70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3068 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3068  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  100 
 
 		 122 aa  246  8e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.280777  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3069  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  55.37 
 
 		 130 aa  134  6.0000000000000005e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.39515  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2738  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  44.54 
 
 		 139 aa  100  6e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.789792  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03185  DNA-binding protein  50.85 
 
 		 153 aa  63.9  0.0000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1793  DNA-binding protein  53.06 
 
 		 124 aa  61.6  0.000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1726  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  51.02 
 
 		 124 aa  61.2  0.000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.442577  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1545  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  33.04 
 
 		 105 aa  61.2  0.000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.718681  normal  0.0365604 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0169  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  35.14 
 
 		 104 aa  60.5  0.000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.485688 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4162  hypothetical protein  31.53 
 
 		 247 aa  60.8  0.000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1517  HNS family histone-like protein  35.14 
 
 		 104 aa  60.5  0.000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.632748  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1863  regulator protein, putative  34.62 
 
 		 112 aa  60.5  0.000000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  unclonable  0.0000000371113  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2961  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  35.14 
 
 		 104 aa  59.7  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0570093 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3156  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  44.23 
 
 		 105 aa  58.9  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.116532  normal  0.477373 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4229  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  32.14 
 
 		 108 aa  59.3  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.289876  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0002  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  33.08 
 
 		 131 aa  59.3  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.0049965  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4056  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  32.14 
 
 		 105 aa  57.4  0.00000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0526  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  55.32 
 
 		 127 aa  57.4  0.00000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.280908 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0798  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  34.26 
 
 		 119 aa  57  0.00000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.835916  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2782  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  48.78 
 
 		 102 aa  56.2  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0983316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1957  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  28.04 
 
 		 121 aa  56.6  0.0000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00140882  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1024  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  34.65 
 
 		 105 aa  54.7  0.0000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0737742  normal  0.814079 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3107  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  34.58 
 
 		 106 aa  55.1  0.0000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2290  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  50 
 
 		 112 aa  54.7  0.0000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3349  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  44.68 
 
 		 105 aa  54.3  0.0000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.340557 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4385  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  29.46 
 
 		 105 aa  53.5  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0118502  normal  0.891502 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0439  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  30.25 
 
 		 107 aa  53.1  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.0000352276  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1489  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  32.74 
 
 		 115 aa  52.8  0.000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1370  nucleoid protein H-NS  56.1 
 
 		 115 aa  52  0.000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.620152  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3562  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  48.78 
 
 		 139 aa  50.4  0.000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.626821  normal  0.684238 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1651  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  57.5 
 
 		 107 aa  50.1  0.00001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3493  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  48.78 
 
 		 113 aa  46.2  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.572012  normal  0.600215 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_7372  H-NS family DNA-binding protein  25.89 
 
 		 104 aa  46.6  0.0001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1986  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  47.22 
 
 		 105 aa  46.6  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000114439  normal  0.0153833 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0441  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  42.86 
 
 		 124 aa  45.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.940607  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1136  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  30.69 
 
 		 104 aa  44.7  0.0004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00265311  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4136  hypothetical protein  30.63 
 
 		 132 aa  44.7  0.0004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4587  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  32.1 
 
 		 112 aa  44.3  0.0006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.918729 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3525  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  43.14 
 
 		 123 aa  43.9  0.0007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.698098  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6934  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  34.65 
 
 		 96 aa  43.5  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.909068  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5155  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  45.83 
 
 		 97 aa  43.1  0.001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.336859  normal  0.425922 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2329  H-NS histone family protein  31.3 
 
 		 134 aa  43.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.1305  hitchhiker  0.00000000912792 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4348  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  44.23 
 
 		 102 aa  42.7  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.513312 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3279  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  55.26 
 
 		 97 aa  42.4  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0515948 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0838  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  51.22 
 
 		 94 aa  42.7  0.002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5596  nucleoid protein H-NS  44.44 
 
 		 102 aa  42.4  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.16143  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0116  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  50 
 
 		 100 aa  42.4  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4238  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  44.23 
 
 		 102 aa  42.7  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4934  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  39.62 
 
 		 103 aa  41.6  0.003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3984  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  41.54 
 
 		 117 aa  42  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.49889  normal  0.888803 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1730  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  45.83 
 
 		 72 aa  42  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.386763  normal  0.64236 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1795  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  47.37 
 
 		 114 aa  41.6  0.003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02604  putative HNS-like transcription regulator protein  38.89 
 
 		 102 aa  41.6  0.004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00414449  normal  0.0842767 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6773  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  30.49 
 
 		 112 aa  41.2  0.004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00017117  normal  0.0671695 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2060  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  30.77 
 
 		 91 aa  41.2  0.005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0796579  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_5064  hypothetical protein  33.9 
 
 		 95 aa  40.8  0.006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3677  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  43.9 
 
 		 102 aa  40.8  0.006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.166379 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3476  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  62.5 
 
 		 97 aa  40.4  0.007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.634664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1754  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  37.84 
 
 		 133 aa  40.4  0.007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5080  Ler  48.72 
 
 		 123 aa  40.8  0.007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0343561 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0365  H-NS histone family protein  45.76 
 
 		 96 aa  40.4  0.008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00000040716  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1739  H-NS histone family protein  45.76 
 
 		 96 aa  40  0.01  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  unclonable  0.00000000000000443719  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3002  H-NS histone family protein  45.76 
 
 		 96 aa  40  0.01  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  unclonable  0.00000000000000136233  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1551  H-NS histone family protein  45.76 
 
 		 96 aa  40  0.01  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  unclonable  0.0000000000000358636  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1150  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  57.69 
 
 		 99 aa  40  0.01  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2886  H-NS histone family protein  45.76 
 
 		 96 aa  40  0.01  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.000145694  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0401  H-NS histone family protein  45.76 
 
 		 96 aa  40  0.01  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000000304691  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4321  putative HNS-like transcriptional regulator  66.67 
 
 		 100 aa  40  0.01  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1239  H-NS histone family protein  45.76 
 
 		 96 aa  40  0.01  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.0000000000958752  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2688  hypothetical protein  32.69 
 
 		 110 aa  40  0.01  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.299941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0398  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  66.67 
 
 		 100 aa  40  0.01  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>