87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3505 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3505  hypothetical protein  100 
 
 		 196 aa  384  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0313202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2271  hypothetical protein  98.98 
 
 		 196 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2424  hypothetical protein  92.02 
 
 		 188 aa  340  5.999999999999999e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.076736  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2771  hypothetical protein  82.14 
 
 		 214 aa  318  3e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3147  hypothetical protein  61.54 
 
 		 203 aa  241  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.189383  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3013  magnesium chelatase subunit ChlD  59.59 
 
 		 195 aa  228  6e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.586709  normal  0.907591 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3096  magnesium chelatase subunit ChlD  59.89 
 
 		 187 aa  213  9.999999999999999e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.438172  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26000  putative magnesium chelatase  59.26 
 
 		 214 aa  208  5e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.203244  normal  0.298809 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2222  magnesium chelatase subunit ChlD  59.79 
 
 		 214 aa  203  1e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4584  Mg-chelatase subunit ChlD-like protein  59.36 
 
 		 213 aa  191  7e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3380  magnesium chelatase  29.95 
 
 		 594 aa  87.4  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.193165 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1179  Mg-chelatase subunit ChlD-like  31.47 
 
 		 202 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1659  Mg-chelatase subunit ChlD-like protein  31.47 
 
 		 202 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.774837  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0273  putative magnesium chelatase  34.08 
 
 		 204 aa  79.3  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0735545  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0887  hypothetical protein  33.51 
 
 		 207 aa  79  0.00000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00821077  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1957  protoporphyrin IX magnesium chelatase  33.51 
 
 		 204 aa  79  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.124312  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1941  protoporphyrin IX magnesium chelatase  33.51 
 
 		 207 aa  79  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1611  Mg-chelatase subunit ChlD  33.51 
 
 		 204 aa  79  0.00000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.193118  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1633  Mg-chelatase subunit ChlD-like protein  31.47 
 
 		 198 aa  79  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0312665 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2102  hypothetical protein  32.98 
 
 		 206 aa  75.5  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4808  Mg-chelatase subunit ChlD-like  32.28 
 
 		 199 aa  74.7  0.0000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1559  Mg-chelatase subunit ChlD-like protein  32.29 
 
 		 202 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1580  Mg-chelatase subunit ChlD-like protein  31.4 
 
 		 225 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.924484  normal  0.058248 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1309  cobaltochelatase subunit  32.58 
 
 		 657 aa  72  0.000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.441078  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0159  Magnesium chelatase  31.94 
 
 		 705 aa  69.3  0.00000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2405  magnesium-chelatase subunit D/I family protein  32.07 
 
 		 204 aa  68.6  0.00000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0283951  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5368  Sigma 54 interacting domain protein  26.89 
 
 		 614 aa  68.6  0.00000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2889  protoporphyrin IX magnesium-chelatase  30.81 
 
 		 653 aa  68.6  0.00000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5744  hypothetical protein  36.84 
 
 		 153 aa  68.2  0.00000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.80239  hitchhiker  0.0000337383 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1578  Mg-chelatase subunit ChlD-like protein  31.25 
 
 		 202 aa  68.2  0.00000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.302064 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6039  Magnesium chelatase  33.91 
 
 		 719 aa  68.2  0.00000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1621  von Willebrand factor type A  30.06 
 
 		 699 aa  67  0.0000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.921819  normal  0.480885 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2527  magnesium chelatase  32.02 
 
 		 738 aa  65.5  0.0000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.102647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2709  magnesium chelatase  32.02 
 
 		 730 aa  64.7  0.0000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000369585 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1776  protoporphyrin IX magnesium-chelatase  25.81 
 
 		 688 aa  63.2  0.000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1644  hypothetical protein  33.33 
 
 		 175 aa  62  0.000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000465532  normal  0.0268751 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3150  magnesium chelatase subunit ChlD  33.33 
 
 		 215 aa  61.6  0.000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5885  chelatase protein  30.34 
 
 		 713 aa  61.2  0.000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0403011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5003  hypothetical protein  31.41 
 
 		 198 aa  61.2  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000123501  hitchhiker  0.0000143194 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0636  protoporphyrin IX magnesium-chelatase  33.33 
 
 		 616 aa  60.5  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.122113  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0313  protoporphyrin IX magnesium-chelatase  28.95 
 
 		 673 aa  59.7  0.00000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1910  Magnesium chelatase  28.11 
 
 		 660 aa  58.9  0.00000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1630  protoporphyrin IX magnesium-chelatase  26.61 
 
 		 619 aa  58.5  0.00000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0546  cobaltochelatase subunit  30.69 
 
 		 674 aa  58.2  0.00000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.200541  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0498  magnesium chelatase  28.22 
 
