77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1024 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1024  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  100 
 
 		 105 aa  213  7e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0737742  normal  0.814079 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0798  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  45.16 
 
 		 119 aa  90.1  8e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.835916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4162  hypothetical protein  41.75 
 
 		 247 aa  86.3  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4136  hypothetical protein  42.06 
 
 		 132 aa  83.6  8e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3107  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  48.6 
 
 		 106 aa  83.2  0.000000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1545  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  42.11 
 
 		 105 aa  82  0.000000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.718681  normal  0.0365604 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4385  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  43.16 
 
 		 105 aa  81.3  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0118502  normal  0.891502 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4056  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  38.46 
 
 		 105 aa  80.9  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2961  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  40 
 
 		 104 aa  79  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0570093 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4229  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  41.49 
 
 		 108 aa  79.3  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.289876  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0169  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  40 
 
 		 104 aa  77.8  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.485688 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1517  HNS family histone-like protein  40 
 
 		 104 aa  77.8  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.632748  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_7372  H-NS family DNA-binding protein  37.25 
 
 		 104 aa  77.8  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03185  DNA-binding protein  40.87 
 
 		 153 aa  70.5  0.000000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2782  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  41.9 
 
 		 102 aa  70.5  0.000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0983316  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1489  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  34.26 
 
 		 115 aa  69.7  0.00000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1957  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  36.84 
 
 		 121 aa  69.7  0.00000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00140882  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0439  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  41.41 
 
 		 107 aa  69.3  0.00000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.0000352276  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1793  DNA-binding protein  35.09 
 
 		 124 aa  65.1  0.0000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1726  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  35.09 
 
 		 124 aa  65.1  0.0000000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.442577  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0526  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  36.21 
 
 		 127 aa  64.7  0.0000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.280908 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3349  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  44.79 
 
 		 105 aa  64.3  0.0000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.340557 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1986  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  32.38 
 
 		 105 aa  62.4  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000114439  normal  0.0153833 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1651  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  37.62 
 
 		 107 aa  61.2  0.000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3156  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  44.79 
 
 		 105 aa  59.7  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.116532  normal  0.477373 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1863  regulator protein, putative  35.45 
 
 		 112 aa  58.5  0.00000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  unclonable  0.0000000371113  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0441  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  31.82 
 
 		 124 aa  55.5  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.940607  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3068  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  34.65 
 
 		 122 aa  54.7  0.0000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.280777  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3069  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  33.33 
 
 		 130 aa  53.9  0.0000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.39515  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1150  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  38.89 
 
 		 99 aa  52.8  0.000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2525  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  29.52 
 
 		 105 aa  52.8  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  9.16284e-21  normal  0.0335348 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4128  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  41.89 
 
 		 95 aa  50.4  0.000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.382519  hitchhiker  0.00000000510411 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1913  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  41.89 
 
 		 95 aa  50.4  0.000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000183319 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1968  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  39.77 
 
 		 93 aa  50.4  0.000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2714  DNA-binding protein BprA  32.61 
 
 		 111 aa  48.9  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.344106  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4071  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  36.47 
 
 		 95 aa  48.5  0.00003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0737815 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1710  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  36.67 
 
 		 93 aa  48.1  0.00004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.443687  normal  0.618525 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0416  nucleoid protein H-NS  33.05 
 
 		 114 aa  47.8  0.00005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0193878  hitchhiker  0.00866736 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3562  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  29.63 
 
 		 139 aa  47.4  0.00006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.626821  normal  0.684238 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1065  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  38.2 
 
 		 98 aa  47.4  0.00006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1144  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  38.2 
 
 		 98 aa  47.4  0.00006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.439674  normal  0.582774 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2975  putative H-NS-like transcription regulator  38.55 
 
 		 96 aa  47.4  0.00008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2688  hypothetical protein  31.07 
 
 		 110 aa  46.6  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.299941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2158  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  37.66 
 
 		 96 aa  46.6  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.232102  normal  0.811955 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3476  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  38.96 
 
 		 97 aa  45.4  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.634664  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4714  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  39.45 
 
 		 98 aa  45.1  0.0004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.991534  normal  0.729946 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3677  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  33.33 
 
 		 102 aa  44.7  0.0004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.166379 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5234  H-NS histone family protein  31.76 
 
 		 105 aa  44.7  0.0005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.508361  normal  1 
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0019  H-NS histone family  40.96 
 
 		 141 aa  43.9  0.0007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4703  H-NS histone family protein  31.76 
 
 		 105 aa  43.9  0.0008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00682709  normal  0.394659 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6934  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  34.15 
 
 		 96 aa  43.5  0.0009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.909068  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0867  putative HNS-like transcription regulator protein  36.47 
 
 		 96 aa  43.1  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.139885 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0490  hypothetical protein  32.58 
 
 		 125 aa  43.1  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2911  hypothetical protein  47.62 
 
 		 92 aa  43.5  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4886  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  35.24 
 
 		 114 aa  42.4  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.602991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5596  nucleoid protein H-NS  32.26 
 
 		 102 aa  42.7  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.16143  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2220  H-NS histone family protein  35.71 
 
 		 102 aa  42.4  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.999721  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0002  histone-like nucleoid-structuring protein H-NS  51.72 
 
 		 131 aa  42.7  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.0049965  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0265  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  35.8 
 
 		 98 aa  42.4  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1370  nucleoid protein H-NS  32.69 
 
 		 115 aa  42.4  0.002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.620152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0171  H-NS histone family protein  27.78 
 
 		 128 aa  42.4  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.854986  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0260  H-NS histone family protein  27.78 
 
 		 128 aa  42.4  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3717  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  32.05 
 
 		 136 aa  42  0.003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.989758  hitchhiker  0.00118334 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1795  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  40.58 
 
 		 114 aa  41.6  0.003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1635  H-NS histone family protein  29.29 
 
 		 97 aa  41.6  0.004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.749854  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3934  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  29.49 
 
 		 91 aa  41.2  0.005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.222409  normal  0.184824 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4465  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  35.29 
 
 		 92 aa  40.8  0.006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.695514  normal  0.126063 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5767  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  42.31 
 
 		 99 aa  40.8  0.006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0199  H-NS histone family protein  28.28 
 
 		 97 aa  40.8  0.007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.453548  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3595  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  29.29 
 
 		 95 aa  40.4  0.008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.137974  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3806  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  34.78 
 
 		 100 aa  40.4  0.008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0101066  hitchhiker  0.00273603 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5080  Ler  32.22 
 
 		 123 aa  40.4  0.008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0343561 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2580  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  33.33 
 
 		 119 aa  40.4  0.008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.122678  normal  0.024514 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00994  DNA-binding protein, H-NS family  34.38 
 
 		 132 aa  40.4  0.009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000272824  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3721  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  37.66 
 
 		 96 aa  40.4  0.009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00112888  normal  0.513312 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7379  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  44 
 
 		 106 aa  40  0.009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00000893778  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4798  histone family protein nucleoid-structuring protein H-NS  37.66 
 
 		 96 aa  40.4  0.009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.272454  normal  0.166506 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>