171 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_3062 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_3062  signal transduction histidine kinase regulating citrate/malate metabolism  100 
 
 
460 aa  920    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1561  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.2 
 
 
528 aa  126  7e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0287  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32.55 
 
 
564 aa  126  8.000000000000001e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2453  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32.7 
 
 
572 aa  125  1e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2016  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  33.33 
 
 
519 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.103091 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1228  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  35.64 
 
 
523 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.429585  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2186  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32.46 
 
 
576 aa  115  1.0000000000000001e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00886832 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1008  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  33.89 
 
 
574 aa  107  3e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0927  putative methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32.99 
 
 
572 aa  105  1e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0620  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  37.67 
 
 
512 aa  105  2e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000106495  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1675  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  33.33 
 
 
572 aa  104  3e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  33.15 
 
 
615 aa  97.8  3e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3063  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32.08 
 
 
533 aa  95.5  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.378908  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0149  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.64 
 
 
533 aa  90.5  6e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0496  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  41.84 
 
 
731 aa  87  6e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.395516  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1033  methyl-accepting chemotaxis protein  36.75 
 
 
533 aa  87  7e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1412  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  37.19 
 
 
732 aa  87  7e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1303  methyl-accepting chemotaxis protein  36.94 
 
 
494 aa  84.3  0.000000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0842  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  37.5 
 
 
732 aa  83.6  0.000000000000008  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1733  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  28.95 
 
 
823 aa  81.3  0.00000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3221  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.19 
 
 
590 aa  80.5  0.00000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.128603 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1040  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.77 
 
 
590 aa  80.9  0.00000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0389  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  35.25 
 
 
729 aa  79.7  0.0000000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0945  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.66 
 
 
675 aa  78.2  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.870162  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1402  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  39.8 
 
 
731 aa  78.2  0.0000000000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.723997  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2944  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  35.25 
 
 
806 aa  77.8  0.0000000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0288682  normal  0.27333 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1674  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.26 
 
 
676 aa  77.4  0.0000000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.776318  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2744  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32.17 
 
 
572 aa  77  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.696609  normal  0.585687 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1138  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.38 
 
 
983 aa  77.4  0.0000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0412  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  37.67 
 
 
667 aa  76.6  0.0000000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000234524  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0809  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  33.54 
 
 
532 aa  76.3  0.000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.826751  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2151  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.06 
 
 
707 aa  76.3  0.000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.461641 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1083  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.65 
 
 
986 aa  75.5  0.000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0721424  decreased coverage  0.00000190438 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3453  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.29