80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3216 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_3216  hypothetical protein  100 
 
 
180 aa  365  1e-100  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3242  hypothetical protein  71.34 
 
 
165 aa  244  6.999999999999999e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3884  hypothetical protein  63.69 
 
 
173 aa  230  7.000000000000001e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.489493  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1247  hypothetical protein  65.27 
 
 
175 aa  226  2e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.883347  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3415  hypothetical protein  64.53 
 
 
207 aa  218  3e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0418768  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2749  hypothetical protein  64.53 
 
 
184 aa  217  6e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.288888  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5397  hypothetical protein  63.31 
 
 
181 aa  213  1.9999999999999998e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.538915  normal  0.547582 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1066  hypothetical protein  62.73 
 
 
196 aa  194  8.000000000000001e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.187825  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2312  hypothetical protein  59.63 
 
 
175 aa  190  8e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4022  hypothetical protein  54.29 
 
 
196 aa  182  2.0000000000000003e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.505375  normal  0.677666 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2433  hypothetical protein  49.1 
 
 
168 aa  155  3e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00350669  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5684  G-T/U mismatch-specific DNA glycosylase-like  48.39 
 
 
158 aa  153  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.740759  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0957  hypothetical protein  49.69 
 
 
158 aa  153  1e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.113684  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0991  hypothetical protein  50.98 
 
 
166 aa  151  5e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.229474 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1007  hypothetical protein  50.31 
 
 
158 aa  149  1e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.511889  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1320  hypothetical protein  50.31 
 
 
158 aa  149  1e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.890852  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0291  hypothetical protein  50.31 
 
 
158 aa  149  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.35138  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0857  hypothetical protein  50.31 
 
 
158 aa  149  1e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1160  hypothetical protein  50.31 
 
 
158 aa  149  1e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3324  hypothetical protein  48.08 
 
 
157 aa  149  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.580749 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1222  hypothetical protein  48.08 
 
 
157 aa  149  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.979198 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1169  hypothetical protein  50.31 
 
 
158 aa  149  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.356622  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2261  G-T/U mismatch-specific DNA glycosylase-like protein  47.44 
 
 
158 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.100994  normal  0.792334 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1733  G-T/U mismatch-specific DNA glycosylase-like  47.77 
 
 
158 aa  144  5e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2345  G-T/U mismatch-specific DNA glycosylase-like protein  47.77 
 
 
158 aa  144  5e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2366  G-T/U mismatch-specific DNA glycosylase-like protein  47.77 
 
 
158 aa  144  9e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2381  G-T/U mismatch-specific DNA glycosylase-like protein  47.1 
 
 
158 aa  143  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2110  hypothetical protein  48.08 
 
 
157 aa  142  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.17064 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3440  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  43.23 
 
 
166 aa  131  3.9999999999999996e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0921  Uracil-DNA glycosylase superfamily  46.75 
 
 
165 aa  128  4.0000000000000003e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.299989  normal  0.705929 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2204  hypothetical protein  43.23 
 
 
162 aa  123  2e-27  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3959  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  41.86 
 
 
190 aa  120  8e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.306587 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0852  Uracil-DNA glycosylase superfamily  44.23 
 
 
167 aa  119  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0607293  normal  0.83582 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1172  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  41.72 
 
 
168 aa  118  3.9999999999999996e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.276296  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1017  hypothetical protein  40.13 
 
 
159 aa  117  7.999999999999999e-26  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.276388 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3816  hypothetical protein  42.07 
 
 
188 aa  117  9.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.206129  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1313  hypothetical protein  38.27 
 
 
168 aa  115  1.9999999999999998e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000209173  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4453  hypothetical protein  40.36 
 
 
167 aa  115  3e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.497165  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4322  G:T/U mismatch-specific DNA glycosylase-like protein  36.88 
 
 
160 aa  115  3e-25  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1868  hypothetical protein  38.15 
 
 
185 aa  115  3.9999999999999997e-25  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1057  hypothetical protein  41.52 
 
