298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1351 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1351  LysR, substrate-binding  100 
 
 		 230 aa  468  1.0000000000000001e-131  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.227548  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3916  LysR family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 297 aa  149  4e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0810  LysR family transcriptional regulator  51.8 
 
 		 304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.174247  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5471  LysR family transcriptional regulator  48.25 
 
 		 302 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.390315  normal  0.0214131 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2285  LysR family transcriptional regulator  50.36 
 
 		 309 aa  142  5e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2039  transcriptional regulator, LysR family  48.61 
 
 		 304 aa  141  7e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4981  LysR family transcriptional regulator  48.95 
 
 		 302 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3080  LysR family transcriptional regulator  48.95 
 
 		 302 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5287  LysR family transcriptional regulator  48.95 
 
 		 302 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2570  LysR family transcriptional regulator  50.7 
 
 		 295 aa  139  3e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.271517 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0617  transcriptional regulator, LysR family  50.7 
 
 		 306 aa  139  3e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2990  LysR family transcriptional regulator  46.76 
 
 		 166 aa  139  3.9999999999999997e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2671  LysR family transcriptional regulator  46.76 
 
 		 166 aa  139  3.9999999999999997e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.149958  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2782  LysR family transcriptional regulator  48.28 
 
 		 304 aa  139  4.999999999999999e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0361  LysR family transcriptional regulator  46.85 
 
 		 322 aa  138  6e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.353114  normal  0.67829 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5176  LysR family transcriptional regulator  48.25 
 
 		 302 aa  138  7e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.55626  normal  0.248949 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4647  LysR family transcriptional regulator  48.25 
 
 		 302 aa  138  7e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.71207 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3433  LysR family transcriptional regulator  48.25 
 
 		 322 aa  138  7e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0160695  normal  0.459982 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03759  transcriptional regulator, LysR family  47.06 
 
 		 304 aa  137  1e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02856  Transcriptional regulator  44.83 
 
 		 295 aa  135  4e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7372  LysR family transcriptional regulator  45.65 
 
 		 296 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.732989  normal  0.278583 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5860  LysR family transcriptional regulator  45.93 
 
 		 304 aa  122  6e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.885917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3917  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  48.59 
 
 		 305 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.217683 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4180  transcriptional activator MetR  48.59 
 
 		 305 aa  118  6e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.439628  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0637  metal dependent phosphohydrolase  42.34 
 
 		 293 aa  117  9.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.191049  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13970  transcriptional regulatory protein, MetR (LysR family)  49.3 
 
 		 332 aa  117  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1093  LysR family transcriptional regulator  47.18 
 
 		 305 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0248158  normal  0.836665 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1063  transcriptional activator MetR  45.77 
 
 		 305 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1104  LysR family transcriptional regulator  45.77 
 
 		 305 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.471047  normal  0.331452 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4349  LysR family transcriptional regulator  45.77 
 
 		 305 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.322044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1682  LysR family transcriptional regulator  47.18 
 
 		 305 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.860091 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3092  LysR family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 309 aa  111  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4546  LysR family transcriptional regulator  45.77 
 
 		 305 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.616108  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3056  LysR family transcriptional regulator  44.29 
 
 		 309 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.750518  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2696  transcriptional activator MetR  44.29 
 
 		 309 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.394486 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17900  transcriptional regulator MetR  45.07 
 
 		 306 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1555  transcriptional regulator MetR  45.77 
 
 		 306 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.99555  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3385  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  32.9 
 
 		 294 aa  105  5e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0671  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 304 aa  105  6e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.649912  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1837  LysR family transcriptional regulator  43.17 
 
 		 316 aa  103  2e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2173  transcriptional regulator, LysR family  43.36 
 
 		 306 aa  103  2e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0860  transcriptional activator MetR  36.69 
 
 		 303 aa  101  1e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1476  transcriptional regulator MetR, substrate-binding, LysR family protein  40.74 
 
 		 313 aa  100  2e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.669398 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3390  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 308 aa  98.2  1e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.15793  normal  0.26126 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2318  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 305 aa  97.4  2e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.174321  normal  0.376521 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3513  thioesterase superfamily protein  68.18 
 
 		 143 aa  95.9  5e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0813515 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0236  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 296 aa  95.1  8e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.861594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1309  transcriptional activator MetR  35.46 
 
 		 305 aa  95.1  8e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00130868  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2079  HTH-type transcriptional regulator  36.81 
 
