More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3837 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_4017  sensor protein BasS/PmrB  95.33 
 
 		 364 aa  682    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3837  sensor protein BasS/PmrB  100 
 
 		 362 aa  739    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0309  sensor protein BasS/PmrB  62.05 
 
 		 385 aa  441  9.999999999999999e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.327284  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0391  sensor protein BasS/PmrB  62.5 
 
 		 361 aa  409  1e-113  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03983  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with BasR  56.66 
 
 		 363 aa  385  1e-106  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3880  histidine kinase  56.94 
 
 		 366 aa  387  1e-106  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03944  hypothetical protein  56.66 
 
 		 363 aa  385  1e-106  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4666  sensor protein BasS/PmrB  57.35 
 
 		 363 aa  385  1e-106  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4352  sensor protein BasS/PmrB  57.35 
 
 		 363 aa  385  1e-106  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5625  sensor protein BasS/PmrB  57.35 
 
 		 366 aa  385  1e-106  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4577  sensor protein BasS/PmrB  56.94 
 
 		 366 aa  387  1e-106  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3915  sensor protein BasS/PmrB  56.94 
 
 		 366 aa  387  1e-106  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.62554  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4553  sensor protein BasS/PmrB  56.77 
 
 		 349 aa  382  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4637  sensor protein BasS/PmrB  56.77 
 
 		 359 aa  383  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.576296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4546  sensor protein BasS/PmrB  56.77 
 
 		 359 aa  384  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4637  sensor protein BasS/PmrB  56.77 
 
 		 359 aa  383  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4686  sensor protein BasS/PmrB  56.94 
 
 		 359 aa  382  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.103767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3742  sensor protein BasS/PmrB  56.19 
 
 		 355 aa  372  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3608  sensor protein BasS/PmrB  56.19 
 
 		 355 aa  372  1e-102  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000312076  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0477  sensor protein BasS/PmrB  55.89 
 
 		 353 aa  349  3e-95  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000367453  normal  0.9008 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3618  sensor protein BasS/PmrB  51.47 
 
 		 347 aa  324  2e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000754738  normal  0.476634 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1782  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 466 aa  142  9.999999999999999e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0285  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.88 
 
 		 470 aa  140  3.9999999999999997e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.723089  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3308  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.86 
 
 		 454 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3018  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.17 
 
 		 454 aa  139  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1806  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  32.45 
 
 		 455 aa  135  9e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2398  histidine kinase  32.9 
 
 		 465 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00201135  normal  0.0208658 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4688  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.04 
 
 		 487 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.125794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1928  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.57 
 
 		 465 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0290384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1895  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.9 
 
 		 465 aa  134  3e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00272877  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0469  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.5 
 
 		 531 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0549  transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  29.94 
 
 		 513 aa  133  5e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2385  histidine kinase  30.16 
 
 		 442 aa  133  5e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.247211  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3934  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  32.29 
 
 		 441 aa  133  6e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.753143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1921  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.57 
 
 		 465 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000014063  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3355  histidine kinase  32.42 
 
 		 455 aa  132  9e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.326313  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1373  sensor protein qseC  30.54 
 
 		 478 aa  132  9e-30  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000622972  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1313  sensor protein  30.54 
 
 		 478 aa  132  9e-30  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  unclonable  0.00000254318  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1422  histidine kinase  29.59 
 
 		 499 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0306642  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1886  ATPase domain-containing protein  32.03 
 
 		 464 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1254  hypothetical protein  30.56 
 
 		 471 aa  130  2.0000000000000002e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1253  hypothetical protein  30.56 
 
 		 471 aa  131  2.0000000000000002e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2149  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.39 
 
 		 466 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00327402  normal  0.336975 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0648  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.68 
 
 		 515 aa  130  3e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5981  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.37 
 
 		 515 aa  130  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0679423 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49440  sensory histidine protein kinase TctE  33.57 
 
 		 474 aa  130  3e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1129  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.17 
 
