83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2424 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2424  hypothetical protein  100 
 
 		 188 aa  370  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.076736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2271  hypothetical protein  93.09 
 
 		 196 aa  343  8.999999999999999e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3505  hypothetical protein  92.02 
 
 		 196 aa  340  5e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0313202  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2771  hypothetical protein  79.26 
 
 		 214 aa  298  2e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3147  hypothetical protein  62.7 
 
 		 203 aa  236  2e-61  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.189383  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3013  magnesium chelatase subunit ChlD  60.54 
 
 		 195 aa  223  2e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.586709  normal  0.907591 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3096  magnesium chelatase subunit ChlD  58.29 
 
 		 187 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.438172  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26000  putative magnesium chelatase  58.29 
 
 		 214 aa  204  6e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.203244  normal  0.298809 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2222  magnesium chelatase subunit ChlD  58.92 
 
 		 214 aa  198  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4584  Mg-chelatase subunit ChlD-like protein  57.75 
 
 		 213 aa  184  7e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3380  magnesium chelatase  32.52 
 
 		 594 aa  87.4  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.193165 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1633  Mg-chelatase subunit ChlD-like protein  32.42 
 
 		 198 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0312665 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1179  Mg-chelatase subunit ChlD-like  31.22 
 
 		 202 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1659  Mg-chelatase subunit ChlD-like protein  31.22 
 
 		 202 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.774837  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1559  Mg-chelatase subunit ChlD-like protein  31.25 
 
 		 202 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4808  Mg-chelatase subunit ChlD-like  30.69 
 
 		 199 aa  65.9  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1580  Mg-chelatase subunit ChlD-like protein  30.23 
 
 		 225 aa  64.7  0.0000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.924484  normal  0.058248 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0273  putative magnesium chelatase  32.37 
 
 		 204 aa  64.7  0.0000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0735545  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1309  cobaltochelatase subunit  30.34 
 
 		 657 aa  63.9  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.441078  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1957  protoporphyrin IX magnesium chelatase  31.87 
 
 		 204 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.124312  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1941  protoporphyrin IX magnesium chelatase  31.69 
 
 		 207 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1611  Mg-chelatase subunit ChlD  31.87 
 
 		 204 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.193118  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0887  hypothetical protein  31.69 
 
 		 207 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00821077  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1776  protoporphyrin IX magnesium-chelatase  26.88 
 
 		 688 aa  64.3  0.000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5744  hypothetical protein  35.34 
 
 		 153 aa  63.5  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.80239  hitchhiker  0.0000337383 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2102  hypothetical protein  31.87 
 
 		 206 aa  62.8  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1578  Mg-chelatase subunit ChlD-like protein  30.21 
 
 		 202 aa  62.4  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.302064 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6039  Magnesium chelatase  33.15 
 
 		 719 aa  62  0.000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5368  Sigma 54 interacting domain protein  26.74 
 
 		 614 aa  61.6  0.000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2889  protoporphyrin IX magnesium-chelatase  30.9 
 
 		 653 aa  61.6  0.000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1621  von Willebrand factor type A  29.31 
 
 		 699 aa  60.8  0.00000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.921819  normal  0.480885 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0313  protoporphyrin IX magnesium-chelatase  29.69 
 
 		 673 aa  60.8  0.00000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0159  Magnesium chelatase  32.97 
 
 		 705 aa  60.5  0.00000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1910  Magnesium chelatase  28.11 
 
 		 660 aa  60.1  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2709  magnesium chelatase  31.55 
 
 		 730 aa  58.9  0.00000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000369585 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2405  magnesium-chelatase subunit D/I family protein  32.02 
 
 		 204 aa  58.5  0.00000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0283951  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2527  magnesium chelatase  31.15 
 
 		 738 aa  58.2  0.00000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.102647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1644  hypothetical protein  33.54 
 
 		 175 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000465532  normal  0.0268751 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0636  protoporphyrin IX magnesium-chelatase  31.75 
 
 		 616 aa  56.6  0.0000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.122113  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2054  protoporphyrin IX magnesium-chelatase  30.65 
 
 		 622 aa  55.5  0.0000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.457872  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2071  protoporphyrin IX magnesium-chelatase  30.65 
 
 		 622 aa  55.5  0.0000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.498251  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2117  protoporphyrin IX magnesium-chelatase  30.65 
 
 		 622 aa  55.5  0.0000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0165109 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5003  hypothetical protein  31.41 
 
