More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0652 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010816  BLD_0650  Xanthine/uracil permease  82.48 
 
 		 429 aa  655    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.302997  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0652  uracil-xanthine permease  100 
 
 		 429 aa  853    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.407453 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0398  uracil-xanthine permease  55.68 
 
 		 469 aa  473  1e-132  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.406463  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0233  uracil-xanthine permease  58.05 
 
 		 463 aa  462  1e-129  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04620  uracil-xanthine permease  63.94 
 
 		 436 aa  460  9.999999999999999e-129  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.228436 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0188  uracil-xanthine permease  56.26 
 
 		 433 aa  458  1e-127  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3150  uracil-xanthine permease  60.37 
 
 		 454 aa  454  1e-127  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00573542 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0461  uracil-xanthine permease  60 
 
 		 425 aa  451  1e-125  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.271335 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0717  uracil-xanthine permease  57.14 
 
 		 414 aa  447  1.0000000000000001e-124  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0161188 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18180  uracil-xanthine permease  58.33 
 
 		 441 aa  442  1e-123  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.406085 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0265  uracil-xanthine permease  56.77 
 
 		 450 aa  438  9.999999999999999e-123  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0128  uracil-xanthine permease  56.74 
 
 		 472 aa  439  9.999999999999999e-123  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06620  uracil-xanthine permease  54.95 
 
 		 433 aa  435  1e-121  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00930  uracil-xanthine permease  57.24 
 
 		 445 aa  436  1e-121  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0546  uracil-xanthine permease  56.79 
 
 		 433 aa  434  1e-120  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0923027  normal  0.875695 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0556  uracil-xanthine permease  56.79 
 
 		 433 aa  434  1e-120  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0274  uracil-xanthine permease  58.62 
 
 		 450 aa  434  1e-120  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  hitchhiker  0.0000340843  hitchhiker  0.000019379 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0568  uracil-xanthine permease  56.79 
 
 		 433 aa  434  1e-120  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.444236  hitchhiker  0.00756826 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2231  uracil-xanthine permease  47.73 
 
 		 455 aa  377  1e-103  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.178511 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2968  Xanthine/uracil/vitamin C permease  44.2 
 
 		 492 aa  364  1e-99  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000742967  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0172  uracil-xanthine permease  44.21 
 
 		 490 aa  354  2e-96  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6670  putative purine permease  47.23 
 
 		 473 aa  352  8e-96  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.138179 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0222  uracil-xanthine permease  44.5 
 
 		 443 aa  348  1e-94  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1488  xanthine/uracil/vitamin C permease  41.83 
 
 		 487 aa  342  5.999999999999999e-93  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20890  xanthine/uracil permease  43.58 
 
 		 457 aa  341  1e-92  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.433718  normal  0.0375498 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0252  xanthine/uracil permease family protein  44.85 
 
 		 553 aa  338  9e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.159072  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1518  xanthine/uracil permease  43.51 
 
 		 468 aa  335  1e-90  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.253668  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1870  uracil-xanthine permease  44.37 
 
 		 487 aa  330  2e-89  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.39515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0086  uracil-xanthine permease  41.69 
 
 		 435 aa  328  2.0000000000000001e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.587016  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0068  uracil-xanthine permease  44.13 
 
 		 428 aa  327  3e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0117  uracil-xanthine permease  44.42 
 
 		 428 aa  326  4.0000000000000003e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.389244 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0476  uracil permease  43.14 
 
 		 435 aa  322  6e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0291  uracil-xanthine permease  43.14 
 
 		 435 aa  322  7e-87  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.318385  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3337  xanthine/uracil permease family protein  43.14 
 
 		 435 aa  322  7e-87  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3342  uracil-xanthine permease  43.14 
 
 		 435 aa  322  7e-87  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.375852  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2087  uracil-xanthine permease  43.14 
 
 		 435 aa  322  7e-87  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.950679  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3006  uracil-xanthine permease  43.14 
 
 		 435 aa  322  7e-87  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.609601  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0279  uracil-xanthine permease  43.14 
 
 		 435 aa  322  7e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0076  uracil-xanthine permease  42.96 
 
 		 428 aa  320  1.9999999999999998e-86  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5794  Xanthine/uracil/vitamin C permease  43.38 
 
 		 415 aa  319  5e-86  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3008  uracil-xanthine permease  41.84 
 
 		 435 aa  318  1e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0138  uracil-xanthine permease  43.69 
 
 		 435 aa  317  3e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6359  xanthine/uracil tranporter  41.84 
 
 		 435 aa  317  4e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0069  uracil-xanthine permease  44.1 
 
 		 428 aa  315  9.999999999999999e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3058  uracil-xanthine permease  42.04 
 
 		 434 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.507498  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0102  uracil-xanthine permease  42.66 
 
 		 433 aa  312  5.999999999999999e-84  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.836005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1121  putative purine permease ycdG  40.84 
 
 		 442 aa  310  2.9999999999999997e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2636  uracil-xanthine permease  40.71 
 
