87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_1125 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_1945  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  85.25 
 
 		 438 aa  721    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1125  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  100 
 
 		 435 aa  880    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0146  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  74.03 
 
 		 421 aa  635    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3137  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  96.77 
 
 		 446 aa  853    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0784  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  60.44 
 
 		 442 aa  508  9.999999999999999e-143  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.242896  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1984  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  52.87 
 
 		 414 aa  436  1e-121  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00764136  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2236  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  52.63 
 
 		 414 aa  433  1e-120  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.263965 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2504  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  41 
 
 		 382 aa  300  3e-80  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.130941 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3521  polysulphide reductase NrfD  42.16 
 
 		 405 aa  297  3e-79  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.538127  normal  0.625626 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3972  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  39.71 
 
 		 386 aa  295  1e-78  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.158247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4090  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  41.93 
 
 		 388 aa  290  3e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.194025  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4307  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  37.88 
 
 		 392 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02820  hypothetical protein  37.88 
 
 		 392 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3281  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  37.88 
 
 		 392 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0698  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  37.88 
 
 		 392 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3175  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  37.88 
 
 		 392 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0701  Polysulphide reductase NrfD  37.88 
 
 		 392 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02871  predicted hydrogenase 2 cytochrome b type component  37.88 
 
 		 392 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3422  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  38.12 
 
 		 392 aa  274  3e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3464  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  38.12 
 
 		 392 aa  274  3e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3496  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  37.65 
 
 		 392 aa  273  4.0000000000000004e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.426978  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3321  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  37.65 
 
 		 392 aa  273  4.0000000000000004e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.437559  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3330  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  37.65 
 
 		 392 aa  273  4.0000000000000004e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.353265  normal  0.837141 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3395  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  37.65 
 
 		 392 aa  273  4.0000000000000004e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.522703 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3401  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  37.65 
 
 		 392 aa  273  4.0000000000000004e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3524  polysulphide reductase NrfD  36.36 
 
 		 401 aa  265  1e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.902311  normal  0.369035 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1412  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  36.28 
 
 		 399 aa  252  1e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2532  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  35.71 
 
 		 399 aa  248  1e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.346938  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0479  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  35.29 
 
 		 415 aa  228  2e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.304039  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0507  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  34.62 
 
 		 415 aa  226  6e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0512  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  34.39 
 
 		 415 aa  225  1e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0524  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  34.16 
 
 		 416 aa  222  9.999999999999999e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.920848  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4239  nickel-dependent hydrogenase, membrane protein  30.86 
 
 		 443 aa  211  2e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.442151  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2602  polysulphide reductase, NrfD  32.6 
 
 		 398 aa  208  1e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0292  Polysulphide reductase NrfD  34.06 
 
 		 396 aa  206  7e-52  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.468469  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1198  Polysulphide reductase NrfD  32.49 
 
 		 400 aa  205  1e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0170  Polysulphide reductase NrfD  32.74 
 
 		 378 aa  193  5e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2252  polysulphide reductase NrfD  33.11 
 
 		 402 aa  192  8e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.38952  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0779  formate dehydrogenase, b-type cytochrome subunit, putative  31.36 
 
 		 401 aa  188  1e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0875  Polysulphide reductase NrfD  32.19 
 
 		 402 aa  188  2e-46  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.946275  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1061  polysulphide reductase, NrfD  32.38 
 
 		 401 aa  188  2e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.079733 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0461  putative hydrogenase cytochrome b subunit  32.06 
 
 		 381 aa  187  4e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1801  polysulphide reductase NrfD  31.86 
 
 		 408 aa  186  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3386  polysulphide reductase, NrfD  31.25 
 
 		 403 aa  185  2.0000000000000003e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2265  Polysulphide reductase NrfD  29.5 
 
 		 403 aa  181  2.9999999999999997e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1957  Polysulphide reductase NrfD  31.78 
 
 		 403 aa  178  2e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0356047  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1957  Polysulphide reductase NrfD  29.02 
 
 		 403 aa  178  2e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1116  polysulphide reductase, NrfD  31.83 
 
