More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0580 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0580  peptide chain release factor 1  100 
 
 		 360 aa  720    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.20812 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0523  peptide chain release factor 1  71.71 
 
 		 359 aa  494  1e-139  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.19675 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4206  peptide chain release factor 1  68.16 
 
 		 362 aa  491  9.999999999999999e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1280  peptide chain release factor 1  67.58 
 
 		 366 aa  494  9.999999999999999e-139  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0851  peptide chain release factor 1  65.66 
 
 		 367 aa  480  1e-134  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.376649  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0780  peptide chain release factor 1  65.66 
 
 		 367 aa  479  1e-134  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.328101  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3664  peptide chain release factor 1  66.39 
 
 		 360 aa  471  1e-132  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5476  peptide chain release factor 1  64.8 
 
 		 360 aa  470  1.0000000000000001e-131  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0775  peptide chain release factor 1  63.86 
 
 		 373 aa  468  1.0000000000000001e-131  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0952955 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3201  peptide chain release factor 1  63.2 
 
 		 360 aa  462  1e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2493  peptide chain release factor 1  63.2 
 
 		 360 aa  459  9.999999999999999e-129  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2721  peptide chain release factor 1  63.2 
 
 		 360 aa  460  9.999999999999999e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3146  peptide chain release factor 1  62.64 
 
 		 360 aa  458  9.999999999999999e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0205917 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0850  peptide chain release factor 1  65.49 
 
 		 373 aa  459  9.999999999999999e-129  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.95925 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0436  peptide chain release factor 1  63.2 
 
 		 360 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2595  peptide chain release factor 1  62.64 
 
 		 360 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.324585  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0510  peptide chain release factor 1  62.64 
 
 		 360 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.206813  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0482  peptide chain release factor 1  62.64 
 
 		 360 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.464905 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2901  peptide chain release factor 1  62.22 
 
 		 360 aa  455  1e-127  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1554  peptide chain release factor 1  65.27 
 
 		 359 aa  454  1e-127  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.438091  hitchhiker  0.00494588 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2888  peptide chain release factor 1  62.92 
 
 		 360 aa  456  1e-127  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.362694 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3522  peptide chain release factor 1  62.92 
 
 		 360 aa  456  1e-127  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.217548  normal  0.148888 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3044  peptide chain release factor 1  61.8 
 
 		 360 aa  452  1.0000000000000001e-126  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2798  peptide chain release factor 1  61.8 
 
 		 360 aa  454  1.0000000000000001e-126  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3597  peptide chain release factor 1  61.8 
 
 		 360 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0676  peptide chain release factor 1  61.8 
 
 		 360 aa  447  1e-125  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0504  peptide chain release factor 1  61.8 
 
 		 360 aa  447  1e-125  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3590  peptide chain release factor 1  62.08 
 
 		 360 aa  449  1e-125  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.637465  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3603  peptide chain release factor 1  62.08 
 
 		 360 aa  449  1e-125  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0972  peptide chain release factor 1  61.8 
 
 		 360 aa  447  1e-125  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0793395  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2641  peptide chain release factor 1  60.39 
 
 		 358 aa  449  1e-125  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2930  peptide chain release factor 1  62.08 
 
 		 360 aa  450  1e-125  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3614  peptide chain release factor 1  62.08 
 
 		 360 aa  449  1e-125  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.528922  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0440  peptide chain release factor 1  62.08 
 
 		 360 aa  451  1e-125  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.518401 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0414  peptide chain release factor 1  62.08 
 
 		 360 aa  451  1e-125  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.592527  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1943  peptide chain release factor 1  61.8 
 
 		 360 aa  447  1e-125  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.640725  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1424  peptide chain release factor 1  61.62 
 
 		 360 aa  437  9.999999999999999e-123  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.997988  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2474  peptide chain release factor 1  57.87 
 
 		 360 aa  437  9.999999999999999e-123  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0136  peptide chain release factor 1  58.15 
 
 		 359 aa  426  1e-118  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.056338  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0148  peptide chain release factor 1  58.15 
 
 		 359 aa  422  1e-117  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.570569  normal  0.18601 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02573  peptide chain release factor 1  56.98 
 
 		 361 aa  413  1e-114  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0263327  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0509  peptide chain release factor 1  54.75 
 
 		 360 aa  412  1e-114  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1856  peptide chain release factor 1  55.43 
 
 		 361 aa  411  1e-114  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.227654  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2064  peptide chain release factor 1  53.91 
 
 		 361 aa  406  1.0000000000000001e-112  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.243868  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3687  peptide chain release factor 1  59.89 
 
 		 360 aa  406  1.0000000000000001e-112  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0119  peptide chain release factor 1  53.91 
 
 		 361 aa  406  1.0000000000000001e-112  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000000299484  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2072  peptide chain release factor 1  56.81 
 
 		 360 aa  402  1e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132752  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2566  peptide chain release factor 1  56.1 
 
 		 363 aa  401  1e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0384672  normal  0.342733 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2360  peptide chain release factor 1  53.63 
 
 		 363 aa  402  1e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1044  peptide chain release factor 1  58.86 
 
