71 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3122 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_3122  phasin  100 
 
 
181 aa  342  2e-93  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3102  phasin family protein  75.69 
 
 
181 aa  269  2e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.499435  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2304  phasin  57.54 
 
 
181 aa  191  4e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000000369312  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3088  phasin  53.98 
 
 
180 aa  178  2.9999999999999997e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000310339  normal  0.104029 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2554  phasin family protein  55.83 
 
 
182 aa  178  4e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000697191  normal  0.0617372 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2140  phasin  52.84 
 
 
180 aa  174  7e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.0000000178804  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3470  phasin family protein  52.73 
 
 
174 aa  169  2e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.103748  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1612  phasin family protein  51.7 
 
 
180 aa  169  2e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000000706224  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4742  phasin family protein  49.15 
 
 
182 aa  166  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0164964  normal  0.333304 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3309  phasin family protein  49.69 
 
 
192 aa  157  7e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.780897  normal  0.815805 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2494  phasin family protein  53.99 
 
 
187 aa  156  1e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  unclonable  0.00000038642  normal  0.0253479 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1366  phasin family protein  53.37 
 
 
187 aa  156  1e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00000000804871  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1766  phasin family protein  56.97 
 
 
183 aa  155  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.511087  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1200  phasin  49.08 
 
 
192 aa  148  4e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  unclonable  0.00000000000122357  normal  0.77319 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2742  phasin-like protein  48.75 
 
 
189 aa  145  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3095  phasin family protein  48.75 
 
 
191 aa  145  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.211608  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1867  phasin family protein  48.75 
 
 
191 aa  145  3e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.102377  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2609  phasin family protein  48.75 
 
 
191 aa  145  3e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.934421  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2664  phasin family protein  48.75 
 
 
191 aa  145  3e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1497  phasin family protein  48.75 
 
 
191 aa  145  3e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1942  phasin family protein  48.12 
 
 
193 aa  145  3e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.000889348  hitchhiker  0.00205341 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2225  phasin family protein  48.75 
 
 
191 aa  145  3e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1716  phasin family protein  48.75 
 
 
189 aa  145  3e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.287088  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2588  phasin family protein  48.12 
 
 
190 aa  144  5e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.272544  hitchhiker  0.000478575 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1614  phasin family protein  47.5 
 
 
193 aa  144  8.000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.0000449838  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1544  phasin  48.12 
 
 
190 aa  143  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000489464  normal  0.0151422 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1467  phasin family protein  47.5 
 
 
194 aa  142  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00148952  normal  0.858404 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1506  hypothetical protein  53.09 
 
 
181 aa  140  7e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000313141  normal  0.357247 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1605  hypothetical protein  46.88 
 
 
193 aa  140  9.999999999999999e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000106096  normal  0.311626 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2044  phasin family protein  47.5 
 
 
188 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2171  phasin family protein  47.5 
 
 
188 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1136  phasin family protein  46.88 
 
 
188 aa  137  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.425797  normal  0.871476 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5943  phasin  46.88 
 
 
188 aa  136  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000944857  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2134  phasin family protein  46.88 
 
 
188 aa  136  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00690855  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2151  phasin family protein  46.88 
 
 
188 aa  136  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0395021  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5440  phasin  46.25 
 
 
188 aa  134  5e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.402722  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0737  phasin family protein  44.58 
 
 
184 aa  132  1.9999999999999998e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.986561  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1992  phasin family protein  46.06 
 
 
187 aa  130  1.0000000000000001e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000361107 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4308  phasin family protein  44.51 
 
 
187 aa  108  4.0000000000000004e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2018  phasin family protein  38.07 
 
 
182 aa  102  3e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0441052  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6167  phasin family protein  39.38 
 
 
174 aa  100  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4225  phasin family protein  40.38 
 
 
164 aa  99.4  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4349  phasin  36.53 
 
 
173 aa  96.7  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3606  hypothetical protein  43.03 
 
 
178 aa  95.5  4e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.155684  normal  0.11217 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2336  phasin  36.31 
 
 
174 aa  93.2  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2358  phasin family protein  36.36 
 
 
188 aa  93.2  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3019  phasin  34.46 
 
 
178 aa  92.4  3e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00196796  normal  0.647468 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3864  phasin  31.06 
 
 
185 aa  88.2  6e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6019  phasin  31.21 
 
 
186 aa  86.3  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0875  phasin family protein  38.89 
 
 
188 aa  85.9  3e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000000437683  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4922  phasin  35 
 
 
190 aa  80.9  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3422  phasin  36.51 
 
 
187 aa  80.1  0.00000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  2.14313e-25  normal  0.988026 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23670  phasin protein  30.14 
 
 
186 aa  75.5  0.0000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000014233  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3423  phasin  30.86 
 
 
197 aa  69.3  0.00000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000243479  normal  0.962237 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0025  hypothetical protein  31.72 
 
 
173 aa  69.3  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.157214  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1801  phasin family protein  30.3 
 
 
169 aa  68.6  0.00000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1972  putative phasin protein  31.11 
 
 
163 aa  67.8  0.00000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1848  phasin  37.59 
 
 
185 aa  67.8  0.00000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  unclonable  1.32007e-26  decreased coverage  0.00809147 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0132  phasin family protein  31.58 
 
 
194 aa  65.5  0.0000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000741228  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2125  phasin family protein  30.3 
 
 
169 aa  64.7  0.0000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0351687  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1532  phasin  37.93 
 
 
170 aa  58.9  0.00000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000615766  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3861  phasin family protein  26.37 
 
 
193 aa  57.4  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0542  phasin family protein  31.82 
 
 
193 aa  52.8  0.000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2784  phasin family protein  29.37 
 
 
194 aa  50.1  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.954399  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2692  phasin family protein  28.57 
 
 
193 aa  48.1  0.00006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.468731  normal  0.123547 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2825  phasin family protein  28.57 
 
 
193 aa  48.1  0.00006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2773  phasin family protein  29.37 
 
 
194 aa  46.2  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6103  phasin  29.38 
 
 
194 aa  45.8  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.374187 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2159  phasin  29.37 
 
 
194 aa  45.8  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3915  phasin family protein  27.16 
 
 
172 aa  45.4  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0319  phasin  34.48 
 
 
170 aa  42  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.772989  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>