86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3137 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009483  Gura_1945  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  84.31 
 
 		 438 aa  716    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1125  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  96.77 
 
 		 435 aa  838    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0146  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  73.3 
 
 		 421 aa  636    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3137  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  100 
 
 		 446 aa  905    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0784  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  60.19 
 
 		 442 aa  504  1e-141  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.242896  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1984  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  52.39 
 
 		 414 aa  433  1e-120  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00764136  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2236  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  52.15 
 
 		 414 aa  430  1e-119  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.263965 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2504  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  41.13 
 
 		 382 aa  298  9e-80  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.130941 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3521  polysulphide reductase NrfD  41.42 
 
 		 405 aa  295  2e-78  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.538127  normal  0.625626 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3972  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  39.71 
 
 		 386 aa  292  8e-78  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.158247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4090  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  41.41 
 
 		 388 aa  290  3e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.194025  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4307  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  37.41 
 
 		 392 aa  269  1e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02820  hypothetical protein  37.41 
 
 		 392 aa  269  1e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3281  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  37.41 
 
 		 392 aa  269  1e-70  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0698  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  37.41 
 
 		 392 aa  269  1e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3175  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  37.41 
 
 		 392 aa  269  1e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0701  Polysulphide reductase NrfD  37.41 
 
 		 392 aa  269  1e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02871  predicted hydrogenase 2 cytochrome b type component  37.41 
 
 		 392 aa  269  1e-70  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3422  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  37.65 
 
 		 392 aa  268  2e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3496  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  37.18 
 
 		 392 aa  267  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.426978  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3401  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  37.18 
 
 		 392 aa  267  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3321  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  37.18 
 
 		 392 aa  267  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.437559  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3395  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  37.18 
 
 		 392 aa  267  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.522703 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3330  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  37.18 
 
 		 392 aa  267  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.353265  normal  0.837141 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3464  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  37.65 
 
 		 392 aa  268  2e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3524  polysulphide reductase NrfD  36.58 
 
 		 401 aa  265  1e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.902311  normal  0.369035 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1412  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  36.08 
 
 		 399 aa  251  2e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2532  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  36.14 
 
 		 399 aa  248  2e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.346938  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0479  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  35.24 
 
 		 415 aa  224  3e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.304039  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0507  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  35 
 
 		 415 aa  223  6e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0512  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  34.76 
 
 		 415 aa  222  8e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0524  putative hydrogenase 2 b cytochrome subunit  34.62 
 
 		 416 aa  220  3.9999999999999997e-56  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.920848  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0292  Polysulphide reductase NrfD  34.77 
 
 		 396 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.468469  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4239  nickel-dependent hydrogenase, membrane protein  31.78 
 
 		 443 aa  209  6e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.442151  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1198  Polysulphide reductase NrfD  33.25 
 
 		 400 aa  205  1e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2602  polysulphide reductase, NrfD  31.98 
 
 		 398 aa  204  2e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2252  polysulphide reductase NrfD  33.41 
 
 		 402 aa  196  5.000000000000001e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.38952  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0875  Polysulphide reductase NrfD  32.92 
 
 		 402 aa  194  3e-48  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.946275  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0170  Polysulphide reductase NrfD  33.76 
 
 		 378 aa  193  4e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1061  polysulphide reductase, NrfD  32.44 
 
 		 401 aa  193  5e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.079733 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0779  formate dehydrogenase, b-type cytochrome subunit, putative  32.02 
 
 		 401 aa  193  6e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0461  putative hydrogenase cytochrome b subunit  32.78 
 
 		 381 aa  190  4e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1801  polysulphide reductase NrfD  32.8 
 
 		 408 aa  187  3e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3386  polysulphide reductase, NrfD  30.71 
 
 		 403 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2265  Polysulphide reductase NrfD  30.55 
 
 		 403 aa  182  1e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1957  Polysulphide reductase NrfD  30.07 
 
 		 403 aa  179  7e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1116  polysulphide reductase, NrfD  32.89 
 
 		 386 aa  179  9e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1957  Polysulphide reductase NrfD  32.27 
 
