273 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_R0002 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_R0002  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.478829 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00110  tRNA-Ala  94.52 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.288269  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0002  tRNA-Ala  94.52 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0002  tRNA-Ala  94.52 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0002  tRNA-Ala  94.52 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0058  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0350948  hitchhiker  0.00476067 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0002  tRNA-Ala  98.25 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0114532  normal  0.0453152 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00090  tRNA-Ala  98.25 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0002  tRNA-Ala  98.21 
 
 		 76 bp  103  5e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0002  tRNA-Ala  96.49 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000000000554808 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0002  tRNA-Ala  96.49 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00100  tRNA-Ala  94.64 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0050  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0531103 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1352  tRNA-Ala  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00031485 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0040  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000987892 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0043  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11500  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.931498  hitchhiker  0.0025263 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0039  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000954288 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0044  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0039  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.000377805  hitchhiker  0.000399875 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0041  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00164455  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0042  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0324793  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0034  tRNA-Ala  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.36427 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3082  tRNA-Ala  90 
 
 		 78 bp  60  0.00000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0011  tRNA-Ala  90 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.454361  hitchhiker  0.00914283 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0050  tRNA-Ala  90 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.142623  normal  0.530513 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0386  tRNA-Ala  90 
 
 		 78 bp  60  0.00000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0015  tRNA-Pro  89.8 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.523292  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0014  tRNA-Ala  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.254024  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0056  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0018  tRNA-Ala  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000012168  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0050  tRNA-Ala  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00215399  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0004  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000000194526  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0010  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00600624  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0041  tRNA-Ala  89.36 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.209251  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0010  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000320815  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0004  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.000000388071  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0030  tRNA-Ala  88 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0018  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.916069 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11600  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.589046 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07860  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0029  tRNA-Ala  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.184095  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt30  tRNA-Ala  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt36  tRNA-Ala  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.244061 
 
 
-
 
NC_003295  RS00330  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00649993  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS05584  tRNA-Ile  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00134136  normal  0.130887 
 
 
-
 
NC_003296  RS05382  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0151411  normal  0.0932844 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t32  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.318982  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt13  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0344586  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ala-4  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00103294  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ala-5  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00265908  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000179192  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0029  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000220959  unclonable  0.000000053075 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0041  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000493148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0051  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.257366  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0061  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0210957  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0080  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0573035  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0011  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0380305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0039  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00000177246  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0003  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.0000000000586808  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1475  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000234459  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3560  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000184914  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1910  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000831958  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0012  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00270892  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_BR0003  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000137148  normal  0.888294 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0014  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0634933  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2045  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000150317  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1098  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000248852  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2896  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000192555  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3093  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000000502528  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0051  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0057  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0063  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0004  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000188504  normal  0.758397 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0055  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0151112  normal  0.444616 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0042  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0776895  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0027  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000951116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0072  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000111766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0082  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000104949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0003  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000376598  normal  0.235119 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0009  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000275815  normal  0.23625 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0014  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  6.55572e-16  normal  0.0217689 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0052  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000131419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0062  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.509078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0072  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0130788  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0077  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000753043  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0038  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00088301  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1372  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0164  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.405268  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1834  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0009  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000350208  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0018  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000940712  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0063  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000409772  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_R0079  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000825474  normal  0.0444964 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_R0084  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0103479  hitchhiker  0.00836377 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0008  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000503883  normal  0.923056 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0053  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0417957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0063  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0006  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.118096  hitchhiker  0.00000272915 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0028  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.101563  normal  0.86399 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>