 
171 aa  114  6e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.970747  normal  0.430312 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2486  G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase  40.48 
 
 
174 aa  114  6e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0737  hypothetical protein  36.13 
 
 
158 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2505  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  42.5 
 
 
164 aa  113  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.635116  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0934  G:T/U mismatch-specific DNA glycosylase  44.87 
 
 
155 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.242061  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1979  G:T/U mismatch-specific DNA glycosylase-like protein  41.18 
 
 
168 aa  112  3e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2341  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  41.36 
 
 
167 aa  112  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.557164  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3964  hypothetical protein  39.88 
 
 
165 aa  109  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0376282 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3950  hypothetical protein  40.24 
 
 
165 aa  109  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4024  hypothetical protein  40.24 
 
 
165 aa  109  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0189613  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0613  Uracil-DNA glycosylase superfamily  39.75 
 
 
171 aa  108  4.0000000000000004e-23  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.115212  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3522  hypothetical protein  42.17 
 
 
171 aa  105  4e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.273427  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3867  hypothetical protein  40.88 
 
 
176 aa  104  6e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.674324  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0908  G/U mismatch-specific DNA glycosylase, putative  36.13 
 
 
163 aa  101  7e-21  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1099  G:T/U mismatch-specific DNA glycosylase  32.91 
 
 
173 aa  101  7e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.792997  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11950  G:T/U mismatch-specific DNA glycosylase  34.38 
 
 
172 aa  99.4  2e-20  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.969798  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2242  hypothetical protein  39.49 
 
 
155 aa  100  2e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1935  Mug G:T/U mismatch-specific DNA glycosylase  36.31 
 
 
168 aa  96.3  2e-19  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.346025  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0865  G:T/U mismatch-specific DNA glycosylase  34.71 
 
 
184 aa  94  9e-19  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14820  yjeF-like protein  32.03 
 
 
447 aa  94  1e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0790751 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0989  hypothetical protein  36.55 
 
 
160 aa  92.8  2e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.208762  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1066  G:T/U mismatch-specific DNA glycosylase-like protein  33.76 
 
 
162 aa  92.8  3e-18  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1270  hypothetical protein  35.29 
 
 
160 aa  92  4e-18  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0254283  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0082  hypothetical protein  33.12 
 
 
157 aa  90.9  9e-18  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0471  hypothetical protein  33.99 
 
 
160 aa  90.1  1e-17  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0142072  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1391  hypothetical protein  34.44 
 
 
160 aa  90.1  1e-17  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2134  hypothetical protein  35.48 
 
 
173 aa  89.7  2e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000535646  normal  0.960143 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1263  Mug G:T/U mismatch-specific DNA glycosylase  33.99 
 
 
157 aa  89.7  2e-17  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0946  hypothetical protein  33.97 
 
 
171 aa  89.7  2e-17  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0856  G:T/U mismatch-specific DNA glycosylase  43.44 
 
 
137 aa  87.8  8e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.893895  normal  0.15216 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03098  T/U mismatch-specific DNA glycosylase  46.36 
 
 
121 aa  80.9  0.000000000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0825  G:T/U mismatch-specific DNA glycosylase  26.4 
 
 
204 aa  76.3  0.0000000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.0073415  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0526  G:T/U mismatch-specific DNA glycosylase  34.51 
 
 
194 aa  72.8  0.000000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0444  Uracil-DNA glycosylase superfamily  29.45 
 
 
185 aa  70.5  0.00000000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011682  PHATRDRAFT_47529  predicted protein  26.03 
 
 
466 aa  46.2  0.0003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3712  G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase  31.25 
 
 
188 aa  44.7  0.0007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.204374  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1718  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  30.68 
 
 
195 aa  44.7  0.0008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.187997  normal  0.135819 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1611  hypothetical protein  23.01 
 
 
217 aa  44.3  0.001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1394  hypothetical protein  23.62 
 
 
229 aa  42.7  0.003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.138559  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2151  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  32.38 
 
 
176 aa  41.6  0.006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.725058  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>