More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2672 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012892  B21_04043  hypothetical protein  78.02 
 
 		 470 aa  748    Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000255427  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04080  D-alanine/D-serine/glycine transporter  78.02 
 
 		 470 aa  748    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000357991  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2045  D-alanine/D-serine/glycine permease  82.33 
 
 		 471 aa  768    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00488299  normal  0.01176 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3785  amino acid permease-associated region  78.02 
 
 		 470 aa  748    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000255253  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4666  D-alanine/D-serine/glycine permease  78.23 
 
 		 469 aa  745    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0386097  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4840  D-alanine/D-serine/glycine permease  74.07 
 
 		 468 aa  713    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.317801  normal  0.122354 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4794  D-alanine/D-serine/glycine permease  78.45 
 
 		 467 aa  749    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.489012  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1591  D-alanine/D-serine/glycine permease  97.02 
 
 		 470 aa  897    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.892948  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2361  D-alanine/D-serine/glycine permease  82.54 
 
 		 474 aa  770    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.149802  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4718  D-alanine/D-serine/glycine permease  74.29 
 
 		 468 aa  714    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0967735  normal  0.0466612 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4896  D-alanine/D-serine/glycine permease  73.42 
 
 		 473 aa  707    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.673653  normal  0.259186 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4632  D-alanine/D-serine/glycine permease  75.94 
 
 		 468 aa  721    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.75325  normal  0.0825274 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4685  D-alanine/D-serine/glycine permease  77.37 
 
 		 467 aa  723    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000407821  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4749  D-alanine/D-serine/glycine permease  78.02 
 
 		 470 aa  746    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000228678  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2259  D-alanine/D-serine/glycine permease  82.54 
 
 		 471 aa  770    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.046598  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1448  amino acid permease-associated region  85.59 
 
 		 473 aa  749    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0378  D-alanine/D-serine/glycine permease  77.59 
 
 		 469 aa  746    Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000253333  normal  0.311262 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2672  D-alanine/D-serine/glycine permease  100 
 
 		 470 aa  944    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.164346  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4676  D-alanine/D-serine/glycine permease  78.23 
 
 		 469 aa  745    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00205284  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3739  D-alanine/D-serine/glycine permease  73.36 
 
 		 482 aa  683    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0151839  normal  0.192087 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3798  D-alanine/D-serine/glycine permease  78.02 
 
 		 470 aa  748    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000560112  normal  0.948087 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4776  D-alanine/D-serine/glycine permease  78.02 
 
 		 470 aa  748    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000471149  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1825  D-alanine/D-serine/glycine permease  83.19 
 
 		 466 aa  776    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.20063 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1516  amino acid permease-associated region  85.96 
 
 		 469 aa  771    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.413789  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4759  D-alanine/D-serine/glycine permease  78.45 
 
 		 467 aa  749    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.329595  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2608  D-alanine/D-serine/glycine permease  69.21 
 
 		 487 aa  662    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.737465 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5725  D-alanine/D-serine/glycine permease  78.02 
 
 		 470 aa  748    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00067927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4816  D-alanine/D-serine/glycine permease  78.23 
 
 		 469 aa  745    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.343115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3098  D-alanine/D-serine/glycine permease  74.07 
 
 		 474 aa  695    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4458  D-alanine/D-serine/glycine permease  78.23 
 
 		 467 aa  748    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000362617  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0405  D-alanine/D-serine/glycine permease  69.93 
 
 		 457 aa  625  1e-178  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0728357 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0983  amino acid permease-associated region  64.07 
 
 		 473 aa  600  1e-170  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.604277  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30130  gamma-aminobutyrate permease-like transporter  66.52 
 
 		 503 aa  601  1e-170  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.362555 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0539  amino acid permease-associated region  66.09 
 
 		 513 aa  593  1e-168  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3773  amino acid permease-associated region  62.83 
 
 		 502 aa  593  1e-168  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0916  D-serine/D-alanine/glycine transporter  60.84 
 
 		 466 aa  590  1e-167  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.104508  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4275  amino acid permease-associated region  61.17 
 
 		 467 aa  583  1.0000000000000001e-165  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04173  D-alanine/D-serine/glycine permease  71.92 
 
 		 440 aa  573  1.0000000000000001e-162  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3611  amino acid permease-associated region  62.42 
 
 		 493 aa  540  9.999999999999999e-153  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11719  D-serine/alanine/glycine transporter protein cycA  58.79 
 
 		 556 aa  516  1.0000000000000001e-145  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.636709  normal  0.17883 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2200  amino acid permease-associated region  56.77 
 
 		 467 aa  511  1e-144  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1260  amino acid permease family protein  52.64 
 
 		 452 aa  500  1e-140  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0056  amino acid permease family protein  59.65 
 
 		 467 aa  500  1e-140  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0051  amino acid permease family protein  59.65 
 
 		 467 aa  498  1e-139  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.450318  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2472  amino acid permease-associated region  55.7 
 
 		 485 aa  492  9.999999999999999e-139  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2394  amino acid permease-associated region  53.98 
 
 		 472 aa  488  1e-136  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1753  amino acid permease-associated region  52.47 
 
