113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4584 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_4584  Mg-chelatase subunit ChlD-like protein  100 
 
 
213 aa  413  9.999999999999999e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26000  putative magnesium chelatase  62.96 
 
 
214 aa  225  4e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.203244  normal  0.298809 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2222  magnesium chelatase subunit ChlD  62.43 
 
 
214 aa  221  4.9999999999999996e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3096  magnesium chelatase subunit ChlD  60.96 
 
 
187 aa  217  1e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.438172  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3147  hypothetical protein  56.99 
 
 
203 aa  206  2e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.189383  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2771  hypothetical protein  59.14 
 
 
214 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3013  magnesium chelatase subunit ChlD  56.45 
 
 
195 aa  205  5e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.586709  normal  0.907591 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2271  hypothetical protein  58.95 
 
 
196 aa  204  6e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3505  hypothetical protein  59.36 
 
 
196 aa  204  9e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0313202  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2424  hypothetical protein  57.75 
 
 
188 aa  197  9e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.076736  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3380  magnesium chelatase  35.11 
 
 
594 aa  98.6  6e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.193165 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4808  Mg-chelatase subunit ChlD-like  34.22 
 
 
199 aa  91.3  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1633  Mg-chelatase subunit ChlD-like protein  34.95 
 
 
198 aa  89.7  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0312665 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1580  Mg-chelatase subunit ChlD-like protein  33.15 
 
 
225 aa  89  5e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.924484  normal  0.058248 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1179  Mg-chelatase subunit ChlD-like  33.87 
 
 
202 aa  88.6  6e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1659  Mg-chelatase subunit ChlD-like protein  33.87 
 
 
202 aa  88.6  6e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.774837  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5003  hypothetical protein  37.17 
 
 
198 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000123501  hitchhiker  0.0000143194 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2102  hypothetical protein  36.31 
 
 
206 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1611  Mg-chelatase subunit ChlD  36.31 
 
 
204 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.193118  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0273  putative magnesium chelatase  36.31 
 
 
204 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0735545  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1941  protoporphyrin IX magnesium chelatase  36.31 
 
 
207 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1957  protoporphyrin IX magnesium chelatase  36.31 
 
 
204 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.124312  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0887  hypothetical protein  36.31 
 
 
207 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00821077  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1644  hypothetical protein  38.24 
 
 
175 aa  82.4  0.000000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000465532  normal  0.0268751 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5744  hypothetical protein  40.4 
 
 
153 aa  82.8  0.000000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.80239  hitchhiker  0.0000337383 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1559  Mg-chelatase subunit ChlD-like protein  33.51 
 
 
202 aa  82  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5368  Sigma 54 interacting domain protein  31.32 
 
 
614 aa  77.8  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1578  Mg-chelatase subunit ChlD-like protein  32.79 
 
 
202 aa  74.7  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.302064 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2405  magnesium-chelatase subunit D/I family protein  34.64 
 
 
204 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0283951  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1621  von Willebrand factor type A  31.21 
 
 
699 aa  70.9  0.00000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.921819  normal  0.480885 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3150  magnesium chelatase subunit ChlD  34.57 
 
 
215 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0313  protoporphyrin IX magnesium-chelatase  31.76 
 
 
673 aa  68.6  0.00000000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1776  protoporphyrin IX magnesium-chelatase  26.98 
 
 
688 aa  67.8  0.0000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0636  protoporphyrin IX magnesium-chelatase  34.81 
 
 
616 aa  67.8  0.0000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.122113  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13850  Mg-chelatase subunit ChlD  32.14 
 
 
257 aa  66.2  0.0000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2134  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  30.06 
 
 
674 aa  66.2  0.0000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.118601  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0159  Magnesium chelatase  30.94 
 
 
705 aa  65.9  0.0000000004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1309  cobaltochelatase subunit  31.14 
 
 
657 aa  65.9  0.0000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.441078  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2071  protoporphyrin IX magnesium-chelatase  31.28 
 
 
622 aa  65.9  0.0000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.498251  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2889  protoporphyrin IX magnesium-chelatase  29.83 
 
 
653 aa  65.5  0.0000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2117  protoporphyrin IX magnesium-chelatase  31.28 
 
 
622 aa  65.9  0.0000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0165109 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2054  protoporphyrin IX magnesium-chelatase  31.28 
 
 
622 aa  65.9  0.0000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.457872  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03742  chelatase protein  32.75 
 
 
637 aa  64.7  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.84057 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0291  magnesium chelatase, ChlI subunit  28.88 
 
 
680 aa  63.2  0.000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.129294 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2709  magnesium chelatase  29.67 
 
 
730 aa  63.2  0.000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000369585 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2527  magnesium chelatase  30.72 
 
 
738 aa  61.2  0.00000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.102647  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1437  magnesium chelatase ATPase subunit D  33.6 
 
 
619 aa  61.2  0.00000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  decreased coverage  0.000000286805  normal  0.499539 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2299  protoporphyrin IX magnesium-chelatase  27.27 
 
 
788 aa  60.5  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.291711  normal  0.0239656 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1047  magnesium chelatase ATPase subunit D  32.26 
 
 
618 aa  60.5  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.0859323 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17760  protoporphyrin IX magnesium-chelatase  29.49 
 
