More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3786 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3786  aminotransferase  100 
 
 		 402 aa  822    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0267756 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0546  aspartate aminotransferase  34.23 
 
 		 411 aa  220  3e-56  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.461128  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1494  aspartate aminotransferase  31.11 
 
 		 416 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0048  aspartate aminotransferase  31.89 
 
 		 416 aa  192  1e-47  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0775  aspartate aminotransferase  33.76 
 
 		 416 aa  189  7e-47  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.262362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0840  aspartate aminotransferase  34.19 
 
 		 416 aa  188  2e-46  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.617239  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1143  aspartate aminotransferase  31.35 
 
 		 416 aa  187  3e-46  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0487  LL-diaminopimelate aminotransferase  28.53 
 
 		 387 aa  171  2e-41  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11560  LL-diaminopimelate aminotransferase  27.97 
 
 		 389 aa  169  1e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2605  LL-diaminopimelate aminotransferase  29.77 
 
 		 385 aa  167  2e-40  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.121492  normal  0.427052 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0054  aminotransferase, class I and II  28.91 
 
 		 388 aa  162  9e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.848733 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0361  LL-diaminopimelate aminotransferase  29.18 
 
 		 389 aa  162  1e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0125788 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0633  aminotransferase  28.53 
 
 		 384 aa  160  3e-38  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2943  aminotransferase, class I and II  28.98 
 
 		 382 aa  160  4e-38  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00452348  normal  0.405903 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1272  aminotransferase class I and II  28.03 
 
 		 386 aa  160  4e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1431  LL-diaminopimelate aminotransferase  29.57 
 
 		 388 aa  160  4e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.379208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1970  LL-diaminopimelate aminotransferase  26.96 
 
 		 388 aa  159  1e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0420706  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1695  LL-diaminopimelate aminotransferase  30.35 
 
 		 392 aa  157  3e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.126823  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0037  aminotransferase class I and II  30.77 
 
 		 382 aa  154  4e-36  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0739  LL-diaminopimelate aminotransferase  30.23 
 
 		 388 aa  153  4e-36  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1915  aminotransferase, class I and II  29.77 
 
 		 382 aa  152  1e-35  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_646  class I/II aminotransferase  27.97 
 
 		 390 aa  152  1e-35  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.552452  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1277  LL-diaminopimelate aminotransferase  29.08 
 
 		 390 aa  151  2e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.306005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1080  aminotransferase class I and II  27.25 
 
 		 401 aa  150  3e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.695177  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0669  LL-diaminopimelate aminotransferase  27.97 
 
 		 388 aa  149  7e-35  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000400869  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2313  aminotransferase class I and II  29.86 
 
 		 393 aa  147  3e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2331  aspartate aminotransferase  25.6 
 
 		 399 aa  147  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000457199 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2916  aspartate aminotransferase  25.6 
 
 		 399 aa  146  6e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3098  aminotransferase class I and II  31.76 
 
 		 388 aa  145  1e-33  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00347911  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1381  LL-diaminopimelate aminotransferase  27.93 
 
 		 391 aa  144  2e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.704356  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2455  aminotransferase  27.15 
 
 		 393 aa  144  2e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1013  LL-diaminopimelate aminotransferase  27.17 
 
 		 385 aa  144  2e-33  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1987  aspartate aminotransferase  26.02 
 
 		 399 aa  144  4e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1438  aminotransferase class I and II  27.47 
 
 		 399 aa  143  5e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0371887  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1603  LL-diaminopimelate aminotransferase  30.06 
 
 		 392 aa  142  8e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0791506  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2901  aspartate aminotransferase  25.4 
 
 		 399 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000246294 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2650  aspartate aminotransferase  26.22 
 
 		 400 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.036454  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2627  aspartate aminotransferase  25.48 
 
 		 400 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2899  aspartate aminotransferase  25.4 
 
 		 399 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0165  aspartate aminotransferase  26.58 
 
 		 400 aa  141  1.9999999999999998e-32  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2700  aspartate aminotransferase  25.4 
 
 		 400 aa  141  3e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.546945  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3257  aminotransferase class I and II  28.45 
 
 		 387 aa  140  3e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.938487  normal  0.10619 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2096  aminotransferase, class I and II  28.32 
 
 		 382 aa  140  3e-32  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.875672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3401  aminotransferase  26.22 
 
 		 411 aa  140  3e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.313714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0186  aspartate aminotransferase  26.32 
 
 		 400 aa  140  3.9999999999999997e-32  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2705  aspartate aminotransferase  26.16 
 
 		 399 aa  140  3.9999999999999997e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00685194  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1252  aminotransferase  26.98 
 
