182 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_2671 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_2671  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 166 aa  337  4e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.149958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2990  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 166 aa  337  4e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2782  LysR family transcriptional regulator  88.89 
 
 		 304 aa  275  3e-73  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03759  transcriptional regulator, LysR family  83.87 
 
 		 304 aa  264  2.9999999999999995e-70  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2039  transcriptional regulator, LysR family  75.16 
 
 		 304 aa  240  7e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7372  LysR family transcriptional regulator  73.43 
 
 		 296 aa  220  7e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.732989  normal  0.278583 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0361  LysR family transcriptional regulator  72.22 
 
 		 322 aa  219  9.999999999999999e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.353114  normal  0.67829 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3080  LysR family transcriptional regulator  72.22 
 
 		 302 aa  217  6e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5287  LysR family transcriptional regulator  72.22 
 
 		 302 aa  217  6e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4981  LysR family transcriptional regulator  72.22 
 
 		 302 aa  217  7e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0617  transcriptional regulator, LysR family  70.63 
 
 		 306 aa  216  1e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4647  LysR family transcriptional regulator  71.53 
 
 		 302 aa  216  1e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.71207 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2285  LysR family transcriptional regulator  69.28 
 
 		 309 aa  216  2e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5176  LysR family transcriptional regulator  71.53 
 
 		 302 aa  215  2e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.55626  normal  0.248949 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5860  LysR family transcriptional regulator  72.03 
 
 		 304 aa  215  2.9999999999999998e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.885917  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3433  LysR family transcriptional regulator  71.53 
 
 		 322 aa  214  5e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0160695  normal  0.459982 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2570  LysR family transcriptional regulator  66.44 
 
 		 295 aa  210  7e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.271517 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5471  LysR family transcriptional regulator  68.75 
 
 		 302 aa  210  7e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.390315  normal  0.0214131 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0810  LysR family transcriptional regulator  62.94 
 
 		 304 aa  197  7.999999999999999e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.174247  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3916  LysR family transcriptional regulator  53.47 
 
 		 297 aa  172  1.9999999999999998e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02856  Transcriptional regulator  46.05 
 
 		 295 aa  145  2.0000000000000003e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1351  LysR, substrate-binding  46.76 
 
 		 230 aa  139  1.9999999999999998e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.227548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0671  LysR family transcriptional regulator  44.14 
 
 		 304 aa  130  1.0000000000000001e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.649912  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3385  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  41.48 
 
 		 294 aa  127  8.000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0637  metal dependent phosphohydrolase  41.73 
 
 		 293 aa  127  1.0000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.191049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17900  transcriptional regulator MetR  41.83 
 
 		 306 aa  124  5e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1027  LysR family transcriptional regulator  41.01 
 
 		 302 aa  122  2e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.851404 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13970  transcriptional regulatory protein, MetR (LysR family)  40.13 
 
 		 332 aa  121  4e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1093  LysR family transcriptional regulator  41.96 
 
 		 305 aa  120  6e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0248158  normal  0.836665 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4180  transcriptional activator MetR  40.97 
 
 		 305 aa  119  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.439628  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1555  transcriptional regulator MetR  40.52 
 
 		 306 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.99555  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3917  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.28 
 
 		 305 aa  119  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.217683 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1476  transcriptional regulator MetR, substrate-binding, LysR family protein  38.82 
 
 		 313 aa  119  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.669398 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1063  transcriptional activator MetR  41.26 
 
 		 305 aa  118  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2173  transcriptional regulator, LysR family  42.11 
 
 		 306 aa  118  3.9999999999999996e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1104  LysR family transcriptional regulator  41.26 
 
 		 305 aa  118  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.471047  normal  0.331452 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2318  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 305 aa  118  4.9999999999999996e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.174321  normal  0.376521 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4349  LysR family transcriptional regulator  41.26 
 
 		 305 aa  117  6e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.322044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1309  transcriptional activator MetR  38.85 
 
 		 305 aa  117  7.999999999999999e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00130868  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0860  transcriptional activator MetR  36.69 
 
 		 303 aa  116  1.9999999999999998e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3056  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 309 aa  115  3e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.750518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2079  HTH-type transcriptional regulator  39.13 
 
 		 318 aa  115  3.9999999999999997e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.676959  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2696  transcriptional activator MetR  36.6 
 
