More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_2472 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009832  Spro_2472  amino acid permease-associated region  100 
 
 
485 aa  988    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4759  D-alanine/D-serine/glycine permease  55.15 
 
 
467 aa  525  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.329595  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4794  D-alanine/D-serine/glycine permease  55.15 
 
 
467 aa  525  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.489012  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4840  D-alanine/D-serine/glycine permease  55.04 
 
 
468 aa  520  1e-146  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.317801  normal  0.122354 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4718  D-alanine/D-serine/glycine permease  55.04 
 
 
468 aa  521  1e-146  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0967735  normal  0.0466612 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04080  D-alanine/D-serine/glycine transporter  54.08 
 
 
470 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000357991  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3785  amino acid permease-associated region  54.08 
 
 
470 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000255253  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4676  D-alanine/D-serine/glycine permease  54.62 
 
 
469 aa  517  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00205284  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4896  D-alanine/D-serine/glycine permease  55.86 
 
 
473 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.673653  normal  0.259186 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4776  D-alanine/D-serine/glycine permease  54.08 
 
 
470 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000471149  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3798  D-alanine/D-serine/glycine permease  54.08 
 
 
470 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000560112  normal  0.948087 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4666  D-alanine/D-serine/glycine permease  54.62 
 
 
469 aa  517  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0386097  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4458  D-alanine/D-serine/glycine permease  54.08 
 
 
467 aa  518  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000362617  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4632  D-alanine/D-serine/glycine permease  55.63 
 
 
468 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.75325  normal  0.0825274 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04043  hypothetical protein  54.08 
 
 
470 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000255427  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4816  D-alanine/D-serine/glycine permease  54.62 
 
 
469 aa  517  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.343115  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5725  D-alanine/D-serine/glycine permease  54.08 
 
 
470 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00067927  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2045  D-alanine/D-serine/glycine permease  56.8 
 
 
471 aa  513  1e-144  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00488299  normal  0.01176 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2361  D-alanine/D-serine/glycine permease  56.8 
 
 
474 aa  513  1e-144  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.149802  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2259  D-alanine/D-serine/glycine permease  56.8 
 
 
471 aa  512  1e-144  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.046598  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4749  D-alanine/D-serine/glycine permease  53.86 
 
 
470 aa  514  1e-144  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000228678  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1516  amino acid permease-associated region  56.66 
 
 
469 aa  513  1e-144  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.413789  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3098  D-alanine/D-serine/glycine permease  55.76 
 
 
474 aa  514  1e-144  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2200  amino acid permease-associated region  56.77 
 
 
467 aa  510  1e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1591  D-alanine/D-serine/glycine permease  53.7 
 
 
470 aa  510  1e-143  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.892948  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0378  D-alanine/D-serine/glycine permease  53.76 
 
 
469 aa  509  1e-143  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000253333  normal  0.311262 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1825  D-alanine/D-serine/glycine permease  55.98 
 
 
466 aa  509  1e-143  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.20063 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2672  D-alanine/D-serine/glycine permease  55.17 
 
 
470 aa  508  9.999999999999999e-143  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.164346  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4685  D-alanine/D-serine/glycine permease  54.51 
 
 
467 aa  507  9.999999999999999e-143  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000407821  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2394  amino acid permease-associated region  57.11 
 
 
472 aa  504  1e-141  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3739  D-alanine/D-serine/glycine permease  54.47 
 
 
482 aa  499  1e-140  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0151839  normal  0.192087 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2608  D-alanine/D-serine/glycine permease  51.88 
 
 
487 aa  498  1e-140  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.737465 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1448  amino acid permease-associated region  56.43 
 
 
473 aa  491  1e-137  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30130  gamma-aminobutyrate permease-like transporter  55.06 
 
 
503 aa  489  1e-137  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.362555 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0916  D-serine/D-alanine/glycine transporter  50.98 
 
 
466 aa  491  1e-137  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.104508  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0405  D-alanine/D-serine/glycine permease  56.14 
 
 
457 aa  487  1e-136  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0728357 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4275  amino acid permease-associated region  52.11 
 
 
467 aa  485  1e-136  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0983  amino acid permease-associated region  52.94 
 
 
473 aa  486  1e-136  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.604277  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3773  amino acid permease-associated region  50 
 
 
502 aa  480  1e-134  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0539  amino acid permease-associated region  50.44 
 
 
513 aa  439  9.999999999999999e-123  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04173  D-alanine/D-serine/glycine permease  55.33 
 
 
440 aa  434  1e-120  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11719  D-serine/alanine/glycine transporter protein cycA  48.57 
 
 
556 aa  423  1e-117  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.636709  normal  0.17883 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1260  amino acid permease family protein  45.15 
 
 
452 aa  414  1e-114  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0056  amino acid permease family protein  49.67 
 
 
467 aa  414  1e-114  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0051  amino acid permease family protein  49.36 
 
 
467 aa  413  1e-114  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.450318  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3611  amino acid permease-associated region  47.81 
 
 
493 aa  410  1e-113  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2017  amino acid permease family protein  45.35 
 
 
458 aa  407  1.0000000000000001e-112  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.000181843  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1787  amino acid permease-associated region  44.62 
 
