More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_4032 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010571  Oter_4032  GreA/GreB family elongation factor  100 
 
 
616 aa  1261    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0362569 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0531  GreA/GreB family elongation factor  29.88 
 
 
615 aa  237  6e-61  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2695  transcript cleavage factor/unknown domain fusion protein  25 
 
 
901 aa  165  2.0000000000000002e-39  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000565329  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0132  transcript cleavage factor/unknown domain fusion protein  23.86 
 
 
901 aa  125  2e-27  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0004  transcript cleavage factor/unknown domain fusion protein  23.3 
 
 
714 aa  108  2e-22  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0658  transcription elongation factor GreA  37.27 
 
 
162 aa  95.1  3e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000211465  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1648  transcription elongation factor GreA  37.98 
 
 
159 aa  94.4  6e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0809  transcription elongation factor GreA  38.03 
 
 
157 aa  94  7e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000158219  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1372  transcription elongation factor GreA  34.23 
 
 
161 aa  89.4  2e-16  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1629  transcription elongation factor GreA  36 
 
 
162 aa  88.2  4e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.95572  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00740  transcription elongation factor GreA  32.47 
 
 
161 aa  87.4  6e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000778945  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0130  transcription elongation factor GreA  30.07 
 
 
163 aa  87.4  7e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  unclonable  0.000000000129551  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1044  transcription elongation factor GreA  34.67 
 
 
162 aa  87  9e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.000000369398  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0700  transcription elongation factor GreA  32.89 
 
 
159 aa  86.7  0.000000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0169393  normal  0.415235 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2073  transcription elongation factor GreA  31.82 
 
 
168 aa  87  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.383099 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00085  transcription elongation factor GreA  35.14 
 
 
154 aa  86.7  0.000000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.428672  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1854  transcription elongation factor GreA  33.77 
 
 
159 aa  86.3  0.000000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.866249  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0978  transcription elongation factor GreA  34.01 
 
 
158 aa  85.1  0.000000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.389185  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1242  transcription elongation factor GreA  31.91 
 
 
164 aa  84.7  0.000000000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.0000000024894  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0563  transcription elongation factor GreA  32.64 
 
 
158 aa  84  0.000000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00266162  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0250  transcription elongation factor GreA  34.19 
 
 
158 aa  84.3  0.000000000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000127535  normal  0.353375 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0480  transcription elongation factor GreA  34.03 
 
 
158 aa  84  0.000000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000270875  normal  0.813705 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0426  transcription elongation factor GreA  33.33 
 
 
156 aa  84.3  0.000000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.194189  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3355  transcription elongation factor GreA  33.33 
 
 
158 aa  84  0.000000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00153993  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1534  transcription elongation factor GreA  31.51 
 
 
165 aa  84  0.000000000000008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0151  GreA/GreB family elongation factor  30.77 
 
 
160 aa  84  0.000000000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000000000044733  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0798  transcription elongation factor GreA  32.41 
 
 
159 aa  83.6  0.000000000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000258876  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3489  transcription elongation factor GreA  33.33 
 
 
158 aa  83.2  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0192346  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3595  transcription elongation factor GreA  33.33 
 
 
158 aa  83.2  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.303006  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3657  transcription elongation factor GreA  33.33 
 
 
158 aa  83.2  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00121074  normal  0.243551 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2887  transcription elongation factor GreA  35.92 
 
 
157 aa  83.2  0.00000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3558  transcription elongation factor GreA  33.33 
 
 
158 aa  83.2  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0635889  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3619  transcription elongation factor GreA  37.14 
 
 
158 aa  83.2  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3488  transcription elongation factor GreA  33.33 
 
 
158 aa  83.2  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000067905  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2213  transcription elongation factor GreA  32.64 
 
 
158 aa  83.2  0.00000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1013  transcription elongation factor GreA  32.64 
 
 
158 aa  83.6  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.267207  normal  0.0365336 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1078  transcription elongation factor GreA  32.64 
 
 
158 aa  83.6  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.949733  normal  0.134569 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1980  transcription elongation factor GreA  32 
 
 
158 aa  83.6  0.00000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00819368 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2078  transcription elongation factor GreA  33.56 
 
 
158 aa  83.6  0.00000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000287405  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1017  transcription elongation factor GreA  32.64 
 
 
158 aa  83.6  0.00000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.250708  hitchhiker  0.00044331 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2523  transcription elongation factor GreA  33.56 
 
 
158 aa  83.6  0.00000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000182345  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2221  transcription elongation factor GreA  28.76 
 
 
164 aa  82.4  0.00000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0997  transcription elongation factor GreA  32.64 
 
 
158 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00368773  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3615  transcription elongation factor GreA  31.94 
 
 
158 aa  82.4  0.00000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000143014  normal  0.24531 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2181  transcription elongation factor GreA  38.41 
 
 
154 aa  82.8  0.00000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.015275  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2782  transcription elongation factor GreA  31.41 
 
 
158 aa  82.4  0.00000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2468  transcription elongation factor GreA  31.41 
 
 
158 aa  82.4  0.00000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0977  transcription elongation factor GreA  33.33 
 
 
158 aa  82.4  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1680  transcription elongation factor GreA  34.65 
 
 
161 aa  82  0.00000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.212705 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1901  transcription elongation factor GreA  33.55 
 
 
158 aa  81.3  0.00000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00416559  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2353  transcription elongation factor GreA  37.5 
 
