More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1240 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_1240  transcription elongation factor GreA  100 
 
 		 157 aa  313  5e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4815  transcription elongation factor GreA  59.62 
 
 		 160 aa  187  2.9999999999999997e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0909183  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3810  transcription elongation factor GreA  56.41 
 
 		 157 aa  182  1.0000000000000001e-45  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.138968  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0304  transcription elongation factor GreA  57.05 
 
 		 157 aa  176  1e-43  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1054  transcription elongation factor GreA  56.13 
 
 		 157 aa  172  1.9999999999999998e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1590  transcription elongation factor GreA  54.49 
 
 		 158 aa  168  3e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01495  putative transcription elongation factor  53.29 
 
 		 158 aa  165  2.9999999999999998e-40  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1631  transcription elongation factor GreA  55.19 
 
 		 158 aa  164  5e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0576288  hitchhiker  0.00568101 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0733  hypothetical protein  53.5 
 
 		 157 aa  162  2.0000000000000002e-39  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1117  transcription elongation factor GreA  54.3 
 
 		 159 aa  158  2e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.789381  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1688  transcription elongation factor GreA  50.98 
 
 		 156 aa  154  3e-37  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.833443 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1564  transcription elongation factor GreA  45.28 
 
 		 160 aa  134  5e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.0000000000290434  hitchhiker  0.000735134 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0906  transcription elongation factor GreA  45.28 
 
 		 160 aa  131  3e-30  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1672  transcription elongation factor GreA  44.3 
 
 		 159 aa  130  7.999999999999999e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.112053  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0880  GreA/GreB family elongation factor  46.26 
 
 		 158 aa  127  4.0000000000000003e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0875  transcription elongation factor GreA  44.22 
 
 		 158 aa  127  7.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.73287  normal  0.0631013 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1466  transcription elongation factor GreA  43.67 
 
 		 176 aa  126  1.0000000000000001e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0366416  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1242  transcription elongation factor GreA  43.05 
 
 		 164 aa  126  1.0000000000000001e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.0000000024894  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2727  GreA/GreB family elongation factor  45.77 
 
 		 160 aa  125  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.148274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1854  transcription elongation factor GreA  43.14 
 
 		 159 aa  125  2.0000000000000002e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.866249  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2837  transcription elongation factor GreA  46.81 
 
 		 158 aa  125  3e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0107078  normal  0.0269415 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2780  transcription elongation factor GreA  44.22 
 
 		 158 aa  124  3e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.115654  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42920  transcription elongation factor GreA  46.76 
 
 		 158 aa  125  3e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.393679  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1781  transcription elongation factor GreA  44.44 
 
 		 159 aa  124  5e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.695085  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1725  transcription elongation factor GreA  42.86 
 
 		 158 aa  124  7e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0640  transcription elongation factor GreA  44.68 
 
 		 158 aa  123  9e-28  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.104464  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1851  transcription elongation factor GreA  43.54 
 
 		 158 aa  122  1e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.888423  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1284  transcription elongation factor GreA  44.22 
 
 		 158 aa  123  1e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.177076  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0773  transcription elongation factor GreA  44.22 
 
 		 158 aa  123  1e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.568342  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1611  transcription elongation factor GreA  44.22 
 
 		 158 aa  123  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.939973  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0567  transcription elongation factor GreA  44.22 
 
 		 158 aa  123  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.535804  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1508  transcription elongation factor GreA  44.22 
 
 		 158 aa  123  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.150081  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1478  transcription elongation factor GreA  44.22 
 
 		 158 aa  123  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0496142  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0584  transcription elongation factor GreA  44.22 
 
 		 158 aa  123  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.125264  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2033  transcription elongation factor GreA  41.5 
 
 		 158 aa  123  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.709774  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0809  transcription elongation factor GreA  44.08 
 
 		 157 aa  122  2e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000158219  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2213  transcription elongation factor GreA  43.17 
 
 		 158 aa  122  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1129  GreA/GreB family elongation factor  41.67 
 
 		 158 aa  121  3e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1264  transcription elongation factor GreA  42.38 
 
 		 158 aa  122  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.165873 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0812  transcription elongation factor GreA  42.38 
 
 		 158 aa  122  3e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1293  transcription elongation factor GreA  42.38 
 
 		 158 aa  122  3e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1182  transcription elongation factor GreA  41.72 
 
 		 158 aa  121  4e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.22898 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3615  transcription elongation factor GreA  43.26 
 
 		 158 aa  121  4e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000143014  normal  0.24531 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3619  transcription elongation factor GreA  47.48 
 
 		 158 aa  120  5e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1170  transcription elongation factor GreA  41.72 
 
 		 158 aa  120  5e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1522  transcription elongation factor GreA  40 
 
 		 158 aa  120  6e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3017  transcription elongation factor GreA  40.4 
 
 		 157 aa  120  6e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0495  transcription elongation factor GreA  43.14 
 
 		 160 aa  120  9e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.588124  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4930  transcription elongation factor GreA  42.67 
 
 		 158 aa  120  9e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.41417 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2027  transcription elongation factor GreA  41.72 
 