 		 612 aa  57.4  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.141561  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0786  magnesium chelatase ATPase subunit D  26.52 
 
 		 620 aa  57.8  0.0000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13850  Mg-chelatase subunit ChlD  27.22 
 
 		 257 aa  57.8  0.0000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1492  magnesium chelatase ATPase subunit D  26.18 
 
 		 618 aa  57.4  0.0000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2117  protoporphyrin IX magnesium-chelatase  31.19 
 
 		 622 aa  56.6  0.0000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0165109 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1437  magnesium chelatase ATPase subunit D  25 
 
 		 619 aa  57  0.0000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.000000286805  normal  0.499539 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4158  magnesium chelatase  28.87 
 
 		 776 aa  56.6  0.0000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0127951  normal  0.72272 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2071  protoporphyrin IX magnesium-chelatase  31.19 
 
 		 622 aa  56.6  0.0000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.498251  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2054  protoporphyrin IX magnesium-chelatase  31.19 
 
 		 622 aa  56.6  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.457872  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17760  protoporphyrin IX magnesium-chelatase  30 
 
 		 674 aa  55.8  0.0000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.715479 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4482  von Willebrand factor type A  27.08 
 
 		 226 aa  55.5  0.0000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0851015 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2084  magnesium chelatase  26.04 
 
 		 617 aa  54.7  0.0000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.191813  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5861  Magnesium chelatase  28.42 
 
 		 680 aa  54.3  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2299  protoporphyrin IX magnesium-chelatase  35.07 
 
 		 788 aa  54.3  0.000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.291711  normal  0.0239656 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1047  magnesium chelatase ATPase subunit D  25.64 
 
 		 618 aa  53.9  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0859323 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1620  magnesium chelatase ATPase subunit D  24.78 
 
 		 621 aa  52.4  0.000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0124  von Willebrand factor type A  24.41 
 
 		 272 aa  51.6  0.000007  Methanococcus vannielii SB  Archaea  hitchhiker  0.00784287  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1795  magnesium chelatase ATPase subunit D  25 
 
 		 618 aa  51.2  0.00001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1020  cobaltochelatase subunit  26.02 
 
 		 653 aa  50.4  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.816011  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1261  magnesium chelatase  23.53 
 
 		 689 aa  49.7  0.00003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1277  Magnesium chelatase  26.94 
 
 		 650 aa  49.3  0.00003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.951784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2823  magnesium chelatase ATPase subunit D  32.79 
 
 		 610 aa  48.9  0.00005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00357294  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1209  magnesium chelatase  25.13 
 
 		 670 aa  48.5  0.00005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0799  magnesium chelatase ATPase subunit D  26.8 
 
 		 664 aa  48.1  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2134  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  27.13 
 
 		 674 aa  48.5  0.00007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.118601  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03742  chelatase protein  28.8 
 
 		 637 aa  48.1  0.00008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.84057 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12865  magnesium chelatase  29.44 
 
 		 629 aa  48.1  0.00008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.498334  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0750  magnesium chelatase subunit D/I family protein  20.65 
 
 		 643 aa  48.1  0.00009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2540  magnesium chelatase ATPase subunit D  31.72 
 
 		 608 aa  47.8  0.0001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0127651 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0291  magnesium chelatase, ChlI subunit  27.64 
 
 		 680 aa  47.8  0.0001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.129294 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0486  magnesium chelatase subunit D  29.89 
 
 		 605 aa  47.4  0.0001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2489  von Willebrand factor type A  29.22 
 
 		 690 aa  47.8  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.325588 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4050  magnesium chelatase  26.49 
 
 		 626 aa  45.8  0.0004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0276  magnesium chelatase, ChlI subunit  20.56 
 
 		 619 aa  45.8  0.0004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0650073  normal  0.0615582 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4044  magnesium chelatase ATPase subunit D  24.86 
 
 		 671 aa  45.8  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.653268 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3096  von Willebrand factor type A  29.26 
 
 		 265 aa  43.5  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0378393  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4967  protoporphyrin IX magnesium-chelatase  24.16 
 
 		 672 aa  43.9  0.002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1006  von Willebrand factor type A  31.2 
 
 		 749 aa  43.1  0.002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3857  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  26.23 
 
 		 665 aa  43.5  0.002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.149974  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3462  magnesium chelatase ChlI subunit  30.43 
 
 		 754 aa  42.7  0.003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0229  magnesium chelatase  26.83 
 
 		 637 aa  42.7  0.004  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0375  magnesium chelatase  26.83 
 
 		 637 aa  42.4  0.005  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.165558  normal  0.638672 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2302  magnesium chelatase  26.29 
 
 		 638 aa  41.6  0.007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.141886 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>