 		 403 aa  178  2e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0356047  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2040  Polysulphide reductase NrfD  30.81 
 
 		 404 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.918159  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0186  formate dehydrogenase, membrane subunit, putative  32.5 
 
 		 403 aa  173  5e-42  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0651  hmc operon protein 3  30.51 
 
 		 389 aa  173  5e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.958991  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2596  Polysulphide reductase NrfD  31.12 
 
 		 388 aa  172  9e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2006  polysulphide reductase, NrfD  31.28 
 
 		 403 aa  172  1e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_175  molybdopterin oxidoreductase, formate dehydrogenase membrane subunit  32 
 
 		 403 aa  171  2e-41  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.100817  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0570  Polysulphide reductase NrfD  31.41 
 
 		 389 aa  171  3e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1872  Polysulphide reductase NrfD  31.03 
 
 		 403 aa  171  3e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0166  polysulphide reductase, NrfD  31.47 
 
 		 403 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.391929  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2407  polysulphide reductase, NrfD  30.71 
 
 		 388 aa  167  4e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0385052 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3042  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  32.18 
 
 		 744 aa  165  1.0000000000000001e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4619  Polysulphide reductase NrfD  30.13 
 
 		 416 aa  162  1e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2943  polysulphide reductase, NrfD  28.32 
 
 		 394 aa  153  5e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.486448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0455  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  28.64 
 
 		 729 aa  152  1e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.453465 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1790  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  28.48 
 
 		 731 aa  147  5e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2087  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  28.48 
 
 		 731 aa  145  1e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1869  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  27.64 
 
 		 731 aa  143  7e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.856186  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1578  putative hydrogenase cytochrome b subunit  27.06 
 
 		 394 aa  130  4.0000000000000003e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.534156  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1044  putative hydrogenase cytochrome b subunit  27.59 
 
 		 401 aa  129  9.000000000000001e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0160  polysulphide reductase, NrfD  26.03 
 
 		 402 aa  119  9.999999999999999e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1704  polysulphide reductase-like protein  24.82 
 
 		 443 aa  87.8  4e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.990037  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2549  polysulphide reductase NrfD  24.77 
 
 		 410 aa  84  0.000000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3654  polysulphide reductase-like protein  24.47 
 
 		 465 aa  77  0.0000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.731183  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0677  polysulphide reductase-like protein  23.56 
 
 		 451 aa  75.9  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.56556e-16 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0664  polysulphide reductase-like protein  22.85 
 
 		 451 aa  75.1  0.000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2271  molybdopterin oxidoreductase, transmembrane subunit, putative  23.69 
 
 		 419 aa  72.4  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2935  molybdopterin oxidoreductase, transmembrane subunit, putative  26.64 
 
 		 418 aa  63.5  0.000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.52066  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2687  Polysulphide reductase NrfD  23.63 
 
 		 417 aa  61.2  0.00000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.046719 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3393  Polysulphide reductase NrfD  31.01 
 
 		 411 aa  58.5  0.0000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0273  molybdopterin oxidoreductase, transmembrane subunit, putative  29.92 
 
 		 409 aa  57.8  0.0000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3085  polysulphide reductase NrfD  23.53 
 
 		 405 aa  54.3  0.000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.488046  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0608  molybdopterin oxidoreductase, transmembrane subunit, putative  24.68 
 
 		 417 aa  50.4  0.00006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0543645  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0451  Polysulphide reductase NrfD  21.88 
 
 		 445 aa  47.4  0.0005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1423  Polysulphide reductase NrfD  23.38 
 
 		 603 aa  45.4  0.002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.15148  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3002  polysulphide reductase, NrfD  21.48 
 
 		 468 aa  44.7  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130542 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1798  Polysulphide reductase NrfD  22.77 
 
 		 391 aa  43.9  0.006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1906  polysulphide reductase, NrfD  24.55 
 
 		 413 aa  43.5  0.008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.105136  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01305  molybdopterin oxidoredutase membrane subunit  22.43 
 
 		 593 aa  43.1  0.01  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>