121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_3386 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_1957  Polysulphide reductase NrfD  78.41 
 
 
403 aa  667    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3386  polysulphide reductase, NrfD  100 
 
 
403 aa  816    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2265  Polysulphide reductase NrfD  79.65 
 
 
403 aa  670    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1061  polysulphide reductase, NrfD  73.51 
 
 
401 aa  603  1.0000000000000001e-171  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.079733 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0779  formate dehydrogenase, b-type cytochrome subunit, putative  74.01 
 
 
401 aa  594  1e-168  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2602  polysulphide reductase, NrfD  44.86 
 
 
398 aa  284  2.0000000000000002e-75  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0292  Polysulphide reductase NrfD  36.94 
 
 
396 aa  224  2e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.468469  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1198  Polysulphide reductase NrfD  36.51 
 
 
400 aa  224  3e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1801  polysulphide reductase NrfD  37.92 
 
 
408 aa  223  4.9999999999999996e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2252  polysulphide reductase NrfD  36.55 
 
 
402 aa  219  6e-56  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.38952  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_175  molybdopterin oxidoreductase, formate dehydrogenase membrane subunit  36.1 
 
 
403 aa  218  1e-55  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.100817  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0166  polysulphide reductase, NrfD  35.29 
 
 
403 aa  215  9.999999999999999e-55  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.391929  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0170  Polysulphide reductase NrfD  34.89 
 
 
378 aa  214  2.9999999999999995e-54  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0875  Polysulphide reductase NrfD  35.86 
 
 
402 aa  213  3.9999999999999995e-54  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.946275  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0186  formate dehydrogenase, membrane subunit, putative  35.03 
 
 
403 aa  213  4.9999999999999996e-54  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2596  Polysulphide reductase NrfD  36.39 
 
 
388 aa  209  9e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2040  Polysulphide reductase NrfD  33.33 
 
 
404 aa  207  3e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.918159  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1957  Polysulphide reductase NrfD  35.53 
 
 
403 aa  203  3e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0356047  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0651  hmc operon protein 3  33.87 
 
 
389 aa  202  9e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.958991  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3972  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  33.71 
 
 
386 aa  202  9.999999999999999e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.158247  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0570  Polysulphide reductase NrfD  35.34 
 
 
389 aa  200  3.9999999999999996e-50  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2407  polysulphide reductase, NrfD  34.34 
 
 
388 aa  198  1.0000000000000001e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0385052 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0146  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  34.63 
 
 
421 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2006  polysulphide reductase, NrfD  35.53 
 
 
403 aa  197  3e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1872  Polysulphide reductase NrfD  35.53 
 
 
403 aa  196  4.0000000000000005e-49  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4090  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  33.52 
 
 
388 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.194025  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0784  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  34.08 
 
 
442 aa  192  7e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.242896  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1945  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  30.98 
 
 
438 aa  192  9e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1125  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  31.25 
 
 
435 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2504  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  34.72 
 
 
382 aa  185  1.0000000000000001e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.130941 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3137  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  30.71 
 
 
446 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1116  polysulphide reductase, NrfD  35.9 
 
 
386 aa  184  3e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0461  putative hydrogenase cytochrome b subunit  36.14 
 
 
381 aa  183  4.0000000000000006e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3042  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  32.2 
 
 
744 aa  183  6e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2943  polysulphide reductase, NrfD  32.01 
 
 
394 aa  180  4.999999999999999e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.486448  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4619  Polysulphide reductase NrfD  37.46 
 
 
416 aa  180  4.999999999999999e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2087  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  32.19 
 
 
731 aa  168  2e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1790  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  32.14 
 
 
731 aa  167  2e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1869  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  32.38 
 
 
731 aa  167  2.9999999999999998e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.856186  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0455  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  31.28 
 
 
729 aa  165  1.0000000000000001e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.453465 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3524  polysulphide reductase NrfD  34.73 
 
 
401 aa  165  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.902311  normal  0.369035 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3521  polysulphide reductase NrfD  32.24 
 
 
405 aa  165  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.538127  normal  0.625626 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1984  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  29.82 
 
 
414 aa  163  6e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00764136  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3401  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  29.34 
 
 
392 aa  159  7e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3395  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  29.34 
 
 
392 aa  159  7e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.522703 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3330  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  29.34 
 
 
392 aa  159  7e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.353265  normal  0.837141 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3321  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  29.34 
 
 
392 aa  159  7e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.437559  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3496  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  29.34 
 
 
392 aa  159  7e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.426978  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2236  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  29.55 
 
 
414 aa  158  1e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.263965 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3464  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  29.06 
 
 
392 aa  157  3e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3422  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  29.06 
 
