More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_0708 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_0708  translation initiation factor IF-3  100 
 
 		 176 aa  354  3.9999999999999996e-97  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00002338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0983  translation initiation factor IF-3  85.23 
 
 		 176 aa  295  2e-79  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.104 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2638  translation initiation factor IF-3  81.93 
 
 		 169 aa  263  8e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.294805  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0489  translation initiation factor IF-3  77.33 
 
 		 176 aa  263  1e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.0000720798  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0044  translation initiation factor IF-3  65.06 
 
 		 173 aa  235  2e-61  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2996  translation initiation factor IF-3  64.46 
 
 		 173 aa  231  3e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1516  translation initiation factor IF-3  57.74 
 
 		 172 aa  204  4e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.027432  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0425  translation initiation factor IF-3  55.21 
 
 		 171 aa  198  3.9999999999999996e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00000964088  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05720  translation initiation factor 3  54.6 
 
 		 207 aa  194  7e-49  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.0000188671  normal  0.0169059 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3024  translation initiation factor IF-3  54.94 
 
 		 173 aa  192  1e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1578  translation initiation factor IF-3  54.88 
 
 		 178 aa  191  6e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0641  translation initiation factor IF-3  54.44 
 
 		 175 aa  190  7e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0129727 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4706  translation initiation factor IF-3  53.12 
 
 		 195 aa  190  1e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000000432272  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4471  translation initiation factor IF-3  53.12 
 
 		 195 aa  190  1e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000000220658  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4306  translation initiation factor IF-3  53.12 
 
 		 195 aa  190  1e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000145665  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4317  translation initiation factor IF-3  53.12 
 
 		 195 aa  190  1e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000117232  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4819  translation initiation factor IF-3  53.12 
 
 		 186 aa  189  1e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.000000000000690292  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1149  translation initiation factor IF-3  50.3 
 
 		 202 aa  189  1e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4699  translation initiation factor IF-3  53.12 
 
 		 166 aa  189  2e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000260309  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0215  translation initiation factor IF-3  51.45 
 
 		 198 aa  189  2e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.62616e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4690  translation initiation factor IF-3  53.12 
 
 		 166 aa  189  2e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  7.37112e-62 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15200  translation initiation factor 3  51.22 
 
 		 197 aa  189  2e-47  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.000028162  normal  0.0802518 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2229  translation initiation factor IF-3  55.49 
 
 		 173 aa  188  2.9999999999999997e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00231449 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0554  translation initiation factor IF-3  53.12 
 
 		 166 aa  189  2.9999999999999997e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000012216  unclonable  2.53125e-26 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1032  translation initiation factor IF-3  53.33 
 
 		 238 aa  188  2.9999999999999997e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.82167  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4683  translation initiation factor IF-3  53.12 
 
 		 166 aa  189  2.9999999999999997e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000101645  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0428  translation initiation factor IF-3  55.26 
 
 		 156 aa  189  2.9999999999999997e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1233  translation initiation factor IF-3  53.05 
 
 		 198 aa  188  2.9999999999999997e-47  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000135112  normal  0.0984034 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4406  translation initiation factor IF-3  53.12 
 
 		 166 aa  188  4e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000111711  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1976  translation initiation factor IF-3  54.17 
 
 		 173 aa  187  9e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0798  translation initiation factor IF-3  52.5 
 
 		 202 aa  185  2e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3261  translation initiation factor IF-3  51.88 
 
 		 195 aa  186  2e-46  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000125648  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0660  translation initiation factor IF-3  50 
 
 		 176 aa  184  4e-46  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00000367528  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2400  translation initiation factor IF-3  51.25 
 
 		 164 aa  184  5e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00646191  normal  0.390668 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1383  translation initiation factor IF-3  53.7 
 
 		 187 aa  184  6e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111233  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0713  translation initiation factor 3  55.21 
 
 		 249 aa  184  6e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.814826 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2307  translation initiation factor IF-3  55.19 
 
 		 154 aa  184  7e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00282878  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0364  translation initiation factor 3  52.33 
 
 		 182 aa  183  9e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000297976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4639  translation initiation factor IF-3  52.07 
 
 		 219 aa  183  1.0000000000000001e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00000486529  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1434  translation initiation factor IF-3  52.73 
 
 		 225 aa  183  1.0000000000000001e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0842222  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0522  translation initiation factor IF-3  49.71 
 
 		 193 aa  183  1.0000000000000001e-45  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  0.0000000692532  hitchhiker  0.000000579185 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1937  translation initiation factor IF-3  49.13 
 
 		 174 aa  183  1.0000000000000001e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.413665  normal  0.0464847 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3622  translation initiation factor IF-3  51.46 
 
 		 357 aa  183  1.0000000000000001e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0913675  normal  0.723752 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1090  hypothetical protein  50.92 
 
 		 179 aa  183  1.0000000000000001e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000129093  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0588  translation initiation factor IF-3  50.61 
 
 		 194 aa  182  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.954262  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2769  translation initiation factor IF-3  51.81 
 
 		 178 aa  182  2.0000000000000003e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2642  translation initiation factor IF-3  51.81 
 
 		 178 aa  182  2.0000000000000003e-45  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1937  translation initiation factor IF-3  50.61 
 
 		 194 aa  182  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0510424  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1975  translation initiation factor IF-3  55.15 
 
 		 233 aa  182  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2109  translation initiation factor IF-3  53.25 
 
