77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1605 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc1605  hypothetical protein  100 
 
 
193 aa  372  1e-102  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00000106096  normal  0.311626 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1614  phasin family protein  91.71 
 
 
193 aa  301  5.000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.0000449838  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1942  phasin family protein  92.64 
 
 
193 aa  298  3e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.000889348  hitchhiker  0.00205341 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1200  phasin  77.78 
 
 
192 aa  256  1e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  unclonable  0.00000000000122357  normal  0.77319 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5440  phasin  69.94 
 
 
188 aa  229  1e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.402722  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1467  phasin family protein  69.33 
 
 
194 aa  229  2e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00148952  normal  0.858404 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1497  phasin family protein  70.37 
 
 
191 aa  229  2e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2664  phasin family protein  70.37 
 
 
191 aa  229  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2742  phasin-like protein  70.37 
 
 
189 aa  229  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2609  phasin family protein  70.37 
 
 
191 aa  229  2e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.934421  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1867  phasin family protein  70.37 
 
 
191 aa  229  2e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.102377  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1716  phasin family protein  70.37 
 
 
189 aa  229  2e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.287088  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3095  phasin family protein  70.37 
 
 
191 aa  229  2e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.211608  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2225  phasin family protein  70.37 
 
 
191 aa  229  2e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2151  phasin family protein  69.33 
 
 
188 aa  229  3e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0395021  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5943  phasin  69.33 
 
 
188 aa  229  3e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000944857  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2134  phasin family protein  69.33 
 
 
188 aa  229  3e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00690855  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1136  phasin family protein  69.33 
 
 
188 aa  227  7e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.425797  normal  0.871476 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2171  phasin family protein  68.71 
 
 
188 aa  226  1e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2588  phasin family protein  68.71 
 
 
190 aa  226  1e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.272544  hitchhiker  0.000478575 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2044  phasin family protein  68.71 
 
 
188 aa  226  1e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1544  phasin  68.1 
 
 
190 aa  225  4e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000489464  normal  0.0151422 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2140  phasin  59.66 
 
 
180 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.0000000178804  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4742  phasin family protein  57.78 
 
 
182 aa  197  7e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0164964  normal  0.333304 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3088  phasin  57.8 
 
 
180 aa  197  7.999999999999999e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000310339  normal  0.104029 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3309  phasin family protein  60.87 
 
 
192 aa  194  8.000000000000001e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.780897  normal  0.815805 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1612  phasin family protein  56.07 
 
 
180 aa  191  4e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000000706224  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2494  phasin family protein  63.58 
 
 
187 aa  190  1e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  unclonable  0.00000038642  normal  0.0253479 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2554  phasin family protein  59.26 
 
 
182 aa  190  1e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000697191  normal  0.0617372 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1506  hypothetical protein  64.02 
 
 
181 aa  189  2e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000313141  normal  0.357247 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1366  phasin family protein  62.96 
 
 
187 aa  189  2e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00000000804871  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1766  phasin family protein  60.12 
 
 
183 aa  176  1e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.511087  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0737  phasin family protein  53.29 
 
 
184 aa  176  1e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.986561  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1992  phasin family protein  53.12 
 
 
187 aa  159  3e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000361107 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3470  phasin family protein  46.43 
 
 
174 aa  147  7e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.103748  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3102  phasin family protein  47.02 
 
 
181 aa  147  8e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.499435  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2358  phasin family protein  45.45 
 
 
188 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4225  phasin family protein  52.6 
 
 
164 aa  144  8.000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2304  phasin  45.68 
 
 
181 aa  137  7e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000000369312  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3864  phasin  41.25 
 
 
185 aa  133  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4308  phasin family protein  49.69 
 
 
187 aa  131  5e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6167  phasin family protein  45.62 
 
 
174 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3122  phasin  47.92 
 
 
181 aa  130  1.0000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2336  phasin  44.94 
 
 
174 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3606  hypothetical protein  47.09 
 
 
178 aa  124  1e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.155684  normal  0.11217 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0875  phasin family protein  47.8 
 
 
188 aa  124  1e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000000437683  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6019  phasin  39.66 
 
 
186 aa  122  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2018  phasin family protein  39.08 
 
 
182 aa  118  3.9999999999999996e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0441052  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4349  phasin  39.75 
 
 
173 aa  117  9e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4922  phasin  38.06 
 
 
190 aa  115  3.9999999999999997e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0025  hypothetical protein  36.84 
 
 
173 aa  114  7.999999999999999e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.157214  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3019  phasin  34.16 
 
 
178 aa  110  9e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00196796  normal  0.647468 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23670  phasin protein  34.16 
 
 
186 aa  107  8.000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000014233  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3422  phasin  40.13 
 
 
187 aa  101  7e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  2.14313e-25  normal  0.988026 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3423  phasin  34.76 
 
 
197 aa  95.9  3e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000243479  normal  0.962237 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6103  phasin  37.71 
 
 
194 aa  94.4  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.374187 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3915  phasin family protein  39.29 
 
 
172 aa  93.2  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2784  phasin family protein  38.29 
 
 
194 aa  92  4e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.954399  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2159  phasin  38.29 
 
 
194 aa  89  4e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1972  putative phasin protein  33.33 
 
 
163 aa  87.4  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2773  phasin family protein  38.29 
 
 
194 aa  87.4  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0542  phasin family protein  37.7 
 
 
193 aa  86.7  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1848  phasin  35.29 
 
 
185 aa  85.1  6e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  unclonable  1.32007e-26  decreased coverage  0.00809147 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1801  phasin family protein  32.61 
 
 
169 aa  82.8  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2125  phasin family protein  33.33 
 
 
169 aa  82.4  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0351687  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2825  phasin family protein  37.02 
 
 
193 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1532  phasin  36.84 
 
 
170 aa  79.7  0.00000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000615766  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2692  phasin family protein  37.02 
 
 
193 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.468731  normal  0.123547 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2522  phasin family protein  26.8 
 
 
168 aa  68.9  0.00000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.632882  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0132  phasin family protein  28.49 
 
 
194 aa  65.1  0.0000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000741228  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1874  phasin  32.29 
 
 
157 aa  56.2  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0319  phasin  33.77 
 
 
170 aa  51.2  0.000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.772989  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3861  phasin family protein  25.17 
 
 
193 aa  49.7  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5545  phasin family protein  27.17 
 
 
160 aa  49.7  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0800573  normal  0.461059 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1394  hypothetical protein  29.41 
 
 
155 aa  47.4  0.0001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.887957  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1084  hypothetical protein  65.62 
 
 
44 aa  43.9  0.002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.158964  normal  0.794505 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03930  phasin family protein  25.93 
 
 
153 aa  42.7  0.003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>