175 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1352 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1352  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00031485 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0029  tRNA-Ala  90.54 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.184095  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0050  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0531103 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0041  tRNA-Ala  97.92 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.209251  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0044  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00100  tRNA-Ala  92.59 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0045  tRNA-Ala  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0148496  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t18  tRNA-Ala  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000569276  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0040  tRNA-Ala  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000987892 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0042  tRNA-Ala  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0324793  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00110  tRNA-Ala  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.288269  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11500  tRNA-Ala  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.931498  hitchhiker  0.0025263 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0002  tRNA-Ala  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0043  tRNA-Ala  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0002  tRNA-Ala  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0039  tRNA-Ala  87.84 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.000377805  hitchhiker  0.000399875 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0045  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.215104  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0039  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000954288 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0041  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00164455  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0040  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.403518  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0049  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000594982  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0002  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.478829 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0048  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000617749  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0050  tRNA-Ala  86.49 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00234368 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0058  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0350948  hitchhiker  0.00476067 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0032  tRNA-Ala  88.52 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAAlaVIMSS1309258  tRNA-Ala  88.52 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.195414 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00090  tRNA-Ala  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0016  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00136922  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0002  tRNA-Ala  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0114532  normal  0.0453152 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0010  tRNA-Ala  91.49 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.560104  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0002  tRNA-Ala  86.57 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0049  tRNA-Ala  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00105958  hitchhiker  0.000875041 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07860  tRNA-Ala  85.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0017  tRNA-Ala  85.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.000513914  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0040  tRNA-Ala  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0690466  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0067  tRNA-Ala  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00925323  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1394  tRNA-Ala  85.14 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0005  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0003  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00134196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0005  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000781338  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23850  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0010  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0767985  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0005  tRNA-Ala  96.97 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000213903  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0073  tRNA-Ala  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0037  tRNA-Pro  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0065  tRNA-Pro  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000795587  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0009  tRNA-Ala  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2507  tRNA-Ala  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2773  tRNA-Ala  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0009  tRNA-Ala  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0078  tRNA-Ala  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2213  tRNA-Ala  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2460  tRNA-Ala  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0037  tRNA-Ala  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0234109  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0004  tRNA-Ala  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0002  tRNA-Ala  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0002  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0036  tRNA-Pro  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.211682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0022  tRNA-Pro  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0002  tRNA-Ala  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000000000554808 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0059  tRNA-Pro  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0493454  normal  0.0177961 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0058  tRNA-Ala  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0034  tRNA-Ala  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.36427 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0001  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0032  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0018  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0308139  normal  0.84994 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0049  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0012  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0038  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.371322  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0011  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.204027  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0011  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0052  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.353851  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14037  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.897629 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30530  tRNA-Ala  96.67 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.601239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0041  tRNA-Ala  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.910553  normal  0.362492 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0045  tRNA-Ala  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0695113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0018  tRNA-Ala  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000012168  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0050  tRNA-Ala  89.13 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00215399  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0037  tRNA-Ala  83.78 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.822608  normal  0.125193 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0015  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000110801  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0026  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0031  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0202697  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0040  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0475845  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0021  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000217303  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0022  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00039101  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0087  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000223342  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0035  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0637572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0062  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0053  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000600525 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0046  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000279997  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0123  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000571932  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0124  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000273434  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0052  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00190708  normal  0.716322 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0050  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0674912 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0051  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.206297 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0051  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0057  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.125773  normal  0.0397591 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0034  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.155615  normal  0.948489 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0059  tRNA-Pro  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.867475 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>