124 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2265 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_3386  polysulphide reductase, NrfD  79.65 
 
 		 403 aa  670    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2265  Polysulphide reductase NrfD  100 
 
 		 403 aa  815    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1957  Polysulphide reductase NrfD  97.77 
 
 		 403 aa  806    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1061  polysulphide reductase, NrfD  69.14 
 
 		 401 aa  579  1e-164  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.079733 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0779  formate dehydrogenase, b-type cytochrome subunit, putative  69.14 
 
 		 401 aa  564  1e-160  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2602  polysulphide reductase, NrfD  45.68 
 
 		 398 aa  289  6e-77  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0170  Polysulphide reductase NrfD  39.45 
 
 		 378 aa  236  5.0000000000000005e-61  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0292  Polysulphide reductase NrfD  37.76 
 
 		 396 aa  235  1.0000000000000001e-60  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.468469  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2252  polysulphide reductase NrfD  39.3 
 
 		 402 aa  231  2e-59  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.38952  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1198  Polysulphide reductase NrfD  38.44 
 
 		 400 aa  228  2e-58  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2040  Polysulphide reductase NrfD  36.02 
 
 		 404 aa  224  3e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.918159  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1801  polysulphide reductase NrfD  39.6 
 
 		 408 aa  222  9.999999999999999e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0875  Polysulphide reductase NrfD  37.11 
 
 		 402 aa  218  1e-55  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.946275  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2596  Polysulphide reductase NrfD  37.23 
 
 		 388 aa  218  1e-55  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0570  Polysulphide reductase NrfD  37.53 
 
 		 389 aa  216  7e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_175  molybdopterin oxidoreductase, formate dehydrogenase membrane subunit  36.68 
 
 		 403 aa  211  2e-53  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.100817  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2407  polysulphide reductase, NrfD  35.6 
 
 		 388 aa  210  3e-53  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0385052 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0651  hmc operon protein 3  35.23 
 
 		 389 aa  208  1e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.958991  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0166  polysulphide reductase, NrfD  35.6 
 
 		 403 aa  208  1e-52  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.391929  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0186  formate dehydrogenase, membrane subunit, putative  35.95 
 
 		 403 aa  207  3e-52  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1957  Polysulphide reductase NrfD  36.39 
 
 		 403 aa  206  4e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0356047  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3972  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  34.84 
 
 		 386 aa  206  5e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.158247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2006  polysulphide reductase, NrfD  36.68 
 
 		 403 aa  199  5e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1872  Polysulphide reductase NrfD  36.39 
 
 		 403 aa  199  1.0000000000000001e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1116  polysulphide reductase, NrfD  36.97 
 
 		 386 aa  196  5.000000000000001e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3042  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  31.96 
 
 		 744 aa  192  1e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0461  putative hydrogenase cytochrome b subunit  36.87 
 
 		 381 aa  190  2.9999999999999997e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1945  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  30.58 
 
 		 438 aa  190  5e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0146  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  31.96 
 
 		 421 aa  189  5.999999999999999e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2943  polysulphide reductase, NrfD  33.9 
 
 		 394 aa  187  2e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.486448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4090  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  32.24 
 
 		 388 aa  186  8e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.194025  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4619  Polysulphide reductase NrfD  36.36 
 
 		 416 aa  186  9e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2504  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  32.68 
 
 		 382 aa  185  1.0000000000000001e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.130941 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3137  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  30.55 
 
 		 446 aa  182  1e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1125  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  30.33 
 
 		 435 aa  181  2.9999999999999997e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3524  polysulphide reductase NrfD  35.67 
 
 		 401 aa  178  2e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.902311  normal  0.369035 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0455  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  31.68 
 
 		 729 aa  172  9e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.453465 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0784  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  31.33 
 
 		 442 aa  172  1e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.242896  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2087  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  31.45 
 
 		 731 aa  165  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1790  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  31.19 
 
 		 731 aa  164  3e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1869  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  31.9 
 
 		 731 aa  164  3e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.856186  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1984  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  29.82 
 
 		 414 aa  160  3e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00764136  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3521  polysulphide reductase NrfD  31.69 
 
 		 405 aa  159  7e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.538127  normal  0.625626 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02871  predicted hydrogenase 2 cytochrome b type component  29.77 
 
 		 392 aa  157  2e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0701  Polysulphide reductase NrfD  29.77 
 
 		 392 aa  157  2e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3175  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  29.77 
 
 		 392 aa  157  2e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3464  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  29.77 
 
 		 392 aa  158  2e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0698  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  29.77 
 
 		 392 aa  157  2e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3281  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  29.77 
 
 		 392 aa  157  2e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3422  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  29.77 
 
 		 392 aa  158  2e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3401  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  29.12 
 
