More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1117 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_1117  transcription elongation factor GreA  100 
 
 		 159 aa  317  3.9999999999999996e-86  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.789381  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0304  transcription elongation factor GreA  60 
 
 		 157 aa  187  5e-47  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4815  transcription elongation factor GreA  56.77 
 
 		 160 aa  184  6e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0909183  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3810  transcription elongation factor GreA  59.48 
 
 		 157 aa  183  7e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.138968  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1054  transcription elongation factor GreA  56.77 
 
 		 157 aa  180  9.000000000000001e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1631  transcription elongation factor GreA  58.33 
 
 		 158 aa  178  2.9999999999999997e-44  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0576288  hitchhiker  0.00568101 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1590  transcription elongation factor GreA  55.48 
 
 		 158 aa  176  1e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1688  transcription elongation factor GreA  53.64 
 
 		 156 aa  169  2e-41  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.833443 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01495  putative transcription elongation factor  52.63 
 
 		 158 aa  167  8e-41  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0733  hypothetical protein  53.9 
 
 		 157 aa  166  1e-40  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1672  transcription elongation factor GreA  50 
 
 		 159 aa  153  1e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.112053  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1781  transcription elongation factor GreA  50 
 
 		 159 aa  151  2.9999999999999998e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.695085  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0906  transcription elongation factor GreA  47.71 
 
 		 160 aa  147  5e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1466  transcription elongation factor GreA  48.68 
 
 		 176 aa  145  3e-34  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0366416  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1854  transcription elongation factor GreA  46.71 
 
 		 159 aa  144  5e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.866249  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1564  transcription elongation factor GreA  43.79 
 
 		 160 aa  143  9e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.0000000000290434  hitchhiker  0.000735134 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0495  transcription elongation factor GreA  47.37 
 
 		 160 aa  143  9e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.588124  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0809  transcription elongation factor GreA  49.68 
 
 		 157 aa  140  6e-33  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000158219  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1002  transcription elongation factor GreA  47.71 
 
 		 156 aa  138  3e-32  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000716767  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0658  transcription elongation factor GreA  49.01 
 
 		 162 aa  138  3e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000211465  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1240  transcription elongation factor GreA  54.3 
 
 		 157 aa  136  8.999999999999999e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1128  transcription elongation factor GreA  47.06 
 
 		 156 aa  135  2e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000607304  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3017  transcription elongation factor GreA  44.23 
 
 		 157 aa  135  2e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0940  transcription elongation factor GreA  44.08 
 
 		 172 aa  135  3.0000000000000003e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0480  GreA/GreB family elongation factor  44 
 
 		 158 aa  134  4e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0337518  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1284  transcription elongation factor GreA  45.39 
 
 		 158 aa  134  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.177076  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0567  transcription elongation factor GreA  45.39 
 
 		 158 aa  134  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.535804  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0773  transcription elongation factor GreA  45.39 
 
 		 158 aa  134  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.568342  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1478  transcription elongation factor GreA  45.39 
 
 		 158 aa  134  7.000000000000001e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0496142  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1611  transcription elongation factor GreA  45.39 
 
 		 158 aa  134  7.000000000000001e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.939973  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0584  transcription elongation factor GreA  45.39 
 
 		 158 aa  134  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.125264  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1508  transcription elongation factor GreA  45.39 
 
 		 158 aa  134  7.000000000000001e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.150081  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1733  transcription elongation factor GreA  43.33 
 
 		 158 aa  132  1.9999999999999998e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.669906  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2897  transcription elongation factor GreA  44.65 
 
 		 159 aa  132  1.9999999999999998e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1728  transcription elongation factor GreA  44.74 
 
 		 166 aa  130  6e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2209  transcription elongation factor GreA  44.74 
 
 		 166 aa  130  6.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2119  transcription elongation factor GreA  44.74 
 
 		 166 aa  130  6.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.736032  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2221  transcription elongation factor GreA  43.71 
 
 		 164 aa  130  1.0000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02242  Transcription elongation factor GreA  43.33 
 
 		 153 aa  129  1.0000000000000001e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0681866  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1725  transcription elongation factor GreA  42.76 
 
 		 158 aa  129  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0978  transcription elongation factor GreA  45.33 
 
 		 158 aa  129  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.389185  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1254  transcription elongation factor GreA  43.71 
 
 		 158 aa  128  3e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.378894  normal  0.504509 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2780  transcription elongation factor GreA  44 
 
 		 158 aa  128  3e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.115654  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2976  transcription elongation factor GreA  44.08 
 
 		 158 aa  128  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.174839  normal  0.133661 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2715  transcription elongation factor GreA  44.08 
 
 		 158 aa  127  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1129  GreA/GreB family elongation factor  42 
 
 		 158 aa  128  4.0000000000000003e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1369  transcription elongation factor  43.04 
 
 		 173 aa  128  4.0000000000000003e-29  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0830842  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2073  transcription elongation factor GreA  44.74 
 
 		 168 aa  127  5.0000000000000004e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.383099 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1429  transcription elongation factor GreA  43.04 
 
 		 159 aa  127  5.0000000000000004e-29  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1377  transcription elongation factor GreA  46.36 
 