 		 364 aa  401  9.999999999999999e-111  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0380  peptide chain release factor 1  57.35 
 
 		 355 aa  400  9.999999999999999e-111  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.362441  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0278  peptide chain release factor 1  55.59 
 
 		 361 aa  399  9.999999999999999e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.728879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1756  peptide chain release factor 1  53.6 
 
 		 362 aa  395  1e-109  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000801734  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1529  peptide chain release factor 1  55.15 
 
 		 361 aa  397  1e-109  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004203  peptide chain release factor 1  54.07 
 
 		 362 aa  395  1e-109  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0254288  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2337  peptide chain release factor 1  53.46 
 
 		 360 aa  395  1e-109  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3104  peptide chain release factor 1  56.76 
 
 		 355 aa  392  1e-108  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1051  peptide chain release factor 1  55.03 
 
 		 360 aa  392  1e-108  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0598725  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1029  peptide chain release factor 1  54.71 
 
 		 355 aa  393  1e-108  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0336853  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3546  peptide chain release factor 1  54.07 
 
 		 363 aa  393  1e-108  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00646422  hitchhiker  0.0000410243 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1457  peptide chain release factor 1  51.25 
 
 		 364 aa  392  1e-108  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0262209  normal  0.168501 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3614  peptide chain release factor 1  53.78 
 
 		 363 aa  392  1e-108  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000815596  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3737  peptide chain release factor 1  54.07 
 
 		 363 aa  393  1e-108  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0200456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0696  peptide chain release factor 1  54.07 
 
 		 363 aa  393  1e-108  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0264279  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01250  peptide chain release factor 1  53.49 
 
 		 362 aa  391  1e-108  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2114  peptide chain release factor 1  54.32 
 
 		 360 aa  390  1e-107  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.234173  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3833  peptide chain release factor 1  52.03 
 
 		 363 aa  389  1e-107  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1109  peptide chain release factor 1  54.94 
 
 		 360 aa  389  1e-107  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0949  peptide chain release factor 1  54.94 
 
 		 360 aa  389  1e-107  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2692  peptide chain release factor 1  54.97 
 
 		 356 aa  391  1e-107  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000179951  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61700  peptide chain release factor 1  53.63 
 
 		 360 aa  388  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0384277 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4456  peptide chain release factor 1  55.49 
 
 		 360 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0769  peptide chain release factor 1  52.33 
 
 		 363 aa  390  1e-107  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.081149  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01186  peptide chain release factor 1  54.04 
 
 		 360 aa  386  1e-106  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.304726  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2436  peptide chain release factor 1  54.04 
 
 		 360 aa  386  1e-106  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000671796  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1359  peptide chain release factor 1  54.04 
 
 		 360 aa  386  1e-106  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000344623  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1692  peptide chain release factor 1  54.04 
 
 		 360 aa  386  1e-106  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0012914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2912  peptide chain release factor 1  51.45 
 
 		 361 aa  386  1e-106  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0107492  normal  0.707414 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01196  hypothetical protein  54.04 
 
 		 360 aa  386  1e-106  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.26987  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0389  peptide chain release factor 1  48.88 
 
 		 363 aa  385  1e-106  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.802059  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0801  peptide chain release factor 1  52.03 
 
 		 363 aa  385  1e-106  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00710906  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1316  peptide chain release factor 1  54.04 
 
 		 360 aa  386  1e-106  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000610156  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0920  peptide chain release factor 1  51.45 
 
 		 361 aa  386  1e-106  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000562935  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1375  peptide chain release factor 1  54.29 
 
 		 360 aa  387  1e-106  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000017097  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2415  peptide chain release factor 1  54.04 
 
 		 360 aa  386  1e-106  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00102463  hitchhiker  0.000030401 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2563  peptide chain release factor 1  49.44 
 
 		 362 aa  385  1e-106  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.273749  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0950  peptide chain release factor 1  51.01 
 
 		 360 aa  386  1e-106  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.568062  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2407  peptide chain release factor 1  53.76 
 
 		 360 aa  386  1e-106  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3169  peptide chain release factor 1  52.33 
 
 		 363 aa  387  1e-106  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0178961  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0797  peptide chain release factor 1  52.33 
 
 		 363 aa  387  1e-106  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0297796  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1931  peptide chain release factor 1  54.04 
 
 		 360 aa  386  1e-106  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000608431  normal  0.0690317 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0774  peptide chain release factor 1  54.34 
 
 		 360 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1363  peptide chain release factor 1  53.76 
 
 		 360 aa  383  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000133324  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2284  peptide chain release factor 1  50 
 
 		 362 aa  384  1e-105  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2257  peptide chain release factor 1  50 
 
 		 362 aa  384  1e-105  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0522  peptide chain release factor 1  54.75 
 
 		 361 aa  382  1e-105  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0761  peptide chain release factor 1  54.34 
 
 		 360 aa  384  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.169079  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1913  peptide chain release factor 1  53.76 
 
 		 360 aa  383  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.305061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1971  peptide chain release factor 1  53.76 
 
 		 360 aa  383  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00228451  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0994  peptide chain release factor 1  52.51 
 
 		 363 aa  381  1e-105  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>