 		 453 aa  482  1e-135  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0124899  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1787  amino acid permease-associated region  52.47 
 
 		 453 aa  482  1e-135  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2142  amino acid permease family protein  48.02 
 
 		 459 aa  467  9.999999999999999e-131  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2017  amino acid permease family protein  49.45 
 
 		 458 aa  464  1e-129  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.000181843  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2464  amino acid permease-associated region  50.11 
 
 		 469 aa  452  1.0000000000000001e-126  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.025431  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2513  amino acid permease-associated region  50.11 
 
 		 469 aa  452  1.0000000000000001e-126  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0665501  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4992  amino acid permease-associated region  46.74 
 
 		 475 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1301  amino acid permease-associated region  48.42 
 
 		 448 aa  410  1e-113  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0100  amino acid permease-associated region  47.01 
 
 		 449 aa  410  1e-113  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000148817  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3389  amino acid permease-associated region  46.98 
 
 		 464 aa  406  1.0000000000000001e-112  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0762  amino acid permease family protein  47.05 
 
 		 463 aa  402  1e-111  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.561238  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0821  amino acid permease family protein  47.05 
 
 		 463 aa  402  1e-111  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000433182  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0659  amino acid permease family protein  47.27 
 
 		 463 aa  400  9.999999999999999e-111  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000492464  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0603  amino acid permease; proline-specific permease  47.27 
 
 		 463 aa  400  9.999999999999999e-111  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000034111  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0604  amino acid permease; proline-specific permease  47.27 
 
 		 463 aa  400  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000017445  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0693  amino acid permease family protein  47.27 
 
 		 463 aa  400  9.999999999999999e-111  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.890997  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0748  amino acid permease family protein  47.27 
 
 		 463 aa  400  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000194828 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0584  amino acid permease-associated region  45.51 
 
 		 463 aa  397  1e-109  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000395475  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0725  amino acid permease family protein  46.59 
 
 		 463 aa  396  1e-109  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.050872  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3525  amino acid permease-associated region  45.95 
 
 		 462 aa  397  1e-109  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4610  amino acid permease family protein  46.59 
 
 		 463 aa  395  1e-109  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000638139  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0608  amino acid permease-associated region  45.91 
 
 		 463 aa  392  1e-108  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000166726  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4894  amino acid permease-associated region  45.37 
 
 		 459 aa  394  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0103  gamma-aminobutyrate permease related permease  46.41 
 
 		 449 aa  393  1e-108  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000103198  hitchhiker  0.00000046337 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1560  amino acid permease  42.54 
 
 		 461 aa  386  1e-106  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.762264  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2440  amino acid permease  42.67 
 
 		 461 aa  382  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2459  amino acid permease-associated region  43.33 
 
 		 462 aa  382  1e-105  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000167644  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1170  amino acid permease  43.01 
 
 		 485 aa  383  1e-105  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.247985  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0717  amino acid permease  43.53 
 
 		 447 aa  380  1e-104  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0745  amino acid permease  43.53 
 
 		 447 aa  380  1e-104  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.527192  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1709  amino acid permease  43.53 
 
 		 447 aa  380  1e-104  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3129  amino acid permease  42.63 
 
 		 468 aa  376  1e-103  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1244  proline-specific permease  42.36 
 
 		 485 aa  377  1e-103  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5984  amino acid permease-associated region  42.8 
 
 		 460 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1646  amino acid transporter  42.37 
 
 		 460 aa  372  1e-102  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.815643  normal  0.134679 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3996  amino acid permease-associated region  42.8 
 
 		 460 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0663  gamma-aminobutyrate permease related permease  43.76 
 
 		 457 aa  373  1e-102  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4371  amino acid permease-associated region  42.8 
 
 		 460 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0172  amino acid permease-associated region  45.25 
 
 		 468 aa  370  1e-101  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2796  amino acid permease  43.98 
 
 		 468 aa  369  1e-101  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0563419  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0036  amino acid permease  44.21 
 
 		 468 aa  371  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3181  amino acid permease  43.98 
 
 		 468 aa  369  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0019  amino acid permease  43.98 
 
 		 468 aa  369  1e-101  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.038207  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1747  amino acid permease  43.98 
 
 		 468 aa  369  1e-101  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3814  amino acid permease  44.21 
 
 		 468 aa  371  1e-101  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.756679  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4250  amino acid permease-associated region  42.43 
 
 		 471 aa  370  1e-101  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.254584  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3874  amino acid permease  44.21 
 
 		 468 aa  371  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1325  amino acid permease-associated region  42.64 
 
 		 452 aa  366  1e-100  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00135796  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1095  amino acid permease-associated region  42.35 
 
 		 455 aa  367  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.212668  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1095  amino acid permease-associated region  42.35 
 
 		 455 aa  367  1e-100  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3225  amino acid permease-associated region  41.43 
 
 		 467 aa  366  1e-100  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0173  putative transport protein YifK  41.94 
 
 		 467 aa  361  1e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00277796  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0905  amino acid permease-associated region  40.97 
 
 		 460 aa  361  2e-98  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.269998  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0105  aromatic amino acid transporter  40.7 
 
 		 456 aa  359  5e-98  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.138905  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>