 
674 aa  60.1  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.715479 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0786  magnesium chelatase ATPase subunit D  32.59 
 
 
620 aa  59.7  0.00000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2823  magnesium chelatase ATPase subunit D  31.22 
 
 
610 aa  59.7  0.00000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00357294  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1630  protoporphyrin IX magnesium-chelatase  32.59 
 
 
619 aa  59.3  0.00000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1277  Magnesium chelatase  29.61 
 
 
650 aa  58.5  0.00000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.951784  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1492  magnesium chelatase ATPase subunit D  31.85 
 
 
618 aa  58.5  0.00000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1620  magnesium chelatase ATPase subunit D  37.27 
 
 
621 aa  58.2  0.0000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2084  magnesium chelatase  29.95 
 
 
617 aa  57.4  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.191813  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1209  magnesium chelatase  30.51 
 
 
670 aa  57.8  0.0000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1795  magnesium chelatase ATPase subunit D  32.17 
 
 
618 aa  58.2  0.0000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1910  Magnesium chelatase  27.78 
 
 
660 aa  56.6  0.0000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3122  magnesium chelatase ATPase subunit D  31.07 
 
 
636 aa  56.2  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6039  Magnesium chelatase  30.19 
 
 
719 aa  55.8  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4967  protoporphyrin IX magnesium-chelatase  26.78 
 
 
672 aa  55.5  0.0000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1421  von Willebrand factor type A  27.75 
 
 
329 aa  55.8  0.0000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.301249  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2540  magnesium chelatase ATPase subunit D  30.45 
 
 
608 aa  55.5  0.0000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0127651 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1261  magnesium chelatase  27.42 
 
 
689 aa  54.7  0.0000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1860  Magnesium chelatase  35.34 
 
 
719 aa  54.3  0.000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.217661 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1020  cobaltochelatase subunit  28.49 
 
 
653 aa  54.7  0.000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.816011  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4577  magnesium chelatase ATPase subunit D  26.91 
 
 
668 aa  53.9  0.000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0546  cobaltochelatase subunit  31.61 
 
 
674 aa  53.9  0.000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.200541  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4044  magnesium chelatase ATPase subunit D  27.35 
 
 
671 aa  53.9  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.653268 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0799  magnesium chelatase ATPase subunit D  28.96 
 
 
664 aa  53.5  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3462  magnesium chelatase ChlI subunit  35.34 
 
 
754 aa  53.9  0.000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2274  protoporphyrin IX magnesium-chelatase  27.62 
 
 
677 aa  53.1  0.000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_38488  predicted protein  28.12 
 
 
683 aa  53.1  0.000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12865  magnesium chelatase  27.54 
 
 
629 aa  52.8  0.000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.498334  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3084  protoporphyrin IX magnesium-chelatase  27.62 
 
 
678 aa  52.8  0.000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0449  magnesium chelatase  25.53 
 
 
669 aa  52.8  0.000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0156382  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5885  chelatase protein  28.42 
 
 
713 aa  52.4  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0403011  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0124  von Willebrand factor type A  27.21 
 
 
272 aa  52.4  0.000005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  hitchhiker  0.00784287  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0107  magnesium chelatase  25.47 
 
 
178 aa  52.4  0.000005  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0353838  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0498  magnesium chelatase  28.72 
 
 
612 aa  52.4  0.000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.141561  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4050  magnesium chelatase  28.74 
 
 
626 aa  52  0.000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3505  magnesium chelatase ATPase subunit D  32.06 
 
 
673 aa  51.6  0.000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2611  magnesium chelatase ATPase subunit D  32.06 
 
 
673 aa  51.6  0.000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_50740  predicted protein  27.73 
 
 
800 aa  50.8  0.00001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5861  Magnesium chelatase  29.41 
 
 
680 aa  51.2  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2302  magnesium chelatase  27.78 
 
 
638 aa  50.4  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.141886 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03111  protoporphyrin IX magnesium chelatase subunit ChlD  26.22 
 
 
727 aa  50.4  0.00002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03211  protoporphyrin IX magnesium chelatase subunit ChlD  27.47 
 
 
721 aa  50.4  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03121  protoporphyrin IX magnesium chelatase subunit ChlD  26.67 
 
 
711 aa  50.4  0.00002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0750  magnesium chelatase subunit D/I family protein  25.73 
 
 
643 aa  50.1  0.00003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0486  magnesium chelatase subunit D  35.04 
 
 
605 aa  50.1  0.00003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1700  Sigma 54 interacting domain protein  28.57 
 
 
618 aa  50.1  0.00003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.808868  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_776  predicted protein  30.71 
 
 
654 aa  49.7  0.00003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.425078 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0290  protoporphyrin IX magnesium chelatase subunit ChlD  25.68 
 
 
725 aa  49.3  0.00004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0276  magnesium chelatase, ChlI subunit  25.21 
 
 
619 aa  49.3  0.00004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0650073  normal  0.0615582 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4482  von Willebrand factor type A  24.86 
 
 
226 aa  48.9  0.00006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0851015 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4158  magnesium chelatase  25.57 
 
 
776 aa  48.1  0.00009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0127951  normal  0.72272 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0236  magnesium chelatase ATPase subunit D  27.92 
 
 
703 aa  47.8  0.0001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>