More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_1447 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012880  Dd703_1447  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 91 aa  185  1e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1515  transcriptional regulator, LysR family  95.56 
 
 		 91 aa  178  2e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.70897  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2674  transcriptional regulator, LysR family  89.01 
 
 		 91 aa  168  2e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.237229  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1589  transcriptional regulator, LysR family  89.01 
 
 		 91 aa  168  2e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.794888  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2564  nitrogen assimilation transcriptional regulator  78.02 
 
 		 305 aa  149  8.999999999999999e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000767636  normal  0.0977076 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3129  nitrogen assimilation transcriptional regulator  76.92 
 
 		 307 aa  149  1e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1136  nitrogen assimilation transcriptional regulator  75.82 
 
 		 305 aa  146  9e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190292  hitchhiker  0.000106963 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2270  nitrogen assimilation transcriptional regulator  75.82 
 
 		 305 aa  146  9e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000041726  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01898  DNA-binding transcriptional dual regulator of nitrogen assimilation  75.82 
 
 		 305 aa  146  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0024282  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1667  transcriptional regulator, LysR family  75.82 
 
 		 305 aa  146  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000420428  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0970  nitrogen assimilation transcriptional regulator  75.82 
 
 		 307 aa  146  1.0000000000000001e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000243153  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1657  nitrogen assimilation transcriptional regulator  75.82 
 
 		 305 aa  146  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000208245  hitchhiker  0.00930832 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2832  nitrogen assimilation transcriptional regulator  75.82 
 
 		 305 aa  146  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000572709  normal  0.465707 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01887  hypothetical protein  75.82 
 
 		 305 aa  146  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0017445  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2111  nitrogen assimilation transcriptional regulator  75.82 
 
 		 305 aa  146  1.0000000000000001e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.1125e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2923  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  78.57 
 
 		 302 aa  143  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00510012  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6361  nitrogen assimilation transcriptional regulator  82.28 
 
 		 323 aa  137  6e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.594028  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2590  nitrogen assimilation transcriptional regulator  73.49 
 
 		 307 aa  134  6.0000000000000005e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0942  nitrogen assimilation transcriptional regulator  60.44 
 
 		 313 aa  124  5e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.787087 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0464  transcriptional regulator, LysR family  64.56 
 
 		 316 aa  108  3e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4550  transcriptional regulator, LysR family  60.26 
 
 		 306 aa  98.6  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.597489  normal  0.103743 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6369  transcriptional regulator, LysR family  60.26 
 
 		 301 aa  98.2  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.120934  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  51.69 
 
 		 303 aa  96.7  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  57.32 
 
 		 316 aa  96.3  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  57.32 
 
 		 316 aa  95.9  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  55.42 
 
 		 328 aa  95.5  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7661  transcriptional regulator LysR family  57.69 
 
 		 301 aa  95.1  3e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3833  LysR family transcriptional regulator  60.26 
 
 		 312 aa  95.1  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0341  LysR family transcriptional regulator  50.56 
 
 		 313 aa  94.7  4e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  56.1 
 
 		 335 aa  94.7  4e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  51.16 
 
 		 306 aa  94.4  5e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  52.33 
 
 		 302 aa  94.4  5e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  55.7 
 
 		 306 aa  93.2  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  55.7 
 
 		 309 aa  93.2  1e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  55.7 
 
 		 306 aa  93.2  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  58.67 
 
 		 324 aa  92.8  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  55.7 
 
 		 306 aa  93.2  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8569  transcriptional regulator, LysR family  57.69 
 
 		 316 aa  92.4  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2999  LysR family transcriptional regulator  55.7 
 
 		 305 aa  92  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0222348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  47.13 
 
 		 300 aa  88.6  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3365  LysR substrate-binding  51.19 
 
 		 320 aa  88.6  3e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.415783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3766  transcriptional regulator, LysR family  51.19 
 
 		 320 aa  88.6  3e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.763855  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  54.88 
 
 		 325 aa  88.2  4e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  50 
 
 		 331 aa  87.8  5e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6344  transcriptional regulator, LysR family  53.66 
 
 		 310 aa  87  7e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6114  transcriptional regulator, LysR family  47.67 
 
 		 311 aa  87  7e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0879  LysR family transcriptional regulator  47.13 
 
 		 300 aa  87  7e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.388933 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  53.95 
 
 		 320 aa  85.5  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4206  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 316 aa  85.9  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.46291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 299 aa  85.1  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0795  LysR family transcriptional regulator  55.13 
 
