55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0547 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0547  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  100 
 
 		 167 aa  348  3e-95  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0527787  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0782  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  94.61 
 
 		 167 aa  334  3.9999999999999995e-91  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0258895  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4301  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  68.94 
 
 		 162 aa  238  2.9999999999999997e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3474  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  67.48 
 
 		 168 aa  236  1e-61  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.14265  normal  0.104985 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3249  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  61.35 
 
 		 168 aa  222  2e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.472365  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02938  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  61.35 
 
 		 168 aa  221  3e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.443726  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0632  Uracil-DNA glycosylase superfamily  61.35 
 
 		 168 aa  221  3e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0501283  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02888  hypothetical protein  61.35 
 
 		 168 aa  221  3e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.502644  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0631  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  61.35 
 
 		 168 aa  221  3e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.629834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3504  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  61.35 
 
 		 168 aa  221  3e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.294302  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3362  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  61.35 
 
 		 168 aa  221  4e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.154156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3533  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  60.74 
 
 		 168 aa  219  9.999999999999999e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0137464  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4381  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  60.74 
 
 		 168 aa  219  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0975894  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3466  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  61.96 
 
 		 168 aa  215  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000367994 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3472  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  61.96 
 
 		 168 aa  215  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.189188  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3402  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  61.96 
 
 		 168 aa  215  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3398  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  61.96 
 
 		 168 aa  215  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0915177  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3568  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  61.96 
 
 		 168 aa  215  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.331488 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1752  Uracil-DNA glycosylase superfamily  51.2 
 
 		 197 aa  165  2.9999999999999998e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.283684  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4484  Uracil-DNA glycosylase superfamily  48.19 
 
 		 187 aa  161  4.0000000000000004e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0947476  normal  0.892156 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1812  Uracil-DNA glycosylase superfamily  45.88 
 
 		 181 aa  156  1e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0668413 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6749  G:T/U mismatch-specific DNA glycosylase-like protein  47.56 
 
 		 208 aa  155  3e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.32672 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2787  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  44.91 
 
 		 176 aa  154  6e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.63165 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2776  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  44.31 
 
 		 176 aa  153  8e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.359121  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2162  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  44.31 
 
 		 176 aa  153  8e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.991286  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2271  Uracil-DNA glycosylase superfamily  48.61 
 
 		 169 aa  152  2e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6106  G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase  46.11 
 
 		 210 aa  151  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.622101 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6655  Uracil-DNA glycosylase superfamily  46.63 
 
 		 163 aa  151  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.36205  normal  0.066792 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5004  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  46.25 
 
 		 179 aa  150  5.9999999999999996e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0669859 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2122  Uracil-DNA glycosylase superfamily  44.79 
 
 		 188 aa  150  7e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3568  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  44.38 
 
 		 186 aa  149  2e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.424922  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4482  G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase  42.77 
 
 		 197 aa  148  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6125  Uracil-DNA glycosylase superfamily  47.5 
 
 		 171 aa  147  6e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1727  Uracil-DNA glycosylase superfamily  43.71 
 
 		 200 aa  146  1.0000000000000001e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.500879  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1918  G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase  49.32 
 
 		 212 aa  144  4.0000000000000006e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0564562  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6055  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  44.44 
 
 		 297 aa  141  5e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.245344 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0576  G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase  43.48 
 
 		 195 aa  134  7.000000000000001e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3921  Uracil-DNA glycosylase superfamily  44 
 
 		 190 aa  133  9.999999999999999e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0939  Uracil-DNA glycosylase superfamily  41.46 
 
 		 193 aa  124  4.0000000000000003e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3712  G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase  39.33 
 
 		 188 aa  119  3e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.204374  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3739  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  39.46 
 
 		 181 aa  116  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22360  G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase  38.1 
 
 		 193 aa  108  3e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.504807  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2568  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  39.16 
 
 		 177 aa  108  4.0000000000000004e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2870  Uracil-DNA glycosylase superfamily  32.95 
 
 		 183 aa  96.7  1e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.077705  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19740  G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase  35.8 
 
 		 185 aa  94.4  6e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00332504  normal  0.0115299 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4416  G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase  35.44 
 
 		 190 aa  93.2  2e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.997938 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1119  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  35.03 
 
 		 191 aa  89  3e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.220864 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16040  G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase  40.41 
 
 		 188 aa  86.3  2e-16  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006691  CNF00820  expressed protein  36.94 
 
 		 469 aa  83.2  0.000000000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2151  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  33.33 
 
 		 176 aa  77.4  0.00000000000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.725058  normal  1 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05479  mismatch-specific thymine-DNA glycosylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G13340)  28.57 
 
 		 389 aa  77  0.0000000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.554142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1718  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  30.46 
 
 		 195 aa  75.5  0.0000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.187997  normal  0.135819 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4358  uracil-DNA glycosylase superfamily  29.17 
 
 		 177 aa  68.6  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.904207  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6231  G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase  32.43 
 
 		 166 aa  60.1  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.490663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_55251  predicted protein  22.22 
 
 		 270 aa  50.4  0.00001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0254148  normal  0.277007 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>