273 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_R0058 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_R0058  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0350948  hitchhiker  0.00476067 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0002  tRNA-Ala  95.89 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0002  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00110  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.288269  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0002  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.478829 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0002  tRNA-Ala  93.15 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0002  tRNA-Ala  93.44 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000000000554808 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0002  tRNA-Ala  93.44 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0114532  normal  0.0453152 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00090  tRNA-Ala  93.44 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0002  tRNA-Ala  93.44 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0002  tRNA-Ala  93.44 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0034  tRNA-Ala  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.36427 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00100  tRNA-Ala  90.16 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1352  tRNA-Ala  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00031485 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0022  tRNA-Pro  90.91 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  3.52358e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0025  tRNA-Gly  89.8 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.157688  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0003  tRNA-Gly  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0004  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000000194526  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0010  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00600624  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0010  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000320815  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0004  tRNA-Ala  96.77 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.000000388071  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0015  tRNA-Pro  89.13 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.523292  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAAlaVIMSS1309258  tRNA-Ala  85.96 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.195414 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t40  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.000000000171726  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0032  tRNA-Ala  85.96 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0046  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.000000000000003033  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0019  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000077385  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt30  tRNA-Ala  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt36  tRNA-Ala  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.244061 
 
 
-
 
NC_003295  RS00330  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00649993  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS05584  tRNA-Ile  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00134136  normal  0.130887 
 
 
-
 
NC_003296  RS05382  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0151411  normal  0.0932844 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t14  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t37  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  hitchhiker  0.00721336  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt13  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0344586  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ala-4  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00103294  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Ala-5  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00265908  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000179192  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA_tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000191328  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0020  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.71083e-16  normal  0.531451 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0029  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000220959  unclonable  0.000000053075 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0041  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000493148  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0051  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.257366  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0072  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00338762  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0080  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0573035  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0011  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0380305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0039  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.00000177246  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0003  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.0000000000586808  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1475  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000234459  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3560  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000184914  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1910  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000000831958  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4354  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.118152  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_CR0086  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000211919  normal  0.116016 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0073  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000273408  normal  0.460753 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_BR0003  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000137148  normal  0.888294 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0014  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0634933  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2045  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000150317  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1098  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000248852  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2896  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000192555  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3093  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000000000502528  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0051  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0057  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0063  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0004  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000188504  normal  0.758397 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0055  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0151112  normal  0.444616 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0042  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0776895  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0027  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000951116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0072  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000111766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0082  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000104949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0003  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000376598  normal  0.235119 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0009  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000275815  normal  0.23625 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0014  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  6.55572e-16  normal  0.0217689 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0052  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000131419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0062  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.509078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_R0072  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0130788  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0052  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0006  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0860739  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0010  tRNA-Ala  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.560104  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0009  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000573658  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0019  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000594786  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0065  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0000000118515  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0654  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1372  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0020  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0164  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.405268  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1707  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1834  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0009  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000350208  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0018  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000940712  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0063  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000409772  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_R0079  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000825474  normal  0.0444964 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_R0084  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0103479  hitchhiker  0.00836377 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0050  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.112182  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0060  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.245921 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0008  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000503883  normal  0.923056 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0053  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0417957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0063  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0006  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.118096  hitchhiker  0.00000272915 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0028  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.101563  normal  0.86399 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0011  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.620126  normal  0.156635 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>