 		 467 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.983019  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2575  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.17 
 
 		 519 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0453  histidine kinase  29.26 
 
 		 526 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1828  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.55 
 
 		 466 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0770919  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2714  sensor histidine kinase  35.96 
 
 		 454 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.107203  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02109  transmembrane two-component sensor kinase transcription regulator protein  35.64 
 
 		 438 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.620741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3989  sensor protein QseC  34.9 
 
 		 452 aa  127  2.0000000000000002e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.302589  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3038  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.53 
 
 		 454 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2654  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.68 
 
 		 517 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.957819  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2683  histidine kinase  31.68 
 
 		 517 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2043  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.68 
 
 		 517 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0232948  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3297  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.67 
 
 		 515 aa  127  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0213546  normal  0.936608 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2701  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.17 
 
 		 517 aa  127  3e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.64728  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1893  sensor histidine kinase  30.54 
 
 		 457 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1536  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.45 
 
 		 449 aa  126  5e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0430  sensor histidine kinase  27.19 
 
 		 501 aa  126  6e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00032493 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3512  sensor histidine kinase  30.54 
 
 		 457 aa  126  7e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4862  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.31 
 
 		 438 aa  126  7e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.592748 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02325  signal transduction histidine kinase  35.58 
 
 		 454 aa  126  7e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.280945  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3785  histidine kinase  34.31 
 
 		 438 aa  126  7e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0669  Signal transduction histidine Kinases (STHK)  30.87 
 
 		 515 aa  126  7e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.329598 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2785  sensor histidine kinase  29.33 
 
 		 512 aa  125  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2816  sensor histidine kinase  32.12 
 
 		 449 aa  124  2e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0438  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.71 
 
 		 515 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0643  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.97 
 
 		 413 aa  124  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3959  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.2 
 
 		 481 aa  124  3e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0390859 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2755  sensor protein qseC  30.74 
 
 		 454 aa  123  5e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.276799  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6336  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.72 
 
 		 450 aa  123  5e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.337613  normal  0.66239 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3436  sensor histidine kinase  30.79 
 
 		 497 aa  122  9e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.999938  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0275  histidine kinase  35.84 
 
 		 442 aa  122  9e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.395189 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5325  sensor histidine kinase  33.45 
 
 		 444 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.769735  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0576  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.59 
 
 		 458 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.176736 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2105  sensor protein YgiY, putative  30.65 
 
 		 476 aa  120  3e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2670  sensor histidine kinase  29.34 
 
 		 505 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0270  sensor histidine kinase  29.34 
 
 		 505 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.258994  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2082  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.97 
 
 		 464 aa  120  3e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0367152  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0808  sensor histidine kinase  29.34 
 
 		 523 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0019  sensor histidine kinase  29.34 
 
 		 505 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2406  sensor histidine kinase  29.34 
 
 		 505 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.451511  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3963  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.77 
 
 		 475 aa  120  3.9999999999999996e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0033  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.72 
 
 		 455 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4241  sensor protein QseC  30.84 
 
 		 449 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3348  histidine kinase  31.61 
 
 		 481 aa  119  6e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0882915  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3998  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.61 
 
 		 493 aa  119  6e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.613719 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03385  sensor histidine kinase  29.43 
 
 		 411 aa  119  7.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.367883  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1184  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.66 
 
 		 480 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0077  putative transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  28.69 
 
 		 509 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.156508 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0525  sensor histidine kinase  28.25 
 
 		 517 aa  119  7.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.265453  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0812  sensor histidine kinase  29.64 
 
 		 518 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0877  histidine kinase  33.33 
 
 		 500 aa  119  7.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.43922 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1938  sensor histidine kinase  28.48 
 
 		 441 aa  119  9e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0557  histidine kinase  32.72 
 
 		 480 aa  119  9.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2623  histidine kinase  32.37 
 
 		 519 aa  118  9.999999999999999e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0970  two-component sensor kinase transcriptional regulatory protein  29.34 
 
 		 817 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.862903  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>