More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1254 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1254  transcription elongation factor GreA  100 
 
 		 158 aa  317  3.9999999999999996e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.378894  normal  0.504509 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2715  transcription elongation factor GreA  93.67 
 
 		 158 aa  298  2e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2976  transcription elongation factor GreA  92.41 
 
 		 158 aa  296  9e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.174839  normal  0.133661 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3127  transcription elongation factor GreA  90.51 
 
 		 158 aa  290  6e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.59991  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2118  transcription elongation factor GreA  83.44 
 
 		 157 aa  265  2e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1660  transcription elongation factor GreA  78.85 
 
 		 157 aa  256  1e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.985567  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1504  transcription elongation factor GreA  79.49 
 
 		 157 aa  255  2e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.893814  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1454  transcription elongation factor GreA  78.85 
 
 		 203 aa  254  3e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.267598  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0984  transcription elongation factor GreA  78.85 
 
 		 157 aa  254  4e-67  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.406423  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1023  transcription elongation factor GreA  75.8 
 
 		 160 aa  251  3e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.299103  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1089  transcription elongation factor GreA  75.16 
 
 		 160 aa  249  8.000000000000001e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.799328 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1218  transcription elongation factor GreA  75.16 
 
 		 160 aa  249  8.000000000000001e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0566  transcription elongation factor GreA  74.52 
 
 		 179 aa  241  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0510993  normal  0.103581 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0868  transcription elongation factor GreA  73.08 
 
 		 157 aa  236  8e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.639151  normal  0.282498 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3400  transcription elongation factor GreA  71.15 
 
 		 158 aa  234  2e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0549133  normal  0.0891208 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4421  transcription elongation factor GreA  71.15 
 
 		 158 aa  233  9e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2450  transcription elongation factor GreA  70.7 
 
 		 158 aa  228  2e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.596907 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1515  transcription elongation factor GreA  69.43 
 
 		 174 aa  228  4e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.796858 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1456  transcription elongation factor GreA  69.43 
 
 		 165 aa  227  4e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6800  transcription elongation factor GreA  68.15 
 
 		 158 aa  227  6e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.817091 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3836  transcription elongation factor GreA  69.43 
 
 		 158 aa  226  7e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.722398 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2876  transcription elongation factor GreA  69.43 
 
 		 158 aa  226  1e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4606  transcription elongation factor GreA  67.52 
 
 		 158 aa  225  2e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.127343  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0673  transcription elongation factor GreA  70.2 
 
 		 152 aa  224  4e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.487901 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2751  transcription elongation factor GreA  68.15 
 
 		 168 aa  222  1e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2312  transcription elongation factor GreA  70.39 
 
 		 152 aa  220  4.9999999999999996e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.693473  hitchhiker  0.00295599 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4293  transcription elongation factor GreA  67.95 
 
 		 157 aa  215  2e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.795745 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2139  transcription elongation factor GreA  64.97 
 
 		 157 aa  210  5.999999999999999e-54  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.194554 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3017  transcription elongation factor GreA  63.06 
 
 		 157 aa  206  1e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2887  transcription elongation factor GreA  62.42 
 
 		 157 aa  206  1e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0910  transcription elongation factor GreA  61.78 
 
 		 157 aa  202  1e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3030  transcription elongation factor GreA  63.82 
 
 		 152 aa  200  7e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.953757  decreased coverage  0.00490744 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0426  transcription elongation factor GreA  62.18 
 
 		 156 aa  197  6e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.194189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2474  transcription elongation factor GreA  61.54 
 
 		 156 aa  196  7e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0423  transcription elongation factor GreA  60.9 
 
 		 156 aa  196  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1776  transcription elongation factor GreA  60.9 
 
 		 156 aa  196  1.0000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325664  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3076  transcription elongation factor GreA  60.9 
 
 		 171 aa  194  3e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3748  transcription elongation factor GreA  61.15 
 
 		 156 aa  190  8e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2073  transcription elongation factor GreA  58.6 
 
 		 168 aa  189  1e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.383099 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1728  transcription elongation factor GreA  59.74 
 
 		 166 aa  189  1e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2119  transcription elongation factor GreA  59.74 
 
 		 166 aa  189  2e-47  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.736032  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2209  transcription elongation factor GreA  59.74 
 
 		 166 aa  189  2e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0498  transcription elongation factor GreA  60.26 
 
 		 156 aa  186  1e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0978  transcription elongation factor GreA  58.06 
 
 		 158 aa  180  6e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.389185  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00085  transcription elongation factor GreA  58.55 
 
 		 154 aa  177  7e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.428672  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0394  transcription elongation factor GreA  58.06 
 
 		 158 aa  177  7e-44  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.715679  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1980  transcription elongation factor GreA  58.6 
 
 		 158 aa  176  1e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00819368 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0453  transcription elongation factor GreA  58.82 
 
 		 158 aa  176  2e-43  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3357  transcription elongation factor GreA  55.06 
 
 		 159 aa  174  4e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.970031  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0788  transcription elongation factor GreA  61.01 
 
 		 158 aa  174  5e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0638  transcription elongation factor GreA  61.01 
 
 		 158 aa  174  5e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1813  transcription elongation factor GreA  56.13 
 
