299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcav_R0002 on replicon NC_012669
Organism: Beutenbergia cavernae DSM 12333



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012669  Bcav_R0002  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0058  tRNA-Ala  95.89 
 
 		 73 bp  121  1.9999999999999998e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0350948  hitchhiker  0.00476067 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0002  tRNA-Ala  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0002  tRNA-Ala  94.67 
 
 		 76 bp  117  3.9999999999999997e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00110  tRNA-Ala  94.59 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.288269  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0002  tRNA-Ala  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.478829 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0002  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0002  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000000000554808 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00090  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0002  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0002  tRNA-Ala  95.24 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0114532  normal  0.0453152 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00100  tRNA-Ala  92.06 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0015  tRNA-Pro  92 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.523292  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0031  tRNA-Ala  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000044944  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0034  tRNA-Ala  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.36427 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0007  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.939365  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt16  tRNA-Pro  89.36 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0004  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000000194526  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1352  tRNA-Ala  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00031485 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0010  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00600624  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0004  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.000000388071  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0010  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000320815  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0050  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0531103 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0026  tRNA-Thr  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0427282  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0070  tRNA-Ala  90.74 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.756512  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0056  tRNA-Ala  90.74 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0012  tRNA-Ala  90.74 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00270892  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0020  tRNA-Ala  90.74 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0041  tRNA-Ala  90.74 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0709552  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0041  tRNA-Ala  90.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.209251  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0012  tRNA-Ala  90.74 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0009  tRNA-Ala  90.74 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.0000731062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0006  tRNA-Ala  90.74 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0860739  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0011  tRNA-Ala  90.74 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.193139  normal  0.133058 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0022  tRNA-Pro  88.68 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  3.52358e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0050  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00215399  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0027  tRNA-Gly  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000174629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0018  tRNA-Ala  86.79 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000012168  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0053  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0417957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0028  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.101563  normal  0.86399 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0063  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0006  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.118096  hitchhiker  0.00000272915 
 
 
-
 
NC_002950  PGt05  tRNA-Ala  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000322453 
 
 
-
 
NC_002950  PGt36  tRNA-Ala  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.244061 
 
 
-
 
NC_002950  PGt45  tRNA-Ala  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS00330  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00649993  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS05584  tRNA-Ile  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00134136  normal  0.130887 
 
 
-
 
NC_003295  RS05733  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0746893  normal  0.61314 
 
 
-
 
NC_003296  RS05382  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0151411  normal  0.0932844 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ala-5  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00265908  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000179192  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000191328  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0004  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000108101  normal  0.807397 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0020  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.71083e-16  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0029  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000220959  unclonable  0.000000053075 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0041  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000493148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0051  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.257366  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0061  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0210957  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0072  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00338762  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0080  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0573035  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0011  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0380305  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0039  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.000377805  hitchhiker  0.000399875 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_CR0086  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000211919  normal  0.116016 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0017  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000773583  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0027  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000717749  normal  0.842688 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0073  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000273408  normal  0.460753 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_BR0003  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000137148  normal  0.888294 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0060  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.245921 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0014  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0634933  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2045  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000150317  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1098  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000248852  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2896  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000192555  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3093  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000000502528  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0051  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0057  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0063  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1084  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0004  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000188504  normal  0.758397 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0055  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0151112  normal  0.444616 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0042  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0776895  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0027  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000951116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0072  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000111766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0082  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000104949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0009  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000573658  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0065  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000000118515  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_R0082  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000696423  normal  0.0186917 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_R0088  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000671858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0654  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1372  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0020  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0164  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.405268  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1707  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1834  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0041  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00164455  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0042  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0324793  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0009  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000350208  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0018  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000940712  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0063  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000409772  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_R0079  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000825474  normal  0.0444964 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_R0084  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0103479  hitchhiker  0.00836377 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>