 		 386 aa  177  3e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2040  Polysulphide reductase NrfD  31.38 
 
 		 404 aa  176  9e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.918159  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0570  Polysulphide reductase NrfD  31.41 
 
 		 389 aa  173  3.9999999999999995e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2006  polysulphide reductase, NrfD  30.79 
 
 		 403 aa  172  1e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0186  formate dehydrogenase, membrane subunit, putative  31.66 
 
 		 403 aa  171  2e-41  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2596  Polysulphide reductase NrfD  30.4 
 
 		 388 aa  171  2e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1872  Polysulphide reductase NrfD  30.54 
 
 		 403 aa  171  2e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0651  hmc operon protein 3  29.78 
 
 		 389 aa  170  5e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.958991  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_175  molybdopterin oxidoreductase, formate dehydrogenase membrane subunit  31.16 
 
 		 403 aa  170  5e-41  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.100817  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2407  polysulphide reductase, NrfD  29.81 
 
 		 388 aa  169  1e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0385052 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0166  polysulphide reductase, NrfD  30.58 
 
 		 403 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.391929  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3042  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  31.11 
 
 		 744 aa  164  3e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4619  Polysulphide reductase NrfD  29.09 
 
 		 416 aa  159  9e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2943  polysulphide reductase, NrfD  28.06 
 
 		 394 aa  155  1e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.486448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0455  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  29 
 
 		 729 aa  148  2.0000000000000003e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.453465 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1790  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  28.57 
 
 		 731 aa  145  2e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2087  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  28.32 
 
 		 731 aa  144  4e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1869  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  27.96 
 
 		 731 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.856186  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1578  putative hydrogenase cytochrome b subunit  26.68 
 
 		 394 aa  127  3e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.534156  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1044  putative hydrogenase cytochrome b subunit  27.82 
 
 		 401 aa  126  6e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0160  polysulphide reductase, NrfD  26.03 
 
 		 402 aa  116  7.999999999999999e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1704  polysulphide reductase-like protein  25.06 
 
 		 443 aa  89.4  1e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.990037  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2549  polysulphide reductase NrfD  25.46 
 
 		 410 aa  87  6e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3654  polysulphide reductase-like protein  25 
 
 		 465 aa  78.2  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.731183  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0677  polysulphide reductase-like protein  23.69 
 
 		 451 aa  76.6  0.0000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.56556e-16 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0664  polysulphide reductase-like protein  22.83 
 
 		 451 aa  74.3  0.000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2271  molybdopterin oxidoreductase, transmembrane subunit, putative  23.69 
 
 		 419 aa  73.9  0.000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2935  molybdopterin oxidoreductase, transmembrane subunit, putative  27.07 
 
 		 418 aa  63.9  0.000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.52066  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2687  Polysulphide reductase NrfD  28.78 
 
 		 417 aa  61.6  0.00000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.046719 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3393  Polysulphide reductase NrfD  31.78 
 
 		 411 aa  59.3  0.0000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0273  molybdopterin oxidoreductase, transmembrane subunit, putative  30.71 
 
 		 409 aa  58.9  0.0000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3085  polysulphide reductase NrfD  22.08 
 
 		 405 aa  53.1  0.000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.488046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0608  molybdopterin oxidoreductase, transmembrane subunit, putative  23.7 
 
 		 417 aa  52  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0543645  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3002  polysulphide reductase, NrfD  22.11 
 
 		 468 aa  49.3  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130542 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01305  molybdopterin oxidoredutase membrane subunit  22.93 
 
 		 593 aa  44.3  0.004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1423  Polysulphide reductase NrfD  23.15 
 
 		 603 aa  44.3  0.004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.15148  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16800  formate-dependent nitrite reductase, membrane component  22.16 
 
 		 334 aa  44.3  0.005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2211  molybdopterin oxidoreductase  21.94 
 
 		 451 aa  43.9  0.005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.554905  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0451  Polysulphide reductase NrfD  21.18 
 
 		 445 aa  43.9  0.006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0266  polysulphide reductase, NrfD  19.23 
 
 		 393 aa  43.1  0.01  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>