77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4358 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4358  uracil-DNA glycosylase superfamily  100 
 
 		 177 aa  368  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.904207  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1718  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  41.82 
 
 		 195 aa  118  3.9999999999999996e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.187997  normal  0.135819 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2151  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  41.22 
 
 		 176 aa  104  6e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.725058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6231  G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase  41.98 
 
 		 166 aa  99.4  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.490663  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4484  Uracil-DNA glycosylase superfamily  33.8 
 
 		 187 aa  82.8  0.000000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0947476  normal  0.892156 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3362  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  32.41 
 
 		 168 aa  78.6  0.00000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.154156  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0632  Uracil-DNA glycosylase superfamily  32.41 
 
 		 168 aa  78.6  0.00000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0501283  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0631  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  32.41 
 
 		 168 aa  78.6  0.00000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.629834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3504  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  32.41 
 
 		 168 aa  78.6  0.00000000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.294302  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02888  hypothetical protein  32.41 
 
 		 168 aa  78.6  0.00000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.502644  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02938  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  32.41 
 
 		 168 aa  78.6  0.00000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.443726  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3249  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  32.41 
 
 		 168 aa  77.8  0.00000000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.472365  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4381  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  31.72 
 
 		 168 aa  77  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0975894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3533  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  32.41 
 
 		 168 aa  77.4  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0137464  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3568  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  33.1 
 
 		 168 aa  75.9  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.331488 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3466  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  33.1 
 
 		 168 aa  75.9  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000367994 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3472  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  33.1 
 
 		 168 aa  75.9  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.189188  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3402  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  33.1 
 
 		 168 aa  75.9  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3398  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  33.1 
 
 		 168 aa  75.9  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0915177  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4301  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  31.91 
 
 		 162 aa  73.6  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3474  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  30.56 
 
 		 168 aa  73.6  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.14265  normal  0.104985 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1812  Uracil-DNA glycosylase superfamily  30.81 
 
 		 181 aa  72.4  0.000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0668413 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6749  G:T/U mismatch-specific DNA glycosylase-like protein  31.21 
 
 		 208 aa  69.3  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.32672 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6125  Uracil-DNA glycosylase superfamily  29.37 
 
 		 171 aa  68.9  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3568  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  30.28 
 
 		 186 aa  68.6  0.00000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.424922  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0547  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  29.17 
 
 		 167 aa  68.6  0.00000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0527787  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1752  Uracil-DNA glycosylase superfamily  31.91 
 
 		 197 aa  68.6  0.00000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.283684  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1918  G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase  30.13 
 
 		 212 aa  67  0.0000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0564562  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4482  G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase  31.08 
 
 		 197 aa  67  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2787  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  30.28 
 
 		 176 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.63165 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2271  Uracil-DNA glycosylase superfamily  29.25 
 
 		 169 aa  65.5  0.0000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0782  G/U mismatch-specific DNA glycosylase  27.78 
 
 		 167 aa  65.1  0.0000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0258895  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2870  Uracil-DNA glycosylase superfamily  42.65 
 
 		 183 aa  65.1  0.0000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.077705  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2162  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  29.58 
 
 		 176 aa  64.7  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.991286  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2776  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  29.58 
 
 		 176 aa  64.7  0.0000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.359121  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1727  Uracil-DNA glycosylase superfamily  30.92 
 
 		 200 aa  63.9  0.000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.500879  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4416  G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase  29.24 
 
 		 190 aa  63.5  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.997938 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5004  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  31.47 
 
 		 179 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0669859 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1119  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  29.71 
 
 		 191 aa  63.2  0.000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.220864 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6055  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  29.86 
 
 		 297 aa  62.4  0.000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.245344 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2122  Uracil-DNA glycosylase superfamily  29.58 
 
 		 188 aa  61.2  0.000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0576  G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase  29.93 
 
 		 195 aa  60.5  0.00000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6106  G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase  27.66 
 
 		 210 aa  58.9  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.622101 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6655  Uracil-DNA glycosylase superfamily  30.07 
 
 		 163 aa  58.9  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.36205  normal  0.066792 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2568  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  28.92 
 
 		 177 aa  57.4  0.00000009  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006691  CNF00820  expressed protein  39.44 
 
 		 469 aa  55.8  0.0000003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0939  Uracil-DNA glycosylase superfamily  25.52 
 
 		 193 aa  55.8  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4453  hypothetical protein  26.67 
 
 		 167 aa  50.8  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.497165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3712  G/U mismatch-specific uracil-DNA glycosylase  24.67 
 
 		 188 aa  50.8  0.00001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.204374  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5684  G-T/U mismatch-specific DNA glycosylase-like  31.1 
 
 		 158 aa  48.9  0.00004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.740759  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2261  G-T/U mismatch-specific DNA glycosylase-like protein  30.59 
 
 		 158 aa  48.1  0.00006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.100994  normal  0.792334 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2366  G-T/U mismatch-specific DNA glycosylase-like protein  29.17 
 
 		 158 aa  48.1  0.00006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3959  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  27.84 
 
 		 190 aa  48.1  0.00007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.306587 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3522  hypothetical protein  26.67 
 
 		 171 aa  48.1  0.00007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.273427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2345  G-T/U mismatch-specific DNA glycosylase-like protein  29.59 
 
 		 158 aa  47.4  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1733  G-T/U mismatch-specific DNA glycosylase-like  29.59 
 
 		 158 aa  47.4  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1017  hypothetical protein  30.2 
 
 		 159 aa  45.8  0.0003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.276388 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3739  uracil-DNA glycosylase superfamily protein  25.17 
 
 		 181 aa  45.4  0.0004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2381  G-T/U mismatch-specific DNA glycosylase-like protein  29.59 
 
 		 158 aa  45.4  0.0004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3324  hypothetical protein  29.59 
 
 		 157 aa  44.7  0.0007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.580749 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3921  Uracil-DNA glycosylase superfamily  23.13 
 
 		 190 aa  43.5  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2433  hypothetical protein  29.38 
 
 		 168 aa  43.5  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00350669  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1320  hypothetical protein  28.22 
 
 		 158 aa  43.5  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.890852  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1979  G:T/U mismatch-specific DNA glycosylase-like protein  36.84 
 
 		 168 aa  43.5  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1222  hypothetical protein  29.81 
 
 		 157 aa  43.1  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.979198 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0291  hypothetical protein  28.22 
 
 		 158 aa  43.5  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.35138  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1169  hypothetical protein  28.22 
 
 		 158 aa  42.7  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.356622  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1160  hypothetical protein  28.22 
 
 		 158 aa  43.5  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0857  hypothetical protein  28.22 
 
 		 158 aa  43.5  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1007  hypothetical protein  28.22 
 
 		 158 aa  43.5  0.002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.511889  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0991  hypothetical protein  28.74 
 
 		 166 aa  42.4  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.229474 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3242  hypothetical protein  27.06 
 
 		 165 aa  42  0.004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0852  Uracil-DNA glycosylase superfamily  29.45 
 
 		 167 aa  41.6  0.005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0607293  normal  0.83582 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2749  hypothetical protein  27.88 
 
 		 184 aa  41.6  0.006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.288888  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1057  hypothetical protein  23.17 
 
 		 171 aa  40.8  0.009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.970747  normal  0.430312 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2312  hypothetical protein  29.34 
 
 		 175 aa  40.8  0.01  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1099  G:T/U mismatch-specific DNA glycosylase  23.78 
 
 		 173 aa  40.8  0.01  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.792997  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>