58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3196 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3196  Polysulphide reductase NrfD  100 
 
 		 412 aa  834    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3520  polysulphide reductase, NrfD  75.54 
 
 		 417 aa  645    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000358671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0864  polysulphide reductase, NrfD  80.96 
 
 		 415 aa  682    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0258189  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1066  Polysulphide reductase NrfD  97.57 
 
 		 412 aa  813    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.4681800000000002e-26 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0070  oxidoreductase, membrane subunit  76.26 
 
 		 417 aa  597  1e-169  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.386248  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0327  polysulphide reductase, NrfD  73.62 
 
 		 417 aa  591  1e-168  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.180424  hitchhiker  0.00000238958 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3085  polysulphide reductase NrfD  41.13 
 
 		 405 aa  293  3e-78  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.488046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3088  polysulphide reductase, NrfD  40.94 
 
 		 414 aa  272  7e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.187838  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3282  Polysulphide reductase NrfD  39.95 
 
 		 413 aa  269  5.9999999999999995e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3188  Polysulphide reductase NrfD  39.95 
 
 		 413 aa  269  7e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0920163  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4782  Polysulphide reductase NrfD  35.31 
 
 		 400 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1798  Polysulphide reductase NrfD  32.68 
 
 		 391 aa  147  3e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0916  Polysulphide reductase NrfD  26.05 
 
 		 394 aa  100  5e-20  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.451801  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1196  Polysulphide reductase NrfD  26.23 
 
 		 348 aa  95.9  1e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3262  Polysulphide reductase NrfD  25.62 
 
 		 442 aa  72.4  0.00000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.0389204 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1207  Polysulphide reductase NrfD  27.62 
 
 		 305 aa  68.6  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3346  Polysulphide reductase NrfD  24.07 
 
 		 402 aa  62.8  0.00000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000267  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1631  Polysulphide reductase NrfD  24.14 
 
 		 393 aa  60.8  0.00000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1906  polysulphide reductase, NrfD  25.59 
 
 		 413 aa  60.1  0.00000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.105136  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13670  polysulphide reductase  23.04 
 
 		 414 aa  59.3  0.0000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3666  Polysulphide reductase NrfD  21.82 
 
 		 380 aa  57.4  0.0000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.396142  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0102  molybdopterin oxidoreductase, membrane subunit, putative  23.01 
 
 		 393 aa  55.8  0.000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.757619  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0481  Polysulphide reductase NrfD  23.5 
 
 		 413 aa  55.5  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1198  Polysulphide reductase NrfD  32.12 
 
 		 400 aa  54.7  0.000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_112  molybdopterin oxidoreductase, membrane subunit  24.21 
 
 		 393 aa  53.9  0.000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1740  putative tetrathionate reductase subunit C  28.91 
 
 		 361 aa  53.5  0.000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.214544 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0266  polysulphide reductase, NrfD  22.99 
 
 		 393 aa  53.5  0.000007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0387  phosphatidylglycerophosphatase A  27.37 
 
 		 311 aa  51.6  0.00003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.682978  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2383  Polysulphide reductase NrfD  22.49 
 
 		 408 aa  51.2  0.00004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.290901 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2000  cytochrome c-type biogenesis protein NrfD  24.29 
 
 		 318 aa  50.8  0.00004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27690  polysulphide reductase  24.37 
 
 		 384 aa  50.8  0.00005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02130  polysulphide reductase  24.24 
 
 		 389 aa  50.4  0.00006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2372  Polysulphide reductase NrfD  22.46 
 
 		 408 aa  49.7  0.00008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.103022  normal  0.75303 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02723  hypothetical protein  22.87 
 
 		 323 aa  48.1  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2265  Polysulphide reductase NrfD  23.28 
 
 		 403 aa  47.8  0.0004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2732  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  22.98 
 
 		 320 aa  47.4  0.0005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5578  nrfD protein  25.45 
 
 		 318 aa  46.6  0.0007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2429  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  22.98 
 
 		 320 aa  47  0.0007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1957  Polysulphide reductase NrfD  22.99 
 
 		 403 aa  46.6  0.0009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3919  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  25.45 
 
 		 318 aa  45.8  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03945  formate-dependent nitrite reductase, membrane subunit  25.45 
 
 		 318 aa  45.8  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0634  polysulphide reductase, NrfD  26.27 
 
 		 364 aa  46.6  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00082842 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03905  hypothetical protein  25.45 
 
 		 318 aa  45.8  0.001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1664  polysulphide reductase, NrfD  23.74 
 
 		 425 aa  46.2  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4318  nrfD protein  25.45 
 
 		 318 aa  45.8  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4629  nrfD protein  25.45 
 
 		 318 aa  45.8  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3954  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  25.45 
 
 		 318 aa  45.8  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.790103 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4535  nrfD protein  25.45 
 
 		 318 aa  45.8  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0634  polysulphide reductase, NrfD  26.27 
 
 		 364 aa  45.4  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00221682 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16800  formate-dependent nitrite reductase, membrane component  27.83 
 
 		 334 aa  45.1  0.002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4594  nrfD protein  25.45 
 
 		 318 aa  45.8  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0451  Polysulphide reductase NrfD  25.43 
 
 		 445 aa  44.7  0.003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003117  NrfD protein  22.79 
 
 		 323 aa  44.3  0.004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.894563  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2196  Polysulphide reductase NrfD  30.17 
 
 		 414 aa  43.5  0.006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.203832  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4539  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  22.83 
 
 		 318 aa  43.1  0.008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0779  formate dehydrogenase, b-type cytochrome subunit, putative  21.25 
 
 		 401 aa  43.1  0.01  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4532  cytochrome c nitrite reductase, NrfD subunit  22.05 
 
 		 318 aa  43.1  0.01  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1162  Polysulphide reductase NrfD  25.23 
 
 		 323 aa  43.1  0.01  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.130935  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>