35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1259 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1259  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  100 
 
 		 412 aa  839    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.255414  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3024  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  94.42 
 
 		 412 aa  780    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2173  TPR repeat-containing protein  51.37 
 
 		 421 aa  414  1e-114  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1932  peptidase M, neutral zinc metallopeptidase, zinc-binding site  41.31 
 
 		 426 aa  329  6e-89  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000295062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1566  TPR repeat-containing protein  39.9 
 
 		 420 aa  319  6e-86  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1762  TPR domain-containing protein  40.35 
 
 		 429 aa  312  4.999999999999999e-84  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0497958  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4277  TPR repeat-containing protein  33.61 
 
 		 468 aa  150  5e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0190966  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2418  hypothetical protein  28.8 
 
 		 293 aa  78.2  0.0000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000313071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2203  hypothetical protein  27.52 
 
 		 286 aa  75.9  0.000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.691388  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0071  hypothetical protein  25.35 
 
 		 304 aa  65.1  0.000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000552191  normal  0.0144499 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3295  hypothetical protein  26.43 
 
 		 294 aa  65.1  0.000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2344  hypothetical protein  25.38 
 
 		 268 aa  64.3  0.000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00000027404  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0571  hypothetical protein  23.4 
 
 		 408 aa  62.8  0.00000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.042047  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0164  TPR repeat-containing protein  28.69 
 
 		 963 aa  60.5  0.00000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3174  TPR domain-containing protein  24.19 
 
 		 544 aa  60.1  0.00000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.331835  normal  0.379297 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2470  hypothetical protein  27.11 
 
 		 279 aa  58.2  0.0000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000051933  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1905  hypothetical protein  29.89 
 
 		 437 aa  58.9  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0772428  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4423  hypothetical protein  32.37 
 
 		 553 aa  57.4  0.0000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_510  hypothetical protein  23.85 
 
 		 408 aa  56.6  0.0000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000331175  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4403  hypothetical protein  29.5 
 
 		 530 aa  51.6  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2405  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV domain protein  25.48 
 
 		 1078 aa  51.6  0.00003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.666802  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4269  hypothetical protein  29.5 
 
 		 585 aa  51.6  0.00003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.443818  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4424  hypothetical protein  29.5 
 
 		 546 aa  50.8  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3073  hypothetical protein  29.01 
 
 		 426 aa  50.8  0.00005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000435746  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0545  hypothetical protein  23.98 
 
 		 408 aa  48.1  0.0003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.306589  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2468  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  31.62 
 
 		 629 aa  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0996556  normal  0.406351 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3048  hypothetical protein  29.84 
 
 		 462 aa  47.4  0.0005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2086  hypothetical protein  26.12 
 
 		 384 aa  47.4  0.0005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4127  hypothetical protein  25.73 
 
 		 456 aa  46.6  0.0007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28691  hypothetical protein  28.46 
 
 		 306 aa  45.4  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4208  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.7 
 
 		 1001 aa  45.1  0.002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0104266  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2418  hypothetical protein  27.07 
 
 		 323 aa  43.9  0.006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000389124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12217  hypothetical protein  29.25 
 
 		 257 aa  43.9  0.006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.616096  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0853  ATPase  26.28 
 
 		 844 aa  43.5  0.006  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3297  hypothetical protein  30.77 
 
 		 276 aa  43.1  0.009  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.514363  normal  0.134808 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>