61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_3712 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_3712  G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase  100 
 
 		 188 aa  367  1e-101  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.204374  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0939  Uracil-DNA glycosylase superfamily  62.16 
 
 		 193 aa  213  1.9999999999999998e-54  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3921  Uracil-DNA glycosylase superfamily  59.46 
 
 		 190 aa  202  2e-51  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6749  G:T/U mismatch-specific DNA glycosylase-like protein  49.71 
 
 		 208 aa  160  1e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.32672 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22360  G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase  52.98 
 
 		 193 aa  157  7e-38  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.504807  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19740  G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase  54.6 
 
 		 185 aa  157  1e-37  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00332504  normal  0.0115299 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1752  Uracil-DNA glycosylase superfamily  47.31 
 
 		 197 aa  156  2e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.283684  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4484  Uracil-DNA glycosylase superfamily  48.33 
 
 		 187 aa  154  7e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0947476  normal  0.892156 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6055  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  48.6 
 
 		 297 aa  154  7e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.245344 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16040  G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase  55.91 
 
 		 188 aa  152  2e-36  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2271  Uracil-DNA glycosylase superfamily  50.6 
 
 		 169 aa  151  5.9999999999999996e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1812  Uracil-DNA glycosylase superfamily  45.25 
 
 		 181 aa  145  3e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0668413 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0576  G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase  48.78 
 
 		 195 aa  145  4.0000000000000006e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1918  G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase  46.82 
 
 		 212 aa  144  8.000000000000001e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0564562  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1727  Uracil-DNA glycosylase superfamily  46.91 
 
 		 200 aa  126  2.0000000000000002e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.500879  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3474  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  41.67 
 
 		 168 aa  125  5e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.14265  normal  0.104985 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0782  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  39.29 
 
 		 167 aa  124  6e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0258895  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0547  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  38.69 
 
 		 167 aa  124  7e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0527787  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4381  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  38.69 
 
 		 168 aa  124  8.000000000000001e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0975894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3249  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  38.69 
 
 		 168 aa  124  9e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.472365  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02938  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  38.69 
 
 		 168 aa  123  2e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.443726  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02888  hypothetical protein  38.69 
 
 		 168 aa  123  2e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.502644  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3504  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  38.69 
 
 		 168 aa  123  2e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.294302  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3362  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  38.69 
 
 		 168 aa  123  2e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.154156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0631  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  38.69 
 
 		 168 aa  123  2e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.629834  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0632  Uracil-DNA glycosylase superfamily  38.69 
 
 		 168 aa  123  2e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0501283  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3533  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  38.69 
 
 		 168 aa  122  3e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0137464  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4301  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  40.12 
 
 		 162 aa  116  1.9999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3568  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  40.85 
 
 		 186 aa  115  3e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.424922  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2122  Uracil-DNA glycosylase superfamily  39.11 
 
 		 188 aa  115  5e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3402  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  38.1 
 
 		 168 aa  114  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3568  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  38.1 
 
 		 168 aa  115  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.331488 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3398  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  38.1 
 
 		 168 aa  114  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0915177  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3466  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  38.1 
 
 		 168 aa  114  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000367994 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3472  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  38.1 
 
 		 168 aa  114  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.189188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2776  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  42.6 
 
 		 176 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.359121  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2162  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  42.6 
 
 		 176 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.991286  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2787  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  42.01 
 
 		 176 aa  111  6e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.63165 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3739  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  44.12 
 
 		 181 aa  109  3e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6106  G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase  38.89 
 
 		 210 aa  108  6e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.622101 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5004  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  38.79 
 
 		 179 aa  105  3e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0669859 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4416  G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase  36.11 
 
 		 190 aa  103  2e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.997938 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4482  G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase  37.8 
 
 		 197 aa  100  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6655  Uracil-DNA glycosylase superfamily  36.97 
 
 		 163 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.36205  normal  0.066792 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6125  Uracil-DNA glycosylase superfamily  33.71 
 
 		 171 aa  99  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1119  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  35.8 
 
 		 191 aa  93.6  2e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.220864 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2870  Uracil-DNA glycosylase superfamily  33.06 
 
 		 183 aa  85.5  4e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.077705  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2568  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  38.93 
 
 		 177 aa  77.4  0.0000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2151  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  30.52 
 
 		 176 aa  68.9  0.00000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.725058  normal  1 
 
 
-
 
NC_006691  CNF00820  expressed protein  33.93 
 
 		 469 aa  68.6  0.00000000005  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05479  mismatch-specific thymine-DNA glycosylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G13340)  35.48 
 
 		 389 aa  63.5  0.000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.554142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1718  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  29.27 
 
 		 195 aa  59.3  0.00000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.187997  normal  0.135819 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6231  G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase  31.82 
 
 		 166 aa  53.5  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.490663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_55251  predicted protein  22.49 
 
 		 270 aa  52.8  0.000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0254148  normal  0.277007 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4358  uracil-DNA glycosylase superfamily  24.67 
 
 		 177 aa  50.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.904207  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3415  hypothetical protein  28.96 
 
 		 207 aa  45.4  0.0005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0418768  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3242  hypothetical protein  29.38 
 
 		 165 aa  45.1  0.0006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2749  hypothetical protein  28.96 
 
 		 184 aa  45.1  0.0006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.288888  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3216  hypothetical protein  31.25 
 
 		 180 aa  44.7  0.0008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1247  hypothetical protein  32.17 
 
 		 175 aa  42.7  0.003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.883347  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3884  hypothetical protein  29.46 
 
 		 173 aa  40.8  0.01  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.489493  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>