 		 158 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1000  transcription elongation factor GreA  43.97 
 
 		 158 aa  120  9.999999999999999e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.302487  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03046  transcription elongation factor GreA  41.84 
 
 		 158 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000255742  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0526  transcription elongation factor GreA  41.84 
 
 		 158 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000858072  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0519  transcription elongation factor GreA  41.84 
 
 		 158 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000161642  hitchhiker  0.00372154 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3574  transcription elongation factor GreA  43.97 
 
 		 153 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.601656  hitchhiker  0.00344058 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3477  transcription elongation factor GreA  41.84 
 
 		 158 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000110708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3589  transcription elongation factor GreA  41.84 
 
 		 158 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000874781  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3666  transcription elongation factor GreA  41.84 
 
 		 158 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000219579  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3373  transcription elongation factor GreA  41.84 
 
 		 158 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.81015e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02997  hypothetical protein  41.84 
 
 		 158 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000216901  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4503  transcription elongation factor GreA  41.84 
 
 		 158 aa  119  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000410908  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1733  transcription elongation factor GreA  42.36 
 
 		 158 aa  118  3e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.669906  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0480  GreA/GreB family elongation factor  41.96 
 
 		 158 aa  118  3e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0337518  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5475  transcription elongation factor GreA  46.04 
 
 		 158 aa  118  3e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.670951  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0808  transcription elongation factor GreA  43.57 
 
 		 159 aa  118  3e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.350185  normal  0.0132742 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0977  transcription elongation factor GreA  44.68 
 
 		 158 aa  118  3e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62900  transcription elongation factor GreA  46.04 
 
 		 158 aa  118  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3474  transcription elongation factor GreA  41.84 
 
 		 158 aa  118  3.9999999999999996e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000137819  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2312  transcription elongation factor GreA  40.4 
 
 		 152 aa  118  3.9999999999999996e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.693473  hitchhiker  0.00295599 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3355  transcription elongation factor GreA  41.84 
 
 		 158 aa  117  4.9999999999999996e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00153993  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3657  transcription elongation factor GreA  41.13 
 
 		 158 aa  117  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00121074  normal  0.243551 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3558  transcription elongation factor GreA  41.13 
 
 		 158 aa  117  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0635889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3489  transcription elongation factor GreA  41.13 
 
 		 158 aa  117  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0192346  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3595  transcription elongation factor GreA  41.13 
 
 		 158 aa  117  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.303006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3488  transcription elongation factor GreA  41.13 
 
 		 158 aa  117  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000067905  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0563  transcription elongation factor GreA  41.84 
 
 		 158 aa  117  6e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00266162  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3357  transcription elongation factor GreA  40.56 
 
 		 159 aa  117  6e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.970031  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0798  transcription elongation factor GreA  40.85 
 
 		 159 aa  117  6e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000258876  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3402  transcription elongation factor GreA  43.26 
 
 		 153 aa  117  9e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000615218 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1017  transcription elongation factor GreA  40.82 
 
 		 158 aa  116  9.999999999999999e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02242  Transcription elongation factor GreA  43.17 
 
 		 153 aa  116  9.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0681866  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4435  transcription elongation factor GreA  40.4 
 
 		 158 aa  116  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1146  transcription elongation factor GreA  40.14 
 
 		 158 aa  115  1.9999999999999998e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3073  transcription elongation factor GreA  43.57 
 
 		 158 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1263  transcription elongation factor GreA  40.82 
 
 		 168 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0260201 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1775  transcription elongation factor GreA  41.96 
 
 		 159 aa  115  1.9999999999999998e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000308338  normal  0.0541245 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1254  transcription elongation factor GreA  42.03 
 
 		 158 aa  115  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.378894  normal  0.504509 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3084  GreA/GreB family elongation factor  41.96 
 
 		 158 aa  115  1.9999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2523  transcription elongation factor GreA  41.61 
 
 		 158 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000182345  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3739  transcription elongation factor GreA  39.72 
 
 		 158 aa  115  3e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.215382  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3982  transcription elongation factor GreA  39.72 
 
 		 158 aa  115  3e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000172965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3605  transcription elongation factor GreA  39.72 
 
 		 158 aa  115  3e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000032178  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2078  transcription elongation factor GreA  40.79 
 
 		 158 aa  115  3e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000287405  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3457  transcription elongation factor GreA  42.55 
 
 		 158 aa  114  3.9999999999999997e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.880997  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0940  transcription elongation factor GreA  42.36 
 
 		 172 aa  114  3.9999999999999997e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0788  transcription elongation factor GreA  43.17 
 
 		 158 aa  114  5e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2866  transcription elongation factor GreA  39.46 
 
 		 158 aa  114  5e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0891965  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0638  transcription elongation factor GreA  43.17 
 
 		 158 aa  114  5e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1444  transcription elongation factor GreA  40.27 
 
 		 161 aa  114  6e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00276226  normal  0.0904446 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1258  transcription elongation factor GreA  39.46 
 
 		 176 aa  113  7.999999999999999e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>