60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0576 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0576  G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase  100 
 
 		 195 aa  389  1e-107  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6055  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  85.47 
 
 		 297 aa  299  1e-80  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.245344 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2271  Uracil-DNA glycosylase superfamily  51.81 
 
 		 169 aa  176  2e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1752  Uracil-DNA glycosylase superfamily  53.3 
 
 		 197 aa  175  4e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.283684  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4484  Uracil-DNA glycosylase superfamily  51.15 
 
 		 187 aa  174  9e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0947476  normal  0.892156 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1812  Uracil-DNA glycosylase superfamily  52.63 
 
 		 181 aa  172  1.9999999999999998e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0668413 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6749  G:T/U mismatch-specific DNA glycosylase-like protein  48.66 
 
 		 208 aa  166  2e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.32672 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1727  Uracil-DNA glycosylase superfamily  53.42 
 
 		 200 aa  157  1e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.500879  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0939  Uracil-DNA glycosylase superfamily  47.75 
 
 		 193 aa  149  4e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02938  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  45.96 
 
 		 168 aa  147  8e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.443726  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02888  hypothetical protein  45.96 
 
 		 168 aa  147  8e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.502644  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3504  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  45.96 
 
 		 168 aa  147  8e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.294302  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3362  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  45.96 
 
 		 168 aa  147  8e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.154156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0631  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  45.96 
 
 		 168 aa  147  8e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.629834  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0632  Uracil-DNA glycosylase superfamily  45.96 
 
 		 168 aa  147  8e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0501283  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3533  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  45.96 
 
 		 168 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0137464  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3249  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  45.96 
 
 		 168 aa  147  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.472365  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1918  G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase  47.88 
 
 		 212 aa  146  2.0000000000000003e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0564562  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4381  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  45.34 
 
 		 168 aa  145  5e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0975894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2162  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  47.85 
 
 		 176 aa  142  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.991286  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2776  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  47.85 
 
 		 176 aa  142  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.359121  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3921  Uracil-DNA glycosylase superfamily  46.47 
 
 		 190 aa  141  6e-33  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2787  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  47.24 
 
 		 176 aa  141  7e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.63165 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3712  G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase  47.09 
 
 		 188 aa  140  8e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.204374  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3398  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  44.72 
 
 		 168 aa  139  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0915177  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3474  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  45.34 
 
 		 168 aa  139  1.9999999999999998e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.14265  normal  0.104985 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3402  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  44.72 
 
 		 168 aa  139  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3568  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  44.72 
 
 		 168 aa  139  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.331488 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3472  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  44.72 
 
 		 168 aa  139  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.189188  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3466  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  44.72 
 
 		 168 aa  139  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000367994 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2122  Uracil-DNA glycosylase superfamily  43.48 
 
 		 188 aa  138  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3568  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  44.79 
 
 		 186 aa  138  4.999999999999999e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.424922  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6106  G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase  46.25 
 
 		 210 aa  138  4.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.622101 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6655  Uracil-DNA glycosylase superfamily  43.83 
 
 		 163 aa  135  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.36205  normal  0.066792 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0547  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  43.48 
 
 		 167 aa  134  8e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0527787  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0782  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  44.1 
 
 		 167 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0258895  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5004  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  43.12 
 
 		 179 aa  131  5e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0669859 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4301  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  44.59 
 
 		 162 aa  127  9.000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4482  G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase  41.82 
 
 		 197 aa  125  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6125  Uracil-DNA glycosylase superfamily  39.38 
 
 		 171 aa  125  5e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19740  G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase  37.72 
 
 		 185 aa  105  4e-22  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00332504  normal  0.0115299 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22360  G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase  38.41 
 
 		 193 aa  102  4e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.504807  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2568  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  42.96 
 
 		 177 aa  98.2  6e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3739  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  40.27 
 
 		 181 aa  96.7  2e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16040  G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase  45.21 
 
 		 188 aa  96.3  3e-19  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4416  G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase  33.7 
 
 		 190 aa  92.4  3e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.997938 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1119  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  35.59 
 
 		 191 aa  90.9  9e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.220864 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2870  Uracil-DNA glycosylase superfamily  33.93 
 
 		 183 aa  80.5  0.00000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.077705  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05479  mismatch-specific thymine-DNA glycosylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G13340)  31.09 
 
 		 389 aa  78.6  0.00000000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.554142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2151  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  34.01 
 
 		 176 aa  78.6  0.00000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.725058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1718  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  33.12 
 
 		 195 aa  63.2  0.000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.187997  normal  0.135819 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4358  uracil-DNA glycosylase superfamily  29.93 
 
 		 177 aa  60.1  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.904207  n/a   
 
 
-
 
NC_006691  CNF00820  expressed protein  30.84 
 
 		 469 aa  58.5  0.00000006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_55251  predicted protein  21.37 
 
 		 270 aa  54.3  0.000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0254148  normal  0.277007 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6231  G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase  30.82 
 
 		 166 aa  50.8  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.490663  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0444  Uracil-DNA glycosylase superfamily  26.83 
 
 		 185 aa  45.4  0.0005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0946  hypothetical protein  28.57 
 
 		 171 aa  44.3  0.001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2134  hypothetical protein  30.32 
 
 		 173 aa  43.5  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000535646  normal  0.960143 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0865  G:T/U mismatch-specific DNA glycosylase  26.35 
 
 		 184 aa  43.1  0.003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4022  hypothetical protein  30.21 
 
 		 196 aa  41.6  0.008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.505375  normal  0.677666 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>