 		 442 aa  308  9e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.880148  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3032  uracil-xanthine permease  41.13 
 
 		 435 aa  308  9e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2589  uracil-xanthine permease  40.6 
 
 		 442 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.11462 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4294  nucleobase/cation symporter, (NCS2) family  42.09 
 
 		 435 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000625543  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2399  uracil-xanthine permease  41.13 
 
 		 435 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.284647  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3013  uracil-xanthine permease  41.13 
 
 		 435 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00614211  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01009  predicted transporter  40.6 
 
 		 442 aa  307  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01016  hypothetical protein  40.6 
 
 		 442 aa  307  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2119  putative purine permease ycdG  40.47 
 
 		 442 aa  308  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1124  putative purine permease ycdG  40.71 
 
 		 442 aa  306  3e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0413  uracil-xanthine permease  41.85 
 
 		 435 aa  306  6e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1818  uracil-xanthine permease  41.08 
 
 		 439 aa  305  8.000000000000001e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0927145  hitchhiker  0.00233017 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1243  putative purine permease ycdG  40.14 
 
 		 442 aa  304  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1519  uracil-xanthine permease  40.8 
 
 		 442 aa  304  2.0000000000000002e-81  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.414402 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2923  uracil-xanthine permease  41.81 
 
 		 434 aa  304  3.0000000000000004e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.811351 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0068  uracil-xanthine permease  43.76 
 
 		 428 aa  302  8.000000000000001e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.305614  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2561  xanthine/uracil permease  42.23 
 
 		 432 aa  300  5e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0048  uracil-xanthine permease  43.29 
 
 		 428 aa  298  1e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.736072  normal  0.463127 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1066  uracil transporter  40.72 
 
 		 429 aa  295  1e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.853606  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3522  uracil transporter  41.91 
 
 		 429 aa  291  2e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00027981  normal  0.971535 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0730  uracil-xanthine permease  42.58 
 
 		 482 aa  290  5.0000000000000004e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.700306 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0564  uracil-xanthine permease  40.45 
 
 		 459 aa  288  1e-76  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.880144  hitchhiker  0.00366234 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1196  uracil-xanthine permease  39.95 
 
 		 477 aa  285  7e-76  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.179657  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1374  uracil-xanthine permease  42.67 
 
 		 453 aa  285  1.0000000000000001e-75  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0442  uracil-xanthine permease  40.28 
 
 		 426 aa  283  4.0000000000000003e-75  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1236  uracil transporter  41.44 
 
 		 428 aa  283  5.000000000000001e-75  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000876173  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1353  uracil transporter  41.44 
 
 		 428 aa  283  5.000000000000001e-75  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000806442  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1195  xanthine/uracil symporter  41.09 
 
 		 477 aa  281  1e-74  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.119529 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0384  uracil-xanthine permease  40.28 
 
 		 426 aa  282  1e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2865  uracil transporter  41.58 
 
 		 429 aa  280  4e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.583395  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5089  uracil-xanthine permease  38.88 
 
 		 431 aa  280  5e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.598992 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2644  uracil transporter  40.64 
 
 		 429 aa  280  5e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00659887  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2734  uracil transporter  40.64 
 
 		 429 aa  280  5e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2692  uracil transporter  41.58 
 
 		 429 aa  280  5e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.312639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4693  uracil-xanthine permease  40.19 
 
 		 483 aa  279  6e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.210372 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1317  uracil transporter  39.12 
 
 		 422 aa  279  8e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.980977  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2756  uracil transporter  41.33 
 
 		 429 aa  278  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.895321  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3185  uracil transporter  40.56 
 
 		 429 aa  278  2e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394021  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02389  uracil transporter  38.57 
 
 		 429 aa  277  3e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0411834  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1172  uracil-xanthine permease  38.57 
 
 		 429 aa  277  3e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0250381  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2644  uracil transporter  38.57 
 
 		 429 aa  277  3e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.232047  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3719  uracil transporter  38.57 
 
 		 429 aa  277  3e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.237871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2632  uracil transporter  38.57 
 
 		 429 aa  277  3e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0764486  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1179  uracil transporter  38.57 
 
 		 429 aa  277  3e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0295094 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02351  hypothetical protein  38.57 
 
 		 429 aa  277  3e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0648684  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2780  uracil transporter  38.57 
 
 		 429 aa  277  3e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.11067  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2859  uracil-xanthine permease  39.81 
 
 		 429 aa  276  6e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2871  uracil transporter  40.56 
 
 		 429 aa  276  6e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.930138  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2985  uracil transporter  38.39 
 
 		 429 aa  276  7e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.680205  normal  0.0741995 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1756  uracil transporter  36.25 
 
 		 432 aa  275  8e-73  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.000000176806  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1131  uracil transporter  40.31 
 
 		 429 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1486  uracil transporter  36.01 
 
 		 432 aa  275  2.0000000000000002e-72  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.013253  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3801  uracil-xanthine permease  37.62 
 
 		 434 aa  273  3e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>