More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE2695 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE2695  transcript cleavage factor/unknown domain fusion protein  100 
 
 		 901 aa  1840    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000565329  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0132  transcript cleavage factor/unknown domain fusion protein  33.93 
 
 		 901 aa  498  1e-139  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0653  putative transcript cleavage factor/TPR domain containing protein  25.29 
 
 		 735 aa  205  3e-51  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4032  GreA/GreB family elongation factor  25 
 
 		 616 aa  165  3e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0362569 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0531  GreA/GreB family elongation factor  21.84 
 
 		 615 aa  114  1.0000000000000001e-23  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1534  transcription elongation factor GreA  40.29 
 
 		 165 aa  104  7e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0004  transcript cleavage factor/unknown domain fusion protein  22.59 
 
 		 714 aa  103  1e-20  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2221  transcription elongation factor GreA  36.71 
 
 		 164 aa  102  4e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2229  transcription elongation factor GreA  38.41 
 
 		 158 aa  97.4  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.570575  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0201  transcription elongation factor GreA  37.06 
 
 		 167 aa  95.9  3e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000273731  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0546  GreA/GreB family elongation factor  38.64 
 
 		 174 aa  95.5  4e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0395  transcription elongation factor GreA  37.5 
 
 		 158 aa  91.3  7e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1577  transcription elongation factor GreA  38.19 
 
 		 161 aa  90.9  9e-17  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1653  transcription elongation factor GreA  36.96 
 
 		 162 aa  90.1  2e-16  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0186205  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1684  transcription elongation factor GreA  35.42 
 
 		 161 aa  90.1  2e-16  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.2329  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0313  transcription elongation factor GreA  35.42 
 
 		 161 aa  89.4  3e-16  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00085  transcription elongation factor GreA  34.03 
 
 		 154 aa  89  4e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.428672  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0498  transcription elongation factor GreA  33.33 
 
 		 156 aa  88.2  6e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3076  transcription elongation factor GreA  31.71 
 
 		 171 aa  88.2  7e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2139  transcription elongation factor GreA  36.88 
 
 		 157 aa  88.2  7e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.194554 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1310  transcription elongation factor GreA  39.34 
 
 		 162 aa  87.8  8e-16  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.324095  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0335  transcription elongation factor GreA  34.72 
 
 		 161 aa  87.8  9e-16  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1611  transcription elongation factor GreA  35.25 
 
 		 158 aa  87  0.000000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  5.69568e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0439  transcription elongation factor GreA  41.23 
 
 		 158 aa  87.4  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.187063  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1044  transcription elongation factor GreA  36.43 
 
 		 162 aa  87.4  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.000000369398  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3030  transcription elongation factor GreA  31.33 
 
 		 152 aa  87.4  0.000000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.953757  decreased coverage  0.00490744 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1277  transcription elongation factor GreA  39.84 
 
 		 158 aa  86.3  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.000293441  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1648  transcription elongation factor GreA  38.06 
 
 		 159 aa  86.7  0.000000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1089  transcription elongation factor GreA  32.05 
 
 		 160 aa  86.3  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.799328 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1218  transcription elongation factor GreA  32.05 
 
 		 160 aa  86.3  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4207  transcription elongation factor GreA  34.06 
 
 		 169 aa  86.3  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.388023  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1246  transcription elongation factor GreA  39.19 
 
 		 162 aa  86.3  0.000000000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0270341  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1023  transcription elongation factor GreA  31.41 
 
 		 160 aa  85.9  0.000000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.299103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2523  transcription elongation factor GreA  35.95 
 
 		 158 aa  85.9  0.000000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000182345  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1865  transcription elongation factor GreA  39.06 
 
 		 158 aa  85.9  0.000000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000182493  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2312  transcription elongation factor GreA  35.04 
 
 		 152 aa  85.5  0.000000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.693473  hitchhiker  0.00295599 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2976  transcription elongation factor GreA  35.66 
 
 		 158 aa  85.1  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.174839  normal  0.133661 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1389  transcription elongation factor  36.77 
 
 		 160 aa  85.1  0.000000000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  3.76815e-17  hitchhiker  8.922560000000001e-24 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4421  transcription elongation factor GreA  34.51 
 
 		 158 aa  85.1  0.000000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1813  transcription elongation factor GreA  33.12 
 
 		 158 aa  84.3  0.000000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00359574  normal  0.0174151 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0327  transcription elongation factor GreA  33.56 
 
 		 161 aa  84  0.00000000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0910  transcription elongation factor GreA  33.33 
 
 		 157 aa  84  0.00000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0986  transcription elongation factor GreA  39.5 
 
 		 158 aa  84  0.00000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.589658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2213  transcription elongation factor GreA  35.33 
 
 		 158 aa  84  0.00000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1980  transcription elongation factor GreA  31.33 
 
 		 158 aa  84.3  0.00000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00819368 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2715  transcription elongation factor GreA  35.66 
 
 		 158 aa  84.3  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0566  transcription elongation factor GreA  31.06 
 
 		 179 aa  84  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0510993  normal  0.103581 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0658  transcription elongation factor GreA  40.71 
 
 		 162 aa  84  0.00000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000211465  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2897  transcription elongation factor GreA  36.42 
 
 		 159 aa  83.2  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2751  transcription elongation factor GreA  35.21 
 