 		 320 aa  84  7e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3484  DNA-binding transcriptional regulator CynR  45.88 
 
 		 292 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.875325  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3816  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 310 aa  82.8  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.898253 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  44.83 
 
 		 300 aa  83.2  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3612  LysR family transcriptional regulator  45.98 
 
 		 332 aa  82.4  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.11328  normal  0.0439826 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3631  LysR family transcriptional regulator  55.41 
 
 		 306 aa  82.4  0.000000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.489296 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4069  LysR family transcriptional regulator  48.84 
 
 		 324 aa  82.4  0.000000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6471  transcriptional regulator, LysR family  52.56 
 
 		 297 aa  82.4  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3414  transcriptional regulator, LysR family  48.84 
 
 		 324 aa  82.4  0.000000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  50.63 
 
 		 329 aa  81.6  0.000000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0476  LysR family transcriptional regulator  49.4 
 
 		 319 aa  81.3  0.000000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0739  LysR-family transcriptional regulator  48.84 
 
 		 308 aa  78.2  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000050568  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0799  LysR family transcriptional regulator  48.84 
 
 		 308 aa  78.2  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00821953  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0751  LysR family transcriptional regulator  48.84 
 
 		 308 aa  78.2  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000639538  normal  0.380791 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1309  LysR family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 308 aa  78.2  0.00000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.220752 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3019  regulatory protein, LysR  48.65 
 
 		 280 aa  77.8  0.00000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0812  LysR family transcriptional regulator  48.84 
 
 		 308 aa  78.2  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0254349  normal  0.598657 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0848  LysR-family transcriptional regulator  48.84 
 
 		 308 aa  78.2  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00362304  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27230  transcriptional regulator  42.7 
 
 		 294 aa  77.4  0.00000000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1431  transcriptional regulator  48.78 
 
 		 318 aa  77.4  0.00000000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3210  LysR family transcriptional regulator  50.65 
 
 		 306 aa  77.4  0.00000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0637  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 310 aa  77  0.00000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  47.06 
 
 		 295 aa  77  0.00000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2041  LysR family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 314 aa  76.6  0.00000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.881958  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2084  LysR family transcriptional regulator  51.28 
 
 		 323 aa  76.6  0.00000000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.911939  normal  0.0802538 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4789  transcriptional regulator, LysR family  39.56 
 
 		 308 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0899  LysR family transcriptional regulator  43.68 
 
 		 278 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.43799 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  48.19 
 
 		 343 aa  76.6  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3701  LysR family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 327 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.037732  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2120  LysR family transcriptional regulator  45.88 
 
 		 319 aa  76.3  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.085988 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2079  LysR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 303 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843078  normal  0.804372 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0044  LysR family transcriptional regulator  47.95 
 
 		 297 aa  76.6  0.0000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4059  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 315 aa  75.9  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2501  LysR family transcriptional regulator  44.32 
 
 		 308 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.507839 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  44.71 
 
 		 328 aa  76.3  0.0000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1195  transcriptional regulator, LysR family  44.16 
 
 		 339 aa  75.5  0.0000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.279757  normal  0.378839 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37940  DNA-binding transcriptional regulator CynR  45.98 
 
 		 295 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000278966  normal  0.0117616 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7653  Transcriptional regulator  52.63 
 
 		 299 aa  75.1  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2188  transcriptional regulator, LysR family  44.3 
 
 		 329 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1566  LysR family transcriptional regulator  41.76 
 
 		 295 aa  75.1  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.939992  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4360  LysR family transcriptional regulator  43.68 
 
 		 299 aa  75.5  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.623991  normal  0.557987 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2294  transcriptional regulator  50 
 
 		 303 aa  75.1  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.438767  normal  0.468029 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2070  LysR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 328 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.518674  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1823  LysR family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 295 aa  75.1  0.0000000000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  44.71 
 
 		 300 aa  74.3  0.0000000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1614  LysR family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 311 aa  74.3  0.0000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.625262  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0222  LysR family transcriptional regulator  41.76 
 
 		 307 aa  74.3  0.0000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3155  LysR family transcriptional regulator  43.02 
 
 		 320 aa  73.9  0.0000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04720  Transcriptional regulator, LysR family  43.02 
 
 		 299 aa  73.9  0.0000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.245931  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2953  LysR family transcriptional regulator  46.34 
 
 		 294 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>