51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2738 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2738  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  100 
 
 		 139 aa  281  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.789792  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3068  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  44.54 
 
 		 122 aa  100  6e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.280777  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3069  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  45.87 
 
 		 130 aa  92  2e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.39515  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1545  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  31.86 
 
 		 105 aa  60.8  0.000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.718681  normal  0.0365604 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1957  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  31.78 
 
 		 121 aa  58.9  0.00000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00140882  normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4229  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  33.04 
 
 		 108 aa  56.6  0.0000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.289876  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0798  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  33.33 
 
 		 119 aa  55.1  0.0000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.835916  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3349  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  28.18 
 
 		 105 aa  53.9  0.0000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.340557 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3156  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  30 
 
 		 105 aa  53.1  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.116532  normal  0.477373 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1793  DNA-binding protein  37.18 
 
 		 124 aa  52.8  0.000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03185  DNA-binding protein  49.02 
 
 		 153 aa  52.8  0.000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1726  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  35.9 
 
 		 124 aa  52.8  0.000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.442577  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1651  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  46.94 
 
 		 107 aa  48.9  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5596  nucleoid protein H-NS  47.17 
 
 		 102 aa  48.1  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.16143  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0002  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  47.5 
 
 		 131 aa  47  0.00008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.0049965  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0526  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  51.16 
 
 		 127 aa  45.8  0.0002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.280908 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2782  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  28.04 
 
 		 102 aa  46.2  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0983316  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1863  regulator protein, putative  29.09 
 
 		 112 aa  45.8  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  unclonable  0.0000000371113  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0439  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  25.45 
 
 		 107 aa  45.8  0.0002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.0000352276  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3677  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  45.28 
 
 		 102 aa  45.4  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.166379 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4385  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  28.32 
 
 		 105 aa  45.4  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0118502  normal  0.891502 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4238  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  41.18 
 
 		 102 aa  44.7  0.0004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4348  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  41.18 
 
 		 102 aa  44.7  0.0004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.513312 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4056  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  25.66 
 
 		 105 aa  44.7  0.0005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02604  putative HNS-like transcription regulator protein  59.26 
 
 		 102 aa  44.3  0.0006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00414449  normal  0.0842767 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3562  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  46.34 
 
 		 139 aa  43.9  0.0007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.626821  normal  0.684238 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4886  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  40.74 
 
 		 114 aa  43.5  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.602991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4162  hypothetical protein  28.21 
 
 		 247 aa  43.5  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3107  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  40.38 
 
 		 106 aa  43.5  0.001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2585  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  28.91 
 
 		 130 aa  42.7  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000212728  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01827  hypothetical protein  42 
 
 		 135 aa  42.7  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3237  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  29.37 
 
 		 131 aa  42.4  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.602482 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0169  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  25.21 
 
 		 104 aa  41.2  0.004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.485688 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1517  HNS family histone-like protein  25.21 
 
 		 104 aa  41.2  0.004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.632748  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02489  hypothetical protein  32.99 
 
 		 134 aa  41.2  0.005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3911  DNA binding protein, nucleoid-associated  32.99 
 
 		 134 aa  41.2  0.005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.268261 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02525  DNA binding protein, nucleoid-associated  32.99 
 
 		 134 aa  41.2  0.005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3212  DNA binding protein, nucleoid-associated  32.99 
 
 		 134 aa  41.2  0.005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2789  DNA binding protein, nucleoid-associated  32.99 
 
 		 134 aa  41.2  0.005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.338985 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1037  DNA binding protein, nucleoid-associated  32.99 
 
 		 134 aa  41.2  0.005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2949  DNA binding protein, nucleoid-associated  32.99 
 
 		 134 aa  41.2  0.005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1014  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  32.99 
 
 		 134 aa  41.2  0.005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003852  DNA-binding protein H-NS  42.86 
 
 		 135 aa  40.8  0.007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0195644  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1489  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  41.67 
 
 		 115 aa  40.4  0.007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2913  DNA binding protein, nucleoid-associated  30 
 
 		 133 aa  40.4  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3102  DNA binding protein, nucleoid-associated  30 
 
 		 133 aa  40.4  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.669725  normal  0.844597 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2945  DNA binding protein, nucleoid-associated  30 
 
 		 133 aa  40.4  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.14201 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2980  DNA binding protein, nucleoid-associated  30 
 
 		 133 aa  40.4  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.681217  normal  0.158314 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2997  DNA binding protein, nucleoid-associated  30 
 
 		 133 aa  40.4  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.185251  normal  0.0364479 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2961  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  25.21 
 
 		 104 aa  40.4  0.008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0570093 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3493  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  46.34 
 
 		 113 aa  40  0.01  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.572012  normal  0.600215 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>