 		 198 aa  54.7  0.0000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000123501  hitchhiker  0.0000143194 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13850  Mg-chelatase subunit ChlD  24.86 
 
 		 257 aa  54.7  0.0000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2084  magnesium chelatase  25.4 
 
 		 617 aa  53.5  0.000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.191813  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5885  chelatase protein  28.81 
 
 		 713 aa  53.5  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0403011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1630  protoporphyrin IX magnesium-chelatase  26.89 
 
 		 619 aa  52  0.000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2299  protoporphyrin IX magnesium-chelatase  34.33 
 
 		 788 aa  51.6  0.000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.291711  normal  0.0239656 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0786  magnesium chelatase ATPase subunit D  26.32 
 
 		 620 aa  51.2  0.000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4158  magnesium chelatase  27.6 
 
 		 776 aa  50.4  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0127951  normal  0.72272 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0124  von Willebrand factor type A  25.37 
 
 		 272 aa  49.7  0.00002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  hitchhiker  0.00784287  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3150  magnesium chelatase subunit ChlD  32.42 
 
 		 215 aa  49.7  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1492  magnesium chelatase ATPase subunit D  26.32 
 
 		 618 aa  50.1  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17760  protoporphyrin IX magnesium-chelatase  31.82 
 
 		 674 aa  49.3  0.00003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.715479 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0229  magnesium chelatase  30.08 
 
 		 637 aa  49.7  0.00003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0546  cobaltochelatase subunit  28.57 
 
 		 674 aa  49.3  0.00003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.200541  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0375  magnesium chelatase  30.08 
 
 		 637 aa  49.3  0.00003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.165558  normal  0.638672 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1437  magnesium chelatase ATPase subunit D  26.9 
 
 		 619 aa  48.5  0.00006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.000000286805  normal  0.499539 
 
 
-
 
NC_003296  RS03742  chelatase protein  27.96 
 
 		 637 aa  47.4  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.84057 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1795  magnesium chelatase ATPase subunit D  25.89 
 
 		 618 aa  47.4  0.0001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1620  magnesium chelatase ATPase subunit D  25.89 
 
 		 621 aa  47.4  0.0001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1047  magnesium chelatase ATPase subunit D  26 
 
 		 618 aa  47.4  0.0001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0859323 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0291  magnesium chelatase, ChlI subunit  26.98 
 
 		 680 aa  46.6  0.0002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.129294 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4482  von Willebrand factor type A  25.65 
 
 		 226 aa  47  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0851015 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1209  magnesium chelatase  25.41 
 
 		 670 aa  47  0.0002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0486  magnesium chelatase subunit D  31.76 
 
 		 605 aa  47  0.0002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0799  magnesium chelatase ATPase subunit D  26.94 
 
 		 664 aa  46.6  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5861  Magnesium chelatase  27.17 
 
 		 680 aa  46.6  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2540  magnesium chelatase ATPase subunit D  30.48 
 
 		 608 aa  45.8  0.0004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0127651 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1261  magnesium chelatase  24.87 
 
 		 689 aa  45.8  0.0004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0498  magnesium chelatase  25.97 
 
 		 612 aa  45.4  0.0005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.141561  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0750  magnesium chelatase subunit D/I family protein  20.65 
 
 		 643 aa  45.1  0.0006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3857  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  27.05 
 
 		 665 aa  45.1  0.0006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.149974  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2823  magnesium chelatase ATPase subunit D  30.81 
 
 		 610 aa  45.1  0.0006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00357294  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4967  protoporphyrin IX magnesium-chelatase  25.67 
 
 		 672 aa  44.7  0.0008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2134  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  26.32 
 
 		 674 aa  44.3  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.118601  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2489  von Willebrand factor type A  28.76 
 
 		 690 aa  43.9  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.325588 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3122  magnesium chelatase ATPase subunit D  31.3 
 
 		 636 aa  43.1  0.002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4044  magnesium chelatase ATPase subunit D  26.34 
 
 		 671 aa  43.1  0.002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.653268 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1277  Magnesium chelatase  24.6 
 
 		 650 aa  42.4  0.004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.951784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12865  magnesium chelatase  28.72 
 
 		 629 aa  42.4  0.004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.498334  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2611  magnesium chelatase ATPase subunit D  30.25 
 
 		 673 aa  41.2  0.01  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3505  magnesium chelatase ATPase subunit D  30.25 
 
 		 673 aa  41.2  0.01  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>