112797  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3493  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  47.83 
 
 
113 aa  47  0.00009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.572012  normal  0.600215 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6382  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  33.93 
 
 
589 aa  46.6  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.493779  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_7372  H-NS family DNA-binding protein  34.45 
 
 
104 aa  46.2  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1351  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  29.84 
 
 
130 aa  45.8  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0110439  hitchhiker  0.00767889 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1150  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  35.71 
 
 
99 aa  45.8  0.0002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4730  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  41.11 
 
 
121 aa  45.8  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.167387  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2856  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  29.6 
 
 
130 aa  45.8  0.0002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6347  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  36.28 
 
 
516 aa  45.4  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0000113528  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2060  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  29.73 
 
 
91 aa  45.1  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0796579  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0099  H-NS histone family protein  47.73 
 
 
101 aa  44.7  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003852  DNA-binding protein H-NS  34.21 
 
 
135 aa  45.1  0.0004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0195644  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6005  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  32.61 
 
 
103 aa  44.7  0.0005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0208  H-NS histone family protein  47.73 
 
 
101 aa  44.7  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00707733  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1136  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  40.32 
 
 
104 aa  44.3  0.0005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00265311  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0126  H-NS histone family protein  47.73 
 
 
101 aa  44.7  0.0005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4934  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  45.24 
 
 
103 aa  44.7  0.0005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0398  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  50.98 
 
 
100 aa  44.7  0.0005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1616  H-NS histone family protein  47.73 
 
 
101 aa  44.7  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4321  putative HNS-like transcriptional regulator  50.98 
 
 
100 aa  44.3  0.0006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1341  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  58.54 
 
 
74 aa  44.3  0.0006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.000011697  hitchhiker  0.000659538 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1730  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  50 
 
 
72 aa  44.3  0.0006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.386763  normal  0.64236 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4282  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  43.18 
 
 
100 aa  43.9  0.0007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0105949  normal  0.0174683 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01827  hypothetical protein  37.18 
 
 
135 aa  44.3  0.0007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2135  putative DNA-binding protein  34.78 
 
 
79 aa  43.9  0.0008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.45202  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3806  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  33.62 
 
 
100 aa  43.9  0.0008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0101066  hitchhiker  0.00273603 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4935  putative H-NS histon-like DNA-binding protein  42.62 
 
 
104 aa  43.9  0.0009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.529231  normal  0.833407 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0569  HNS-like transcription regulator protein  45.28 
 
 
100 aa  43.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.147609  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0088  DNA-binding protein BprA  50 
 
 
101 aa  43.5  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3224  DNA-binding protein BprA  50 
 
 
101 aa  43.5  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3984  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  52.5 
 
 
117 aa  43.5  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.49889  normal  0.888803 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6191  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  36.14 
 
 
102 aa  43.5  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.299615  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2075  DNA-binding protein BprA  45.28 
 
 
100 aa  43.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0585602  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2072  H-NS histone family protein  45.28 
 
 
96 aa  43.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0755  H-NS histone family protein  45.28 
 
 
100 aa  43.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0220992  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00711  putative HNS-like transcription regulator protein  45.28 
 
 
96 aa  42.4  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000172984  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0843  DNA-binding protein BprA  45.65 
 
 
96 aa  42.4  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.277711  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1144  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  32.22 
 
 
98 aa  43.1  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.439674  normal  0.582774 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5080  Ler  52.78 
 
 
123 aa  42.7  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0343561 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>