 		 156 aa  127  6e-29  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0395  transcription elongation factor GreA  43.87 
 
 		 158 aa  127  7.000000000000001e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2312  transcription elongation factor GreA  44 
 
 		 152 aa  127  8.000000000000001e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.693473  hitchhiker  0.00295599 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3355  transcription elongation factor GreA  44 
 
 		 158 aa  127  9.000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00153993  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1263  transcription elongation factor GreA  43.33 
 
 		 168 aa  127  9.000000000000001e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0260201 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0875  transcription elongation factor GreA  43.33 
 
 		 158 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.73287  normal  0.0631013 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2174  transcription elongation factor GreA  42 
 
 		 158 aa  126  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1182  transcription elongation factor GreA  42.38 
 
 		 158 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.22898 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2866  transcription elongation factor GreA  41.83 
 
 		 158 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0891965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1264  transcription elongation factor GreA  42.38 
 
 		 158 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.165873 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0812  transcription elongation factor GreA  42.38 
 
 		 158 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1000  transcription elongation factor GreA  44.16 
 
 		 158 aa  126  1.0000000000000001e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.302487  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1170  transcription elongation factor GreA  42.38 
 
 		 158 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1293  transcription elongation factor GreA  42.38 
 
 		 158 aa  126  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3489  transcription elongation factor GreA  45.33 
 
 		 158 aa  126  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0192346  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3474  transcription elongation factor GreA  45.33 
 
 		 158 aa  125  2.0000000000000002e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000137819  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3982  transcription elongation factor GreA  44.81 
 
 		 158 aa  125  2.0000000000000002e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000172965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3595  transcription elongation factor GreA  45.33 
 
 		 158 aa  126  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.303006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3657  transcription elongation factor GreA  45.33 
 
 		 158 aa  126  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00121074  normal  0.243551 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3739  transcription elongation factor GreA  44.81 
 
 		 158 aa  125  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.215382  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1258  transcription elongation factor GreA  41.83 
 
 		 176 aa  126  2.0000000000000002e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3488  transcription elongation factor GreA  45.33 
 
 		 158 aa  126  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000067905  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0640  transcription elongation factor GreA  44.67 
 
 		 158 aa  125  2.0000000000000002e-28  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.104464  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3605  transcription elongation factor GreA  44.81 
 
 		 158 aa  125  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000032178  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3558  transcription elongation factor GreA  45.33 
 
 		 158 aa  126  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0635889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2571  transcription elongation factor GreA  44.08 
 
 		 158 aa  125  3e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000433551  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0880  GreA/GreB family elongation factor  43.33 
 
 		 158 aa  125  3e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0808  transcription elongation factor GreA  43.33 
 
 		 159 aa  125  3e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.350185  normal  0.0132742 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03046  transcription elongation factor GreA  44 
 
 		 158 aa  124  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000255742  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0526  transcription elongation factor GreA  44 
 
 		 158 aa  124  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000858072  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4293  transcription elongation factor GreA  44.37 
 
 		 157 aa  124  4.0000000000000003e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.795745 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3127  transcription elongation factor GreA  40.79 
 
 		 158 aa  124  4.0000000000000003e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.59991  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3589  transcription elongation factor GreA  44 
 
 		 158 aa  124  4.0000000000000003e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000874781  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3373  transcription elongation factor GreA  44 
 
 		 158 aa  124  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.81015e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1242  transcription elongation factor GreA  43.42 
 
 		 164 aa  124  4.0000000000000003e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.0000000024894  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3357  transcription elongation factor GreA  41.14 
 
 		 159 aa  124  4.0000000000000003e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.970031  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02997  hypothetical protein  44 
 
 		 158 aa  124  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000216901  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0563  transcription elongation factor GreA  44.67 
 
 		 158 aa  124  4.0000000000000003e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00266162  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3666  transcription elongation factor GreA  44 
 
 		 158 aa  124  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000219579  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0519  transcription elongation factor GreA  44 
 
 		 158 aa  124  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000161642  hitchhiker  0.00372154 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4503  transcription elongation factor GreA  44 
 
 		 158 aa  124  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000410908  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3477  transcription elongation factor GreA  44 
 
 		 158 aa  124  4.0000000000000003e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000110708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3615  transcription elongation factor GreA  44 
 
 		 158 aa  124  4.0000000000000003e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000143014  normal  0.24531 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1851  transcription elongation factor GreA  42 
 
 		 158 aa  124  5e-28  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.888423  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1660  transcription elongation factor GreA  44.22 
 
 		 157 aa  124  5e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.985567  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2782  transcription elongation factor GreA  43.71 
 
 		 158 aa  124  5e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2468  transcription elongation factor GreA  43.71 
 
 		 158 aa  124  5e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1522  transcription elongation factor GreA  42.18 
 
 		 158 aa  124  6e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4435  transcription elongation factor GreA  41.72 
 
 		 158 aa  124  7e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2027  transcription elongation factor GreA  41.72 
 
 		 158 aa  124  7e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1980  transcription elongation factor GreA  43.42 
 
 		 158 aa  124  7e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00819368 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>