 		 318 aa  94.7  1e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.676959  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0216  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 296 aa  94  2e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.277896  hitchhiker  0.00746879 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3935  transcriptional regulator, LysR family  35.66 
 
 		 312 aa  93.2  3e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1027  LysR family transcriptional regulator  36.69 
 
 		 302 aa  92.8  4e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.851404 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003070  transcriptional activator MetR  34.09 
 
 		 238 aa  92.4  5e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000616788  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02773  transcriptional regulator  34.85 
 
 		 303 aa  92.4  5e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03707  DNA-binding transcriptional activator, homocysteine-binding  34.97 
 
 		 317 aa  91.3  1e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4151  transcriptional regulator, LysR family  34.97 
 
 		 317 aa  91.3  1e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3968  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 317 aa  91.3  1e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0365  LysR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 319 aa  91.3  1e-17  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000326728  hitchhiker  0.000627592 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2185  LysR family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 299 aa  91.3  1e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4052  transcriptional regulator MetR  34.97 
 
 		 317 aa  91.3  1e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4180  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 317 aa  91.3  1e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0851648 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4348  transcriptional regulator MetR  34.97 
 
 		 317 aa  91.3  1e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03656  hypothetical protein  34.97 
 
 		 317 aa  91.3  1e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5269  transcriptional regulator MetR  34.97 
 
 		 317 aa  91.3  1e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.213002 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1699  LysR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 301 aa  90.1  2e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.311486  normal  0.750741 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2104  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 308 aa  90.9  2e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.136552 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2645  thioesterase superfamily protein  60.61 
 
 		 141 aa  89.7  4e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0184  transcriptional regulator, LysR family  34.97 
 
 		 312 aa  88.2  9e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0305  transcriptional regulator MetR  45.36 
 
 		 296 aa  87  2e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.879498  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0826  transcriptional regulator, LysR family protein  36.17 
 
 		 300 aa  87.4  2e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4243  transcriptional regulator MetR  32.88 
 
 		 317 aa  86.3  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4171  transcriptional regulator MetR  32.88 
 
 		 317 aa  86.3  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4193  transcriptional regulator MetR  32.88 
 
 		 317 aa  85.9  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1719  thioesterase superfamily protein  53.95 
 
 		 263 aa  86.3  4e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0016  transcriptional regulator, MetR  35.88 
 
 		 302 aa  86.3  4e-16  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4350  transcriptional regulator MetR  32.88 
 
 		 317 aa  86.3  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4290  transcriptional regulator MetR  32.88 
 
 		 317 aa  86.3  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.305049  normal  0.326803 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1349  thioesterase superfamily protein  81.54 
 
 		 133 aa  86.3  4e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.120943  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3649  lysR-family transcriptional regulatory protein  33.57 
 
 		 317 aa  85.1  7e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.533286 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2171  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 301 aa  85.1  9e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0843  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 301 aa  85.1  9e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.494273  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0262  transcriptional regulator MetR  33.57 
 
 		 317 aa  84.7  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3953  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 317 aa  84.7  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4357  transcriptional regulator, LysR family  32.17 
 
 		 311 aa  83.2  0.000000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.966548  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4074  transcriptional regulator, LysR family  30.99 
 
 		 311 aa  83.2  0.000000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.741319  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0135  transcriptional regulator, LysR family  47.19 
 
 		 310 aa  82.8  0.000000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0188343  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0306  transcriptional regulator, LysR family  47.19 
 
 		 310 aa  82.8  0.000000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0196114  decreased coverage  0.0000263412 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2628  transcriptional activator protein MetR  32.62 
 
 		 299 aa  82.4  0.000000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00235565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0241  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 316 aa  82  0.000000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.218111 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0209  thioesterase superfamily protein  52.94 
 
 		 133 aa  80.5  0.00000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.873249 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2322  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 301 aa  79.7  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4359  LysR family substrate binding transcriptional regulator  34.29 
 
 		 317 aa  78.6  0.00000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0731  LysR, substrate-binding  34.27 
 
 		 296 aa  78.2  0.00000000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0767201  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0605  thioesterase superfamily protein  53.85 
 
 		 265 aa  77.8  0.0000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.146724 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0817  transcriptional activator protein MetR  33.33 
 
 		 301 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3300  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 301 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.403823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0653  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 301 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.114009  normal  0.954509 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3470  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 301 aa  77  0.0000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0666  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 301 aa  77  0.0000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3573  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 301 aa  77  0.0000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>