 		 219 aa  182  2.0000000000000003e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.0000273336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0333  translation initiation factor IF-3  50 
 
 		 194 aa  182  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.392305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0930  translation initiation factor 3  50 
 
 		 178 aa  182  2.0000000000000003e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2660  translation initiation factor IF-3  51.88 
 
 		 190 aa  182  3e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000648528  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1988  translation initiation factor IF-3  55.15 
 
 		 230 aa  182  3e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.61417  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1903  translation initiation factor IF-3  55.15 
 
 		 232 aa  182  3e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.982503  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2858  translation initiation factor 3  53.55 
 
 		 173 aa  181  5.0000000000000004e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.357759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0803  translation initiation factor IF-3  51.79 
 
 		 178 aa  181  6e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0077  translation initiation factor IF-3  50 
 
 		 171 aa  181  6e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.646828  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1319  translation initiation factor IF-3  52.12 
 
 		 190 aa  180  7e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0918782  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1758  translation initiation factor 3  51.97 
 
 		 154 aa  180  8.000000000000001e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000120038  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3090  translation initiation factor IF-3  52.2 
 
 		 179 aa  180  8.000000000000001e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.639467  normal  0.0869717 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2103  translation initiation factor 3  54.84 
 
 		 177 aa  180  9.000000000000001e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.286317  normal  0.133955 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0069  translation initiation factor IF-3  50 
 
 		 171 aa  180  1e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.097761 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6087  Translation initiation factor 3 (IF-3)-like protein  53.09 
 
 		 222 aa  179  1e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.897729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4267  translation initiation factor IF-3  46.82 
 
 		 178 aa  179  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2466  translation initiation factor IF-3  50.29 
 
 		 177 aa  179  2e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00240261  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3480  translation initiation factor IF-3  50.29 
 
 		 183 aa  179  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0422454  normal  0.0155112 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3224  translation initiation factor IF-3  50.29 
 
 		 183 aa  179  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.51494 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4742  translation initiation factor IF-3  51.48 
 
 		 176 aa  178  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.676759  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1906  translation initiation factor IF-3  50.89 
 
 		 173 aa  178  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.387361 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1624  translation initiation factor IF-3  50.89 
 
 		 176 aa  178  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0101313 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1968  translation initiation factor IF-3  49.71 
 
 		 183 aa  177  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00361564  hitchhiker  0.00796429 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3488  translation initiation factor 3  54.22 
 
 		 173 aa  177  5.999999999999999e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0218  translation initiation factor IF-3  48.8 
 
 		 200 aa  177  5.999999999999999e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1612  translation initiation factor IF-3  50.89 
 
 		 173 aa  177  7e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00252676 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3182  translation initiation factor IF-3  51.85 
 
 		 205 aa  177  8e-44  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0466683  normal  0.175076 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3158  translation initiation factor IF-3  51.48 
 
 		 173 aa  177  8e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4232  translation initiation factor IF-3  50.59 
 
 		 173 aa  177  8e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00738998 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4532  translation initiation factor IF-3  46.82 
 
 		 204 aa  177  9e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.199562 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1880  translation initiation factor IF-3  53.94 
 
 		 229 aa  177  9e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.10659 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1871  translation initiation factor IF-3  52.6 
 
 		 181 aa  176  1e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1269  translation initiation factor 3  53.01 
 
 		 225 aa  176  1e-43  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.628011  normal  0.508823 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2853  translation initiation factor IF-3  52.26 
 
 		 174 aa  176  1e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0116753 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2042  translation initiation factor IF-3  51.81 
 
 		 199 aa  175  2e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0708817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0671  translation initiation factor IF-3  49.4 
 
 		 192 aa  176  2e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.395911  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2399  translation initiation factor 3  54.82 
 
 		 205 aa  175  2e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.414773  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1341  translation initiation factor IF-3  46.39 
 
 		 173 aa  175  3e-43  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2150  translation initiation factor IF-3  49.38 
 
 		 173 aa  175  3e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.235978  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2804  translation initiation factor IF-3  49.38 
 
 		 180 aa  174  4e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3052  translation initiation factor IF-3  52.5 
 
 		 182 aa  174  4e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1241  translation initiation factor 3  51.25 
 
 		 170 aa  174  4e-43  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000256408  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01384  translation initiation factor IF-3  53.95 
 
 		 159 aa  174  6e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1412  translation initiation factor IF-3  57.14 
 
 		 143 aa  173  9e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000852308  normal  0.493061 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1244  translation initiation factor IF-3  51.16 
 
 		 175 aa  173  9.999999999999999e-43  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000317297  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1008  translation initiation factor 3  55.92 
 
 		 155 aa  173  9.999999999999999e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0442083  hitchhiker  0.00912814 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0265  translation initiation factor IF-3  51.5 
 
 		 173 aa  173  9.999999999999999e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.910814  normal  0.332641 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0041  translation initiation factor IF-3  47.62 
 
 		 192 aa  173  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0207  translation initiation factor IF-3  50 
 
 		 173 aa  173  9.999999999999999e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1409  translation initiation factor IF-3  46.95 
 
 		 172 aa  173  9.999999999999999e-43  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  1.37178e-16  unclonable  1.3418400000000002e-28 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5473  translation initiation factor IF-3  51.85 
 
 		 204 aa  172  1.9999999999999998e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>