 
453 aa  397  1e-109  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1753  amino acid permease-associated region  44.62 
 
 
453 aa  397  1e-109  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0124899  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2142  amino acid permease family protein  42.92 
 
 
459 aa  394  1e-108  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2464  amino acid permease-associated region  46.15 
 
 
469 aa  391  1e-107  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.025431  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2513  amino acid permease-associated region  46.15 
 
 
469 aa  391  1e-107  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0665501  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4992  amino acid permease-associated region  39.46 
 
 
475 aa  361  2e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0762  amino acid permease family protein  41.33 
 
 
463 aa  352  8.999999999999999e-96  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.561238  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0821  amino acid permease family protein  41.33 
 
 
463 aa  352  1e-95  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000433182  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0100  amino acid permease-associated region  42.09 
 
 
449 aa  350  4e-95  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000148817  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0608  amino acid permease-associated region  40.89 
 
 
463 aa  349  5e-95  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000166726  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0748  amino acid permease family protein  40.62 
 
 
463 aa  349  6e-95  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000194828 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0659  amino acid permease family protein  40.62 
 
 
463 aa  349  6e-95  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000492464  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0603  amino acid permease; proline-specific permease  40.62 
 
 
463 aa  349  6e-95  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000034111  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0604  amino acid permease; proline-specific permease  40.62 
 
 
463 aa  349  6e-95  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000017445  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0693  amino acid permease family protein  40.62 
 
 
463 aa  349  6e-95  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.890997  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0584  amino acid permease-associated region  40.18 
 
 
463 aa  347  3e-94  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000395475  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0725  amino acid permease family protein  40.44 
 
 
463 aa  346  7e-94  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.050872  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3389  amino acid permease-associated region  40.13 
 
 
464 aa  344  2e-93  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4610  amino acid permease family protein  40 
 
 
463 aa  342  1e-92  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000638139  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3525  amino acid permease-associated region  41.27 
 
 
462 aa  342  1e-92  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1301  amino acid permease-associated region  40.72 
 
 
448 aa  341  2e-92  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4894  amino acid permease-associated region  37.01 
 
 
459 aa  333  5e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0103  gamma-aminobutyrate permease related permease  42.01 
 
 
449 aa  333  5e-90  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000103198  hitchhiker  0.00000046337 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1480  amino acid permease  40.43 
 
 
462 aa  329  7e-89  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000231717  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01910  gamma-aminobutyrate permease-like transporter  39.91 
 
 
488 aa  327  2.0000000000000001e-88  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2459  amino acid permease-associated region  38.78 
 
 
462 aa  326  5e-88  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000167644  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1170  amino acid permease  37.58 
 
 
485 aa  325  8.000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.247985  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1560  amino acid permease  38.64 
 
 
461 aa  324  2e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.762264  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4250  amino acid permease-associated region  38.32 
 
 
471 aa  325  2e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.254584  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2440  amino acid permease  38.64 
 
 
461 aa  323  3e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3129  amino acid permease  38 
 
 
468 aa  323  3e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1244  proline-specific permease  37.15 
 
 
485 aa  323  3e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1709  amino acid permease  38.64 
 
 
447 aa  323  6e-87  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0717  amino acid permease  38.64 
 
 
447 aa  323  6e-87  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0745  amino acid permease  38.64 
 
 
447 aa  323  6e-87  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.527192  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0036  amino acid permease  38.37 
 
 
468 aa  322  8e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3814  amino acid permease  38.37 
 
 
468 aa  322  8e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.756679  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3874  amino acid permease  38.37 
 
 
468 aa  322  8e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0105  aromatic amino acid transporter  36.23 
 
 
456 aa  322  9.999999999999999e-87  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.138905  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0116  aromatic amino acid transporter  36.23 
 
 
456 aa  320  3e-86  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000572779  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3490  amino acid permease-associated region  36.23 
 
 
456 aa  320  3e-86  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.475795  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2796  amino acid permease  38.15 
 
 
468 aa  320  3e-86  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0563419  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3547  aromatic amino acid transporter  36.23 
 
 
456 aa  320  3e-86  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0288146  hitchhiker  0.00579888 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0114  aromatic amino acid transporter  36.23 
 
 
456 aa  320  3e-86  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00114785  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0663  gamma-aminobutyrate permease related permease  37.47 
 
 
457 aa  320  3e-86  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3181  amino acid permease  38.15 
 
 
468 aa  320  3e-86  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0019  amino acid permease  38.15 
 
 
468 aa  320  3e-86  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.038207  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1747  amino acid permease  38.15 
 
 
468 aa  320  3e-86  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0115  aromatic amino acid transporter  36.23 
 
 
456 aa  320  3e-86  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.329047 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00111  aromatic amino acid transporter  36.23 
 
 
457 aa  320  3.9999999999999996e-86  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00136665  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00110  hypothetical protein  36.23 
 
 
457 aa  320  3.9999999999999996e-86  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00481643  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0658  aromatic amino acid transporter  36.23 
 
 
456 aa  320  3.9999999999999996e-86  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.189383  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0118  aromatic amino acid transporter  36.01 
 
 
456 aa  319  9e-86  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0360235  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>