More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3208 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3208  Pdr/VanB family oxidoreductase  100 
 
 		 314 aa  636    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.700572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2586  ferredoxin  71.88 
 
 		 314 aa  458  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.645644 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64810  vanillate O-demethylase oxidoreductase  41.53 
 
 		 317 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0251554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3579  ferredoxin:oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:oxidoreductase FAD-binding region  39.62 
 
 		 318 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147796  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5630  vanillate O-demethylase oxidoreductase  41.21 
 
 		 317 aa  205  8e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0965  ferredoxin  38.92 
 
 		 319 aa  205  9e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5870  ferredoxin  37.46 
 
 		 588 aa  203  4e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4500  ferredoxin  39.31 
 
 		 316 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.125259  normal  0.496442 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3200  ferredoxin  36.02 
 
 		 320 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.22771  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4632  ferredoxin  39.31 
 
 		 316 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0189827  normal  0.0263883 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3680  ferredoxin  36.36 
 
 		 319 aa  196  4.0000000000000005e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.333286  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3899  ferredoxin  40.54 
 
 		 325 aa  195  1e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.83254  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3265  ferredoxin  38.41 
 
 		 319 aa  195  1e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00395419 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3527  ferredoxin  40.54 
 
 		 326 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0968553 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2494  ferredoxin  40 
 
 		 330 aa  194  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0494145  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5357  ferredoxin  40.2 
 
 		 326 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.577974 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5777  phthalate 4,5-dioxygenase  38.14 
 
 		 320 aa  193  4e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0995  ferredoxin  37.27 
 
 		 319 aa  192  7e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000440652 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2044  ferredoxin  38.96 
 
 		 316 aa  192  8e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2905  vanillate O-demethylase oxidoreductase  35.14 
 
 		 316 aa  192  8e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.144739  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0869  ferredoxin  33.97 
 
 		 318 aa  191  9e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5072  ferredoxin  39.39 
 
 		 352 aa  190  2e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.14092 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4592  ferredoxin  36.22 
 
 		 321 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5125  ferredoxin  35.29 
 
 		 321 aa  189  4e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.272178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2169  ferredoxin  35.46 
 
 		 316 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0772713  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2026  ferredoxin  36.01 
 
 		 316 aa  189  5e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5899  ferredoxin  37.38 
 
 		 323 aa  189  7e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.985129  normal  0.042189 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3621  ferredoxin  39.19 
 
 		 326 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0766898  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3737  ferredoxin  35.69 
 
 		 316 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.216085  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5028  phthalate 4,5-dioxygenase  35.29 
 
 		 321 aa  187  3e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5676  ferredoxin  37.05 
 
 		 323 aa  186  4e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0301762  normal  0.0416479 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0289  putative iron-sulfur oxidoreductase, beta subunit  39.3 
 
 		 316 aa  186  6e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.600768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1356  phthalate 4,5-dioxygenase  37.42 
 
 		 320 aa  186  6e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0343  ferredoxin  33.33 
 
 		 322 aa  185  8e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1334  phthalate 4,5-dioxygenase  38.27 
 
 		 322 aa  184  1.0000000000000001e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.841551 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5244  ferredoxin  35.29 
 
 		 321 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2709  ferredoxin:oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:oxidoreductase FAD-binding region  34.29 
 
 		 316 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0305444  normal  0.319321 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2771  ferredoxin  38.61 
 
 		 318 aa  184  2.0000000000000003e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00450924 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0329  oxidoreductase  37.89 
 
 		 321 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3123  ferredoxin  35.29 
 
 		 321 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.354063  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2212  ferredoxin  35.53 
 
 		 319 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.990951 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4329  ferredoxin  34.73 
 
 		 320 aa  183  3e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.042189 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1003  vanillate O-demethylase oxidoreductase  38.24 
 
 		 315 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0803  putative ferredoxin-containing oxidoreductase  35.51 
 
 		 320 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.551034  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4797  ferredoxin:oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:oxidoreductase FAD-binding region  36.28 
 
 		 322 aa  182  6e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.290636  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1100  vanillate O-demethylase reductase subunit VanB  36.39 
 
 		 325 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.96633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6765  ferredoxin-NADPH reductase  34.58 
 
 		 323 aa  181  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.976153 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2724  ferredoxin  35.56 
 
 		 322 aa  181  1e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.704562  normal  0.0138338 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5694  Phthalate 4,5-dioxygenase  36.22 
 
 		 321 aa  181  1e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0419  ferredoxin/oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding  34.78 
 
 		 321 aa  181  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2111  ferredoxin-oxidoreductase FAD/NAD(P)- binding, ring hydroxylating dioxygenase reductase subunit  36.95 
 