 		 396 aa  140  4.999999999999999e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.000164192  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0801  aminotransferase, class I and II  28.03 
 
 		 384 aa  139  6e-32  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3600  aspartate aminotransferase  28.11 
 
 		 391 aa  139  7.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.954111  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0146  aspartate aminotransferase  26.05 
 
 		 400 aa  138  1e-31  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.126801  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2726  aminotransferase  25.95 
 
 		 411 aa  139  1e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1447  aminotransferase class I and II  26.26 
 
 		 398 aa  139  1e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000395976  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0516  aminotransferase, class I and II  26.59 
 
 		 381 aa  139  1e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.883743  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1446  aminotransferase  25.95 
 
 		 411 aa  139  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2948  aspartate aminotransferase  25.95 
 
 		 399 aa  139  1e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00498644  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0218  aspartate aminotransferase  26.65 
 
 		 401 aa  139  1e-31  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1394  aminotransferase class I and II  25 
 
 		 408 aa  139  1e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0889  LL-diaminopimelate aminotransferase  28.38 
 
 		 390 aa  139  1e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000010407  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0849  transaminase  27.09 
 
 		 390 aa  139  1e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000011377  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1334  aminotransferase  25.95 
 
 		 411 aa  139  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1145  aspartate aminotransferase  26.84 
 
 		 402 aa  138  2e-31  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0017  aspartate aminotransferase  30.4 
 
 		 403 aa  138  2e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07380  aminotransferase  26.03 
 
 		 385 aa  138  2e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1415  aspartate aminotransferase  26.84 
 
 		 400 aa  138  2e-31  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1407  aminotransferase  25.68 
 
 		 413 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0292  aspartate aminotransferase  26.39 
 
 		 402 aa  137  3.0000000000000003e-31  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2142  succinyldiaminopimelate transaminase  25.43 
 
 		 388 aa  136  6.0000000000000005e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1219  aminotransferase, class I and II  27.2 
 
 		 395 aa  136  7.000000000000001e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000967263  normal  0.143983 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0944  succinyldiaminopimelate transaminase  28.23 
 
 		 390 aa  136  8e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.989177  normal  0.168301 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1913  aminotransferase, class I and II  24.59 
 
 		 389 aa  135  9e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0045539  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2938  aspartate aminotransferase  25.68 
 
 		 399 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00063979  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5058  aminotransferase, classes I and II  26.78 
 
 		 402 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2866  aminotransferase  25.95 
 
 		 413 aa  135  9.999999999999999e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.847477  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0632  aminotransferase class I and II  28.66 
 
 		 393 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0472  aminotransferase, class I/II  28.66 
 
 		 393 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0487  LL-diaminopimelate aminotransferase  26.57 
 
 		 391 aa  135  9.999999999999999e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.727411 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5431  aminotransferase  25.07 
 
 		 411 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4334  aminotransferase  26.67 
 
 		 402 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.095923  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0817  aminotransferase  26.23 
 
 		 402 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.241529  normal  0.324364 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0348  transaminase  27.87 
 
 		 392 aa  134  3e-30  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0854  aminotransferase  25.96 
 
 		 402 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0468  aminotransferase  26.78 
 
 		 402 aa  134  3e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0864  aminotransferase  27.84 
 
 		 402 aa  134  3e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.565347  normal  0.675575 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0567  aminotransferase class I and II  26.63 
 
 		 403 aa  134  3e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4371  aminotransferase  25.96 
 
 		 402 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1466  aminotransferase  25.41 
 
 		 411 aa  134  3e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1295  aminotransferase  25.41 
 
 		 407 aa  134  3.9999999999999996e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5101  succinyldiaminopimelate transaminase  28.21 
 
 		 390 aa  133  5e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.26447 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0126  aminotransferase  26.56 
 
 		 400 aa  133  5e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4143  transaminase  27.2 
 
 		 392 aa  133  5e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0314464  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1569  aminotransferase  28.01 
 
 		 397 aa  133  6.999999999999999e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3357  class I/II aminotransferase  26.61 
 
 		 402 aa  132  7.999999999999999e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.676088  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4102  transaminase  27.2 
 
 		 392 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00097104  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1415  aminotransferase  28.01 
 
 		 397 aa  132  1.0000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1282  aminotransferase class I and II  26.82 
 
 		 409 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.888913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2583  aminotransferase  25.81 
 
 		 409 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.117889  normal  0.0369649 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1823  aminotransferase  28.25 
 
 		 407 aa  132  1.0000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62400  aminotransferase  24.8 
 
 		 411 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2531  aminotransferase  25.54 
 
 		 412 aa  131  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1938  aminotransferase class I and II  27.95 
 
 		 388 aa  130  3e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>