38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_2559 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_2559  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 176 aa  351  2.9999999999999997e-96  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.215741  normal  0.953855 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3078  XRE family transcriptional regulator  90.34 
 
 		 176 aa  318  1.9999999999999998e-86  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1697  XRE family transcriptional regulator  82.94 
 
 		 171 aa  278  4e-74  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.312098  hitchhiker  0.00643035 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2773  XRE family transcriptional regulator  75.44 
 
 		 171 aa  258  2e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.809106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0774  XRE family transcriptional regulator  58.97 
 
 		 167 aa  165  4e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.61227  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3107  transcriptional regulator, XRE family  55.92 
 
 		 164 aa  163  1.0000000000000001e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1350  XRE family transcriptional regulator  55.26 
 
 		 165 aa  163  1.0000000000000001e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00316988 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2399  helix-turn-helix domain protein  53.29 
 
 		 184 aa  163  1.0000000000000001e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.175223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5831  XRE family transcriptional regulator  57.96 
 
 		 165 aa  163  1.0000000000000001e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3017  transcriptional regulator, XRE family  56.58 
 
 		 164 aa  162  2.0000000000000002e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000135436  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2795  putative transcriptional regulator, XRE family  55.92 
 
 		 164 aa  162  3e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.527164  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3138  helix-turn-helix domain protein  52.98 
 
 		 183 aa  160  6e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0455565  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1704  XRE family transcriptional regulator  54.97 
 
 		 165 aa  159  2e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.047481 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3204  XRE family transcriptional regulator  54.3 
 
 		 165 aa  158  4e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.139411  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1052  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  53.95 
 
 		 165 aa  155  2e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0559159  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5247  transcriptional regulator, XRE family  53.95 
 
 		 162 aa  156  2e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.819669  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3007  transcriptional regulator, XRE family  54.67 
 
 		 164 aa  155  2e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.153025 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15530  Helix-turn-helix protein  53.29 
 
 		 162 aa  155  3e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.767389  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4281  transcriptional regulator, XRE family  49.38 
 
 		 161 aa  152  2e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.506334 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1303  XRE family transcriptional regulator  52.32 
 
 		 163 aa  150  8.999999999999999e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0137454 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1851  helix-turn-helix domain-containing protein  48.43 
 
 		 162 aa  132  1.9999999999999998e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.689571 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1844  XRE family transcriptional regulator  48.43 
 
 		 162 aa  132  3.9999999999999996e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.376307  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3148  transcriptional regulator, XRE family  46.54 
 
 		 168 aa  125  3e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000470504 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1656  XRE family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 185 aa  87.4  8e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.45225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2081  XRE family transcriptional regulator  39.49 
 
 		 179 aa  87  1e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.890959 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1291  helix-turn-helix domain protein  35.33 
 
 		 194 aa  87.4  1e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0991344  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0798  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  36.89 
 
 		 119 aa  46.2  0.0003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.529915  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2198  helix-turn-helix domain protein  40.28 
 
 		 116 aa  45.4  0.0004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1035  transcriptional regulator, XRE family  30.09 
 
 		 159 aa  45.1  0.0005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2791  XRE family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 139 aa  45.1  0.0006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07210  Helix-turn-helix protein  39.06 
 
 		 101 aa  44.3  0.001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.217016  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10510  Helix-turn-helix protein  39.39 
 
 		 101 aa  43.1  0.002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1098  XRE family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 122 aa  42.4  0.004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.380138  normal  0.0621931 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3294  XRE family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 114 aa  42  0.004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.600359  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1459  transcriptional regulator, XRE family  35.94 
 
 		 119 aa  41.6  0.005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000265254 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5797  helix-turn-helix domain protein  41.94 
 
 		 138 aa  41.6  0.006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1457  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 116 aa  41.6  0.006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00956808  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17970  Helix-turn-helix protein  41.27 
 
 		 108 aa  40.8  0.01  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.162477  normal  0.719261 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>