 		 325 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3118  ferredoxin  34.57 
 
 		 317 aa  178  9e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0223  vanillate O-demethylase  40.57 
 
 		 317 aa  178  9e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00000934842  normal  0.0801179 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4880  ferredoxin  34.73 
 
 		 332 aa  177  3e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.797791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2150  ferredoxin  38.26 
 
 		 324 aa  177  3e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0281  ferredoxin  33.96 
 
 		 323 aa  177  3e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.985889  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2369  putative phthalate 4,5-dioxygenase reductase subunit (OhpA1)  35.11 
 
 		 320 aa  176  3e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00138771  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3159  ferredoxin  34.47 
 
 		 322 aa  176  3e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3566  ferredoxin  38.39 
 
 		 322 aa  176  4e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10970  putative flavodoxin reductase  36.86 
 
 		 321 aa  176  5e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3942  ferredoxin  38.82 
 
 		 331 aa  176  6e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.51179  normal  0.0171714 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0999  putative ferredoxin-containing oxidoreductase  37.59 
 
 		 318 aa  175  7e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0057  putative vanillate O-demethylase oxidoreductase  33.86 
 
 		 315 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1829  ferredoxin  36.65 
 
 		 334 aa  174  9.999999999999999e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.148952  normal  0.528944 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5549  phenoxybenzoate dioxygenase subunit beta  32.81 
 
 		 321 aa  175  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7699  ferredoxin  34.18 
 
 		 326 aa  172  5e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.765458 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1909  phthalate 4,5-dioxygenase, reductase subunit  35.11 
 
 		 351 aa  172  5.999999999999999e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.814713 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3536  aromatic acid dioxygenase beta subunit  34.82 
 
 		 321 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.304315 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6022  ferredoxin  37.7 
 
 		 321 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1957  Pdr/VanB family oxidoreductase  36.47 
 
 		 317 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.334574  hitchhiker  0.000300419 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5517  vanillate O-demethylase oxidoreductase  35.09 
 
 		 331 aa  171  2e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1542  ferredoxin  34.47 
 
 		 330 aa  170  3e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4894  ferredoxin  37.38 
 
 		 328 aa  167  2.9999999999999998e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.373479  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4812  ferredoxin  34.65 
 
 		 322 aa  166  5e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0104924  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4341  ferredoxin:oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:oxidoreductase FAD-binding region  39.18 
 
 		 313 aa  166  5.9999999999999996e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0725  cytochrome P450  36.02 
 
 		 783 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.207773  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1297  ferredoxin  32.92 
 
 		 318 aa  164  2.0000000000000002e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.85642 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0406  putative 2Fe-2S ferrodoxin  36.1 
 
 		 324 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0717  cytochrome P450  36.79 
 
 		 784 aa  163  3e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4243  ferredoxin  33.64 
 
 		 324 aa  164  3e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2242  cytochrome P450 family protein  36.79 
 
 		 784 aa  163  3e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1914  cytochrome P450  36.48 
 
 		 784 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1669  cytochrome P450  36.48 
 
 		 784 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0588  cytochrome P450  36.48 
 
 		 784 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1707  cytochrome P450  36.48 
 
 		 784 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.732396  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2323  cytochrome P450  36.48 
 
 		 784 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.261512  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2761  ferredoxin  37.58 
 
 		 774 aa  162  9e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.843778  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5278  ferredoxin:cytochrome P450:oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:oxidoreductase FAD-binding region  32.81 
 
 		 783 aa  161  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5830  ferredoxin:oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:oxidoreductase FAD-binding region  34.47 
 
 		 317 aa  160  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3234  vanillate O-demethylase oxidoreductase  35.58 
 
 		 316 aa  160  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.432272 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2899  ferredoxin  35.42 
 
 		 333 aa  160  2e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3221  ferredoxin  35.66 
 
 		 319 aa  160  4e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.252036  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3213  ferredoxin  34.6 
 
 		 344 aa  160  4e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.289084  normal  0.0335883 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0888  ferredoxin  35.87 
 
 		 657 aa  158  1e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.986677  normal  0.535707 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22450  cytochrome P450  36.11 
 
 		 775 aa  158  1e-37  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4112  oxidoreductase/oxygenase, vanB family  35.91 
 
 		 317 aa  158  1e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1543  ferredoxin  33.77 
 
 		 333 aa  155  9e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1520  ferredoxin  33.77 
 
 		 333 aa  155  9e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0171  ferredoxin  36.66 
 
 		 316 aa  154  1e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0531  ferredoxin  34.19 
 
 		 327 aa  155  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.785476 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>