 
157 aa  81.3  0.00000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.000000957781  decreased coverage  0.00150302 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0394  transcription elongation factor GreA  32.17 
 
 
158 aa  81.3  0.00000000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.715679  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3076  transcription elongation factor GreA  36.43 
 
 
171 aa  81.3  0.00000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4815  transcription elongation factor GreA  33.79 
 
 
160 aa  81.3  0.00000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0909183  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03046  transcription elongation factor GreA  31.94 
 
 
158 aa  80.9  0.00000000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000255742  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0526  transcription elongation factor GreA  31.94 
 
 
158 aa  80.9  0.00000000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000858072  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1688  transcription elongation factor GreA  31.54 
 
 
156 aa  80.9  0.00000000000006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.833443 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02997  hypothetical protein  31.94 
 
 
158 aa  80.9  0.00000000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000216901  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4503  transcription elongation factor GreA  31.94 
 
 
158 aa  80.9  0.00000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000410908  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0519  transcription elongation factor GreA  31.94 
 
 
158 aa  80.9  0.00000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000161642  hitchhiker  0.00372154 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3666  transcription elongation factor GreA  31.94 
 
 
158 aa  80.9  0.00000000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000219579  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3589  transcription elongation factor GreA  31.94 
 
 
158 aa  80.9  0.00000000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000874781  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1728  transcription elongation factor GreA  30.67 
 
 
166 aa  80.9  0.00000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3474  transcription elongation factor GreA  33.33 
 
 
158 aa  80.9  0.00000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000137819  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5475  transcription elongation factor GreA  36.43 
 
 
158 aa  80.9  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.670951  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3373  transcription elongation factor GreA  31.94 
 
 
158 aa  80.9  0.00000000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.81015e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2119  transcription elongation factor GreA  30.67 
 
 
166 aa  80.9  0.00000000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.736032  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3477  transcription elongation factor GreA  31.94 
 
 
158 aa  80.9  0.00000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000110708  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2209  transcription elongation factor GreA  30.67 
 
 
166 aa  80.9  0.00000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62900  transcription elongation factor GreA  36.43 
 
 
158 aa  80.9  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1246  transcription elongation factor GreA  36.29 
 
 
162 aa  80.9  0.00000000000006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0270341  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1684  transcription elongation factor GreA  30.87 
 
 
161 aa  80.9  0.00000000000007  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.2329  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0951  GreA/GreB family elongation factor  32.64 
 
 
158 aa  80.9  0.00000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000196364  normal  0.439002 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1466  transcription elongation factor GreA  31.79 
 
 
176 aa  80.9  0.00000000000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0366416  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1444  transcription elongation factor GreA  33.56 
 
 
161 aa  80.5  0.00000000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00276226  normal  0.0904446 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1813  transcription elongation factor GreA  34.48 
 
 
158 aa  80.9  0.00000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00359574  normal  0.0174151 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0313  transcription elongation factor GreA  30.87 
 
 
161 aa  80.5  0.00000000000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1277  transcription elongation factor GreA  32.21 
 
 
158 aa  80.5  0.00000000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.000293441  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2837  transcription elongation factor GreA  33.33 
 
 
158 aa  80.5  0.00000000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0107078  normal  0.0269415 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1377  transcription elongation factor GreA  30.97 
 
 
156 aa  80.1  0.0000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3030  transcription elongation factor GreA  31.47 
 
 
152 aa  79.7  0.0000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.953757  decreased coverage  0.00490744 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1191  transcription elongation factor GreA  31.25 
 
 
158 aa  79.7  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2847  transcription elongation factor GreA  31.25 
 
 
158 aa  79.7  0.0000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000241028  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2481  transcription elongation factor GreA  33.77 
 
 
159 aa  80.1  0.0000000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0162  transcription elongation factor GreA  34.42 
 
 
156 aa  80.1  0.0000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  7.34558e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0880  GreA/GreB family elongation factor  35.66 
 
 
158 aa  79.7  0.0000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0133  transcription elongation factor GreA  36.09 
 
 
162 aa  80.1  0.0000000000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.431567  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0383  transcription elongation factor GreA  34 
 
 
160 aa  80.1  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0620714 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0472  transcription elongation factor GreA  35.48 
 
 
160 aa  79.7  0.0000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.384084  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1564  transcription elongation factor GreA  32.28 
 
 
160 aa  79.7  0.0000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.0000000000290434  hitchhiker  0.000735134 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0335  transcription elongation factor GreA  30.2 
 
 
161 aa  79  0.0000000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4207  transcription elongation factor GreA  35.94 
 
 
169 aa  79.3  0.0000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.388023  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0174  transcription elongation factor GreA  31.21 
 
 
158 aa  79  0.0000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000153177  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2474  transcription elongation factor GreA  31.37 
 
 
156 aa  79.3  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0498  transcription elongation factor GreA  35.2 
 
 
156 aa  79  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0208  transcription elongation factor GreA  33.87 
 
 
158 aa  79  0.0000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000000182043  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1117  transcription elongation factor GreA  31.13 
 
 
159 aa  79  0.0000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.789381  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2897  transcription elongation factor GreA  31.88 
 
 
159 aa  79.3  0.0000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2307  transcription elongation factor GreA  32.89 
 
 
158 aa  79  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0423  transcription elongation factor GreA  30.72 
 
 
156 aa  79  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>