 		 392 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3395  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  29.12 
 
 		 392 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.522703 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3330  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  29.12 
 
 		 392 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.353265  normal  0.837141 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3321  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  29.12 
 
 		 392 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.437559  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3496  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  29.12 
 
 		 392 aa  157  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.426978  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4307  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  29.77 
 
 		 392 aa  157  2e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02820  hypothetical protein  29.77 
 
 		 392 aa  157  2e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2236  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  29.22 
 
 		 414 aa  155  9e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.263965 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1578  putative hydrogenase cytochrome b subunit  32.11 
 
 		 394 aa  154  2e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.534156  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0677  polysulphide reductase-like protein  32.86 
 
 		 451 aa  154  2e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.56556e-16 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0664  polysulphide reductase-like protein  32.57 
 
 		 451 aa  153  5e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1044  putative hydrogenase cytochrome b subunit  31.4 
 
 		 401 aa  151  2e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1412  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  29.2 
 
 		 399 aa  150  3e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0479  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  30.81 
 
 		 415 aa  147  4.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.304039  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0507  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  30.03 
 
 		 415 aa  146  8.000000000000001e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2532  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  29.2 
 
 		 399 aa  145  9e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.346938  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0524  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  30.89 
 
 		 416 aa  145  1e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.920848  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0512  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  30.03 
 
 		 415 aa  145  1e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1704  polysulphide reductase-like protein  31.48 
 
 		 443 aa  144  2e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.990037  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0160  polysulphide reductase, NrfD  30.54 
 
 		 402 aa  139  8.999999999999999e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4239  nickel-dependent hydrogenase, membrane protein  30.16 
 
 		 443 aa  135  1.9999999999999998e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.442151  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3654  polysulphide reductase-like protein  30.61 
 
 		 465 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.731183  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0273  molybdopterin oxidoreductase, transmembrane subunit, putative  30.38 
 
 		 409 aa  124  3e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2549  polysulphide reductase NrfD  29.24 
 
 		 410 aa  119  7.999999999999999e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2935  molybdopterin oxidoreductase, transmembrane subunit, putative  29.46 
 
 		 418 aa  119  9e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.52066  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2687  Polysulphide reductase NrfD  29.01 
 
 		 417 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.046719 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3393  Polysulphide reductase NrfD  28.53 
 
 		 411 aa  112  8.000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2271  molybdopterin oxidoreductase, transmembrane subunit, putative  27.64 
 
 		 419 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0608  molybdopterin oxidoreductase, transmembrane subunit, putative  26.83 
 
 		 417 aa  89.4  1e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0543645  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02130  polysulphide reductase  23.48 
 
 		 389 aa  76.6  0.0000000000007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4782  Polysulphide reductase NrfD  22.55 
 
 		 400 aa  65.5  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2275  reductase, transmembrane subunit, putative  26.93 
 
 		 387 aa  64.7  0.000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1779  polysulphide reductase, NrfD  25.73 
 
 		 387 aa  64.7  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.263014 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2403  Polysulphide reductase NrfD  24.92 
 
 		 406 aa  63.5  0.000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.418724  normal  0.657025 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3085  polysulphide reductase NrfD  24.65 
 
 		 405 aa  62.8  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.488046  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3346  Polysulphide reductase NrfD  24.41 
 
 		 402 aa  62  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000267  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0481  Polysulphide reductase NrfD  21.58 
 
 		 413 aa  62  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1867  Polysulphide reductase NrfD  21.73 
 
 		 411 aa  60.8  0.00000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0715566 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1603  polysulphide reductase, NrfD  27.2 
 
 		 385 aa  60.1  0.00000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00601969  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0066  Polysulphide reductase NrfD  25.89 
 
 		 387 aa  60.1  0.00000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.411771 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27750  polysulphide reductase  24.05 
 
 		 388 aa  58.9  0.0000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.273464  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4225  Polysulphide reductase NrfD  29.38 
 
 		 389 aa  59.7  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000782128  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0447  Polysulphide reductase NrfD  25.13 
 
 		 389 aa  59.3  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.542742  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27690  polysulphide reductase  23.42 
 
 		 384 aa  58.5  0.0000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13670  polysulphide reductase  23.53 
 
 		 414 aa  58.5  0.0000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0451  Polysulphide reductase NrfD  22.08 
 
 		 445 aa  57.8  0.0000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1631  Polysulphide reductase NrfD  23.71 
 
 		 393 aa  58.2  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1906  polysulphide reductase, NrfD  24.32 
 
 		 413 aa  57  0.0000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.105136  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0260  Polysulphide reductase NrfD  28.03 
 
 		 383 aa  56.2  0.0000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1664  polysulphide reductase, NrfD  25.14 
 
 		 425 aa  56.2  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>