 
392 aa  157  3e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02871  predicted hydrogenase 2 cytochrome b type component  29.06 
 
 
392 aa  156  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0701  Polysulphide reductase NrfD  29.06 
 
 
392 aa  156  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3175  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  29.06 
 
 
392 aa  156  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0698  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  29.06 
 
 
392 aa  156  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3281  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  29.06 
 
 
392 aa  156  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4307  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  29.06 
 
 
392 aa  156  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02820  hypothetical protein  29.06 
 
 
392 aa  156  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1412  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  30.31 
 
 
399 aa  156  6e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0479  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  29.77 
 
 
415 aa  149  7e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.304039  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0512  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  29.24 
 
 
415 aa  149  7e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0507  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  29.24 
 
 
415 aa  149  8e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0524  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  30.1 
 
 
416 aa  148  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.920848  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0664  polysulphide reductase-like protein  32.1 
 
 
451 aa  144  2e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2532  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  29.87 
 
 
399 aa  144  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.346938  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0677  polysulphide reductase-like protein  31.62 
 
 
451 aa  144  4e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.56556e-16 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1578  putative hydrogenase cytochrome b subunit  29.83 
 
 
394 aa  139  7.999999999999999e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.534156  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1044  putative hydrogenase cytochrome b subunit  29.44 
 
 
401 aa  137  4e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0160  polysulphide reductase, NrfD  30.17 
 
 
402 aa  133  5e-30  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3654  polysulphide reductase-like protein  30.11 
 
 
465 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.731183  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4239  nickel-dependent hydrogenase, membrane protein  28.39 
 
 
443 aa  126  9e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.442151  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1704  polysulphide reductase-like protein  28.41 
 
 
443 aa  124  3e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.990037  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0273  molybdopterin oxidoreductase, transmembrane subunit, putative  30.61 
 
 
409 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2935  molybdopterin oxidoreductase, transmembrane subunit, putative  29.97 
 
 
418 aa  114  3e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.52066  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2271  molybdopterin oxidoreductase, transmembrane subunit, putative  28.72 
 
 
419 aa  112  8.000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2549  polysulphide reductase NrfD  28.31 
 
 
410 aa  109  9.000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2687  Polysulphide reductase NrfD  29.38 
 
 
417 aa  108  2e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.046719 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3393  Polysulphide reductase NrfD  28.23 
 
 
411 aa  101  2e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0608  molybdopterin oxidoreductase, transmembrane subunit, putative  25.77 
 
 
417 aa  85.9  0.000000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0543645  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02130  polysulphide reductase  23.25 
 
 
389 aa  82.4  0.00000000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4782  Polysulphide reductase NrfD  23.82 
 
 
400 aa  68.6  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1779  polysulphide reductase, NrfD  25.98 
 
 
387 aa  64.3  0.000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.263014 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2403  Polysulphide reductase NrfD  23.95 
 
 
406 aa  63.2  0.000000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.418724  normal  0.657025 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1867  Polysulphide reductase NrfD  20.46 
 
 
411 aa  62.4  0.00000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0715566 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27690  polysulphide reductase  23.97 
 
 
384 aa  62  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0066  Polysulphide reductase NrfD  24.87 
 
 
387 aa  60.1  0.00000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.411771 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0454  polysulphide reductase NrfD  25.63 
 
 
389 aa  60.1  0.00000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2275  reductase, transmembrane subunit, putative  25.39 
 
 
387 aa  59.7  0.00000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13670  polysulphide reductase  24.77 
 
 
414 aa  59.7  0.0000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27750  polysulphide reductase  22.67 
 
 
388 aa  59.3  0.0000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.273464  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1631  Polysulphide reductase NrfD  22.05 
 
 
393 aa  58.9  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4225  Polysulphide reductase NrfD  29.52 
 
 
389 aa  58.9  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000782128  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3085  polysulphide reductase NrfD  27.32 
 
 
405 aa  58.5  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.488046  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0481  Polysulphide reductase NrfD  21.89 
 
 
413 aa  58.9  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1906  polysulphide reductase, NrfD  24.43 
 
 
413 aa  56.2  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.105136  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0140  polysulphide reductase, NrfD  23.32 
 
 
383 aa  55.5  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1664  polysulphide reductase, NrfD  24.59 
 
 
425 aa  54.7  0.000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1150  polysulphide reductase, NrfD  24.74 
 
 
385 aa  54.3  0.000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0596071  normal  0.937608 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1603  polysulphide reductase, NrfD  24.48 
 
 
385 aa  53.9  0.000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00601969  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0260  Polysulphide reductase NrfD  24.84 
 
 
383 aa  53.5  0.000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>