91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_R0005 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_R0005  tRNA-Ser  100 
 
 		 88 bp  174  1.9999999999999998e-42  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.510995 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_R0036  tRNA-Ser  95 
 
 		 84 bp  63.9  0.000000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.122746 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_R0009  tRNA-Ser  94.87 
 
 		 82 bp  61.9  0.00000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.483868  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03630  tRNA-Ser  86.36 
 
 		 88 bp  60  0.00000009  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.187343  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0059  tRNA-Ser  94.59 
 
 		 85 bp  58  0.0000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.686612  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0065  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.211097  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0095  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tSer01  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.454319  normal  0.359191 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0034  tRNA-Ser  92.31 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000648564  hitchhiker  0.0000599111 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0004  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 93 bp  54  0.000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0658061 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0054  tRNA-Ser  88.89 
 
 		 93 bp  52  0.00002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0731881 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0033  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000323834  hitchhiker  0.00000000664377 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0032  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 91 bp  52  0.00002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000241794  hitchhiker  0.000000080319 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0066  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 85 bp  52  0.00002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.332689 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0011  tRNA-Ser  92.11 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0710717  normal  0.837706 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0068  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000566911  normal  0.0203429 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0060  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.100748  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01840  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1277  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00670593  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0023  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0085  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0945939  normal  0.0146717 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0096  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.127387  normal  0.371674 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0097  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0159037  normal  0.0335042 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0033  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.210279  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0034  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.014999  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0094  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000282706  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0105  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0580188  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6020  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1335  hypothetical protein  91.89 
 
 		 126 bp  50.1  0.00009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000192923  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1336  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000172836  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0029  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.124844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0048  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000148304  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0049  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000491375  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0059  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000260642  normal  0.0200922 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0140  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0042  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000190684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0084  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0117481  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0044  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.11052  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_R0077  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.361523 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0067  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000783692  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0062  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0059  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0066  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.758388  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0092  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.742735  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0118  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00112512  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0005  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0018  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.373457  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0022  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000743808  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0004  tRNA-Ser  87.76 
 
 		 91 bp  50.1  0.00009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.231832  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0048  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0003  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1206  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2775  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0559618  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1128  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  8.93394e-25 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1162  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.520358 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0028  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 91 bp  48.1  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.343811  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0052  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000218477  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1045  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.395551  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1195  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1150  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.14508  normal  0.321314 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2147  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0226086  normal  0.478396 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00023  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.115823  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ser-4  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 91 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt15  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt15  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3071  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 91 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.21271  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1566  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 91 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.220186  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0064  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 91 bp  48.1  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0065  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 91 bp  48.1  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0087  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 91 bp  48.1  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.000189881  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0795  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 91 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2985  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 91 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.164752  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3037  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 91 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1985  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 91 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0042  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0065  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0269499  hitchhiker  0.0000672663 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2627  tRNA-Ser  83.33 
 
 		 91 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.105865  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4663  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 90 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000383735  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5026  tRNA-Ser  88.64 
 
 		 88 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000747875  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_R0012  tRNA-Ser  100 
 
 		 86 bp  46.1  0.001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_AR0051  tRNA-Ser  100 
 
 		 85 bp  46.1  0.001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00598275  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0056  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.506019  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0057  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.861934  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_R0027  tRNA-Arg  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00271379  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0040  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.66072  hitchhiker  0.00010969 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0004  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07240  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0320556  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03510  tRNA-Ser  100 
 
 		 86 bp  44.1  0.005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.608877  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0050  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 88 bp  44.1  0.005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01650  tRNA-Ser  96.15 
 
 		 85 bp  44.1  0.005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.851921  normal  0.19129 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0018  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 90 bp  44.1  0.005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>