75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_4308 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_4308  phasin family protein  100 
 
 		 187 aa  354  2.9999999999999997e-97  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1992  phasin family protein  57.65 
 
 		 187 aa  172  1.9999999999999998e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000361107 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1506  hypothetical protein  54.6 
 
 		 181 aa  158  5e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000313141  normal  0.357247 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1942  phasin family protein  52.83 
 
 		 193 aa  155  3e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.000889348  hitchhiker  0.00205341 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1716  phasin family protein  55.28 
 
 		 189 aa  155  4e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.287088  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1867  phasin family protein  55.28 
 
 		 191 aa  155  4e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.102377  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2742  phasin-like protein  55.28 
 
 		 189 aa  155  4e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2225  phasin family protein  55.28 
 
 		 191 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3095  phasin family protein  55.28 
 
 		 191 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.211608  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2609  phasin family protein  55.28 
 
 		 191 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.934421  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1497  phasin family protein  55.28 
 
 		 191 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2664  phasin family protein  55.28 
 
 		 191 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1614  phasin family protein  52.2 
 
 		 193 aa  154  7e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.0000449838  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3088  phasin  50.58 
 
 		 180 aa  153  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000310339  normal  0.104029 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2554  phasin family protein  52.44 
 
 		 182 aa  153  2e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000697191  normal  0.0617372 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2140  phasin  51.45 
 
 		 180 aa  152  2.9999999999999998e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.0000000178804  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4742  phasin family protein  49.71 
 
 		 182 aa  151  5.9999999999999996e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0164964  normal  0.333304 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1136  phasin family protein  53.42 
 
 		 188 aa  150  8.999999999999999e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.425797  normal  0.871476 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2151  phasin family protein  52.8 
 
 		 188 aa  150  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0395021  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2134  phasin family protein  52.8 
 
 		 188 aa  150  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00690855  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5943  phasin  52.8 
 
 		 188 aa  150  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000944857  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2588  phasin family protein  52.8 
 
 		 190 aa  150  1e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.272544  hitchhiker  0.000478575 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1467  phasin family protein  52.8 
 
 		 194 aa  149  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00148952  normal  0.858404 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1605  hypothetical protein  49.69 
 
 		 193 aa  149  2e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000106096  normal  0.311626 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2171  phasin family protein  52.8 
 
 		 188 aa  148  4e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2044  phasin family protein  52.8 
 
 		 188 aa  148  4e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5440  phasin  52.17 
 
 		 188 aa  148  5e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.402722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1544  phasin  52.17 
 
 		 190 aa  147  6e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000489464  normal  0.0151422 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1200  phasin  50.61 
 
 		 192 aa  146  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  unclonable  0.00000000000122357  normal  0.77319 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1612  phasin family protein  47.4 
 
 		 180 aa  144  6e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000000706224  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3309  phasin family protein  46.63 
 
 		 192 aa  144  7.0000000000000006e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.780897  normal  0.815805 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1366  phasin family protein  51.83 
 
 		 187 aa  142  2e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00000000804871  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1766  phasin family protein  51.79 
 
 		 183 aa  141  6e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.511087  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2494  phasin family protein  51.22 
 
 		 187 aa  140  8e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  unclonable  0.00000038642  normal  0.0253479 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3019  phasin  47.53 
 
 		 178 aa  130  7.999999999999999e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00196796  normal  0.647468 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2358  phasin family protein  43.93 
 
 		 188 aa  129  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2304  phasin  45.73 
 
 		 181 aa  125  4.0000000000000003e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000000369312  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3864  phasin  43.4 
 
 		 185 aa  124  9e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0737  phasin family protein  43.56 
 
 		 184 aa  123  2e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.986561  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3606  hypothetical protein  47.85 
 
 		 178 aa  121  6e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.155684  normal  0.11217 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3102  phasin family protein  40.86 
 
 		 181 aa  120  9.999999999999999e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.499435  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2018  phasin family protein  42.46 
 
 		 182 aa  116  1.9999999999999998e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0441052  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3422  phasin  51.55 
 
 		 187 aa  114  6e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  2.14313e-25  normal  0.988026 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3470  phasin family protein  39.18 
 
 		 174 aa  112  4.0000000000000004e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.103748  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6019  phasin  41.51 
 
 		 186 aa  111  8.000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3122  phasin  43.92 
 
 		 181 aa  108  3e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0875  phasin family protein  50 
 
 		 188 aa  109  3e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000000437683  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4225  phasin family protein  42.04 
 
 		 164 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4349  phasin  37.5 
 
 		 173 aa  106  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23670  phasin protein  35.06 
 
 		 186 aa  95.9  3e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000014233  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6167  phasin family protein  36.36 
 
 		 174 aa  93.6  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2336  phasin  37.01 
 
 		 174 aa  93.2  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1532  phasin  39.61 
 
 		 170 aa  89.7  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000615766  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0025  hypothetical protein  37.01 
 
 		 173 aa  89  4e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.157214  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4922  phasin  35.06 
 
 		 190 aa  85.9  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3423  phasin  36.14 
 
 		 197 aa  84  0.000000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000243479  normal  0.962237 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1848  phasin  39.86 
 
 		 185 aa  81.3  0.000000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  unclonable  1.32007e-26  decreased coverage  0.00809147 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2784  phasin family protein  38.24 
 
 		 194 aa  80.5  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.954399  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3915  phasin family protein  33.9 
 
 		 172 aa  79.3  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6103  phasin  37.06 
 
 		 194 aa  78.2  0.00000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.374187 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2692  phasin family protein  38.76 
 
 		 193 aa  72.4  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.468731  normal  0.123547 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2825  phasin family protein  38.76 
 
 		 193 aa  72.4  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2159  phasin  38.24 
 
 		 194 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2773  phasin family protein  38.24 
 
 		 194 aa  72.4  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0542  phasin family protein  35.52 
 
 		 193 aa  71.6  0.000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2125  phasin family protein  26.12 
 
 		 169 aa  70.5  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0351687  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1972  putative phasin protein  26.12 
 
 		 163 aa  70.1  0.00000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3861  phasin family protein  28.9 
 
 		 193 aa  67  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1801  phasin family protein  26.12 
 
 		 169 aa  67  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0132  phasin family protein  26.97 
 
 		 194 aa  63.9  0.000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000741228  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2522  phasin family protein  28.48 
 
 		 168 aa  63.2  0.000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.632882  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0319  phasin  34.23 
 
 		 170 aa  49.3  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.772989  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03930  phasin family protein  30.09 
 
 		 153 aa  43.9  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1998  phasin family protein  31.4 
 
 		 155 aa  42.4  0.004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00664406  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0874  hypothetical protein  29.19 
 
 		 191 aa  42  0.006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000363906  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>