34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcav_R0004 on replicon NC_012669
Organism: Beutenbergia cavernae DSM 12333



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012669  Bcav_R0004  tRNA-Ser  100 
 
 		 91 bp  180  4e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.231832  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0004  tRNA-Ser  90.91 
 
 		 88 bp  111  3e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.558819  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07010  tRNA-Ser  85.23 
 
 		 88 bp  71.9  0.00000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03630  tRNA-Ser  87.88 
 
 		 88 bp  67.9  0.0000000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.187343  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0054  tRNA-Ser  86.02 
 
 		 93 bp  65.9  0.000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0731881 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0005  tRNA-Ser  90 
 
 		 91 bp  60  0.00000009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0065  tRNA-Ser  92 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.10378  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0072  tRNA-Ser  92 
 
 		 92 bp  60  0.00000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0637954 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0005  tRNA-Ser  87.76 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.510995 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0004  tRNA-Ser  85.94 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0054  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 91 bp  48.1  0.0004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0007  tRNA-Ser  86.67 
 
 		 87 bp  48.1  0.0004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0095  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0065  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 85 bp  48.1  0.0004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.211097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tSer01  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.454319  normal  0.359191 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1336  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000172836  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1335  hypothetical protein  91.67 
 
 		 126 bp  48.1  0.0004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000192923  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1277  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00670593  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.44549  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_513  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0009  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0046  tRNA-Ser  84.85 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0050  tRNA-Ser  89.47 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0031  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0145328  normal  0.103161 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0056  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.124384  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0051  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.352709 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0052  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.360325 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0055  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.265922  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0051  tRNA-Ser  91.18 
 
 		 88 bp  44.1  0.006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0333469  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t21  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0055  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 90 bp  44.1  0.006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.953649  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0044  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 87 bp  44.1  0.006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000135641  normal  0.305478 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0005  tRNA-Ser  100 
 
 		 86 bp  44.1  0.006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.87296e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0056  tRNA-Ser  93.33 
 
 		 91 bp  44.1  0.006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.129701  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>