 		 309 aa  114  5e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.394486 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4546  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 305 aa  114  6e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.616108  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1682  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 305 aa  114  7.999999999999999e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.860091 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3390  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 308 aa  114  8.999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.15793  normal  0.26126 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2104  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 308 aa  113  1.0000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.136552 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0184  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 		 312 aa  112  2.0000000000000002e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3935  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 		 312 aa  112  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003070  transcriptional activator MetR  38.81 
 
 		 238 aa  112  2.0000000000000002e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000616788  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3092  LysR family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 309 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3649  lysR-family transcriptional regulatory protein  39.46 
 
 		 317 aa  111  4.0000000000000004e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.533286 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0241  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 316 aa  111  4.0000000000000004e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.218111 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3968  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 317 aa  111  5e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3470  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 301 aa  110  7.000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02773  transcriptional regulator  35.97 
 
 		 303 aa  110  7.000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3953  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 317 aa  110  8.000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0262  transcriptional regulator MetR  39.46 
 
 		 317 aa  110  8.000000000000001e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03707  DNA-binding transcriptional activator, homocysteine-binding  39.46 
 
 		 317 aa  110  9e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4151  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 		 317 aa  110  9e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4348  transcriptional regulator MetR  39.46 
 
 		 317 aa  110  9e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5269  transcriptional regulator MetR  39.46 
 
 		 317 aa  110  9e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.213002 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03656  hypothetical protein  39.46 
 
 		 317 aa  110  9e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4180  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 317 aa  110  9e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0851648 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4052  transcriptional regulator MetR  39.46 
 
 		 317 aa  110  9e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0817  transcriptional activator protein MetR  39.07 
 
 		 301 aa  108  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3300  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 301 aa  108  3e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.403823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0653  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 301 aa  108  3e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.114009  normal  0.954509 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0826  transcriptional regulator, LysR family protein  39.39 
 
 		 300 aa  108  3e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4357  transcriptional regulator, LysR family  38.46 
 
 		 311 aa  108  3e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.966548  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4074  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 		 311 aa  108  4.0000000000000004e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.741319  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4243  transcriptional regulator MetR  38.78 
 
 		 317 aa  106  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4350  transcriptional regulator MetR  38.78 
 
 		 317 aa  106  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0305  transcriptional regulator MetR  39.26 
 
 		 296 aa  107  1e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.879498  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4290  transcriptional regulator MetR  38.78 
 
 		 317 aa  106  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.305049  normal  0.326803 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4171  transcriptional regulator MetR  38.78 
 
 		 317 aa  106  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3573  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 		 301 aa  105  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3764  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 301 aa  105  2e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0666  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 301 aa  105  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4193  transcriptional regulator MetR  38.78 
 
 		 317 aa  106  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3641  LysR family transcriptional regulator  37.75 
 
 		 301 aa  105  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3173  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 301 aa  105  3e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0079235  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1837  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 316 aa  105  4e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3556  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 301 aa  105  4e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0236  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 296 aa  104  4e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.861594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1699  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 301 aa  105  4e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.311486  normal  0.750741 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2628  transcriptional activator protein MetR  39.86 
 
 		 299 aa  105  4e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00235565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3732  LysR family transcriptional regulator  41.01 
 
 		 301 aa  104  5e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0216  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 296 aa  104  7e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.277896  hitchhiker  0.00746879 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2185  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 299 aa  103  8e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0731  LysR, substrate-binding  38.69 
 
 		 296 aa  103  1e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0767201  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3203  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 300 aa  102  2e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0729456  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2171  LysR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 301 aa  99.8  1e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0843  LysR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 301 aa  99.8  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.494273  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3249  transcriptional regulator, LysR family  36.5 
 
 		 308 aa  99.4  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.930143  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0306  transcriptional regulator, LysR family  43.93 
 
 		 310 aa  98.6  3e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0196114  decreased coverage  0.0000263412 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2322  LysR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 301 aa  98.6  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0135  transcriptional regulator, LysR family  43.93 
 
 		 310 aa  98.6  3e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0188343  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0016  transcriptional regulator, MetR  34.69 
 
 		 302 aa  96.7  1e-19  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1054  transcriptional regulator  36.23 
 
 		 308 aa  95.5  3e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000193494  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>