 		 158 aa  172  9.999999999999999e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00359574  normal  0.0174151 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1277  transcription elongation factor GreA  53.5 
 
 		 158 aa  171  3.9999999999999995e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.000293441  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1774  transcription elongation factor GreA  57.32 
 
 		 158 aa  171  3.9999999999999995e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.110279  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1775  transcription elongation factor GreA  53.8 
 
 		 159 aa  170  7.999999999999999e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000308338  normal  0.0541245 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1901  transcription elongation factor GreA  53.5 
 
 		 158 aa  170  9e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00416559  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2078  transcription elongation factor GreA  51.59 
 
 		 158 aa  169  2e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000287405  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1561  transcription elongation factor GreA  54.19 
 
 		 158 aa  168  2e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.970872  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1865  transcription elongation factor GreA  51.59 
 
 		 158 aa  168  3e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000182493  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2523  transcription elongation factor GreA  51.59 
 
 		 158 aa  167  4e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000182345  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2307  transcription elongation factor GreA  52.87 
 
 		 158 aa  167  5e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3474  transcription elongation factor GreA  55.48 
 
 		 158 aa  167  5e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000137819  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1851  transcription elongation factor GreA  54.14 
 
 		 158 aa  167  7e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.888423  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3355  transcription elongation factor GreA  53.55 
 
 		 158 aa  166  1e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00153993  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1611  transcription elongation factor GreA  52.23 
 
 		 158 aa  166  1e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  5.69568e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2571  transcription elongation factor GreA  54.14 
 
 		 158 aa  165  2e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000433551  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3084  GreA/GreB family elongation factor  55.13 
 
 		 158 aa  166  2e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3739  transcription elongation factor GreA  52.9 
 
 		 158 aa  164  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.215382  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2677  transcription elongation factor GreA  54.78 
 
 		 160 aa  164  2.9999999999999998e-40  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2549  transcription elongation factor GreA  54.78 
 
 		 160 aa  164  2.9999999999999998e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3605  transcription elongation factor GreA  52.9 
 
 		 158 aa  164  2.9999999999999998e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000032178  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3982  transcription elongation factor GreA  52.9 
 
 		 158 aa  164  2.9999999999999998e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000000172965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1000  transcription elongation factor GreA  52.26 
 
 		 158 aa  165  2.9999999999999998e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.302487  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3457  transcription elongation factor GreA  55.19 
 
 		 158 aa  163  6.9999999999999995e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.880997  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3595  transcription elongation factor GreA  53.25 
 
 		 158 aa  163  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.303006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3657  transcription elongation factor GreA  53.25 
 
 		 158 aa  163  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00121074  normal  0.243551 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1129  GreA/GreB family elongation factor  54.84 
 
 		 158 aa  163  1.0000000000000001e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3488  transcription elongation factor GreA  53.25 
 
 		 158 aa  163  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000067905  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3558  transcription elongation factor GreA  53.25 
 
 		 158 aa  163  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0635889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3489  transcription elongation factor GreA  53.25 
 
 		 158 aa  163  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0192346  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2612  transcription elongation factor GreA  55.84 
 
 		 158 aa  162  2.0000000000000002e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.657313 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2389  transcription elongation factor GreA  55.84 
 
 		 158 aa  162  2.0000000000000002e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.643877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1469  transcription elongation factor GreA  55.84 
 
 		 158 aa  162  2.0000000000000002e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0880  GreA/GreB family elongation factor  52.29 
 
 		 158 aa  160  5.0000000000000005e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0563  transcription elongation factor GreA  53.55 
 
 		 158 aa  160  5.0000000000000005e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00266162  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4207  transcription elongation factor GreA  50.96 
 
 		 169 aa  160  6e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.388023  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002600  transcription elongation factor GreA  56.05 
 
 		 157 aa  160  8.000000000000001e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000901215  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03407  transcription elongation factor GreA  56.05 
 
 		 157 aa  160  9e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0808  transcription elongation factor GreA  50.33 
 
 		 159 aa  159  1e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.350185  normal  0.0132742 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0480  transcription elongation factor GreA  51.61 
 
 		 158 aa  159  1e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000270875  normal  0.813705 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2229  transcription elongation factor GreA  53.21 
 
 		 158 aa  159  1e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.570575  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0526  transcription elongation factor GreA  51.3 
 
 		 158 aa  158  2e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000858072  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1263  transcription elongation factor GreA  54.55 
 
 		 168 aa  158  2e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0260201 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0519  transcription elongation factor GreA  51.3 
 
 		 158 aa  158  2e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000161642  hitchhiker  0.00372154 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3477  transcription elongation factor GreA  51.3 
 
 		 158 aa  158  2e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000110708  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1146  transcription elongation factor GreA  55.19 
 
 		 158 aa  159  2e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3589  transcription elongation factor GreA  51.3 
 
 		 158 aa  158  2e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000874781  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02997  hypothetical protein  51.3 
 
 		 158 aa  158  2e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000216901  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3666  transcription elongation factor GreA  51.3 
 
 		 158 aa  158  2e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000219579  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4503  transcription elongation factor GreA  51.3 
 
 		 158 aa  158  2e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000000410908  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>