 		 168 aa  82.8  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3400  transcription elongation factor GreA  35.25 
 
 		 158 aa  83.2  0.00000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0549133  normal  0.0891208 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1775  transcription elongation factor GreA  38.76 
 
 		 159 aa  83.2  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000308338  normal  0.0541245 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2078  transcription elongation factor GreA  39.06 
 
 		 158 aa  83.2  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000287405  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6800  transcription elongation factor GreA  36.23 
 
 		 158 aa  82.8  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.817091 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2876  transcription elongation factor GreA  35.51 
 
 		 158 aa  83.6  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4293  transcription elongation factor GreA  33.57 
 
 		 157 aa  83.2  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.795745 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0426  transcription elongation factor GreA  34.27 
 
 		 156 aa  83.2  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.194189  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1372  transcription elongation factor GreA  34.53 
 
 		 161 aa  82.4  0.00000000000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2450  transcription elongation factor GreA  35.51 
 
 		 158 aa  82.4  0.00000000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.596907 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3836  transcription elongation factor GreA  36.23 
 
 		 158 aa  82.8  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.722398 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0394  transcription elongation factor GreA  31.65 
 
 		 158 aa  82.4  0.00000000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.715679  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0673  transcription elongation factor GreA  33.81 
 
 		 152 aa  82  0.00000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.487901 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0906  transcription elongation factor GreA  40 
 
 		 160 aa  82  0.00000000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1254  transcription elongation factor GreA  33.59 
 
 		 158 aa  82.4  0.00000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.378894  normal  0.504509 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2837  transcription elongation factor GreA  38.17 
 
 		 158 aa  82  0.00000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0107078  normal  0.0269415 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0868  transcription elongation factor GreA  36.43 
 
 		 157 aa  82  0.00000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.639151  normal  0.282498 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4606  transcription elongation factor GreA  34.42 
 
 		 158 aa  82  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.127343  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1454  transcription elongation factor GreA  35.71 
 
 		 203 aa  81.6  0.00000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.267598  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1117  transcription elongation factor GreA  36 
 
 		 159 aa  81.6  0.00000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.789381  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0453  transcription elongation factor GreA  31.65 
 
 		 158 aa  81.3  0.00000000000007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0696  transcription elongation factor GreA  40.52 
 
 		 266 aa  80.5  0.0000000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.31866  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3457  transcription elongation factor GreA  36.67 
 
 		 158 aa  80.5  0.0000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.880997  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2474  transcription elongation factor GreA  32.14 
 
 		 156 aa  80.5  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1564  transcription elongation factor GreA  37.1 
 
 		 160 aa  80.9  0.0000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.0000000000290434  hitchhiker  0.000735134 
 
 
-
 
NC_002936  DET0770  transcription elongation factor GreA  38.26 
 
 		 156 aa  79.7  0.0000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.134897  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0304  transcription elongation factor GreA  38 
 
 		 157 aa  80.1  0.0000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1561  transcription elongation factor GreA  34.53 
 
 		 158 aa  79.7  0.0000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.970872  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3739  transcription elongation factor GreA  34.69 
 
 		 158 aa  79.7  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.215382  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1901  transcription elongation factor GreA  37.5 
 
 		 158 aa  79.7  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00416559  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1590  transcription elongation factor GreA  35.97 
 
 		 158 aa  79.7  0.0000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3605  transcription elongation factor GreA  34.69 
 
 		 158 aa  79.7  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000032178  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3127  transcription elongation factor GreA  33.59 
 
 		 158 aa  79.7  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.59991  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3982  transcription elongation factor GreA  34.69 
 
 		 158 aa  79.7  0.0000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000172965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1515  transcription elongation factor GreA  32.92 
 
 		 174 aa  79.7  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.796858 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0669  transcription elongation factor GreA  35 
 
 		 159 aa  80.1  0.0000000000002  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3748  transcription elongation factor GreA  32.37 
 
 		 156 aa  80.1  0.0000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2089  transcription elongation factor GreA  31.88 
 
 		 156 aa  79.7  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.176469  normal  0.347146 
 
 
-
 
NC_004310  BR1504  transcription elongation factor GreA  35.71 
 
 		 157 aa  79.3  0.0000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.893814  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1129  GreA/GreB family elongation factor  34.53 
 
 		 158 aa  79.3  0.0000000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2887  transcription elongation factor GreA  32.59 
 
 		 157 aa  79.3  0.0000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2782  transcription elongation factor GreA  36.23 
 
 		 158 aa  79.3  0.0000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2468  transcription elongation factor GreA  36.23 
 
 		 158 aa  79.3  0.0000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3073  transcription elongation factor GreA  36.54 
 
 		 158 aa  79.3  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1776  transcription elongation factor GreA  31.43 
 
 		 156 aa  79  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325664  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2307  transcription elongation factor GreA  37.5 
 
 		 158 aa  79  0.0000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0423  transcription elongation factor GreA  31.43 
 
 		 156 aa  79  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1456  transcription elongation factor GreA  34.78 
 
 		 165 aa  79  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1660  transcription elongation factor GreA  34.38 
 
 		 157 aa  79  0.0000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.985567  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0828  transcription elongation factor GreA  35.25 
 
 		 158 aa  78.6  0.0000000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0209829  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_676  transcription elongation factor  40.52 
 
 		 265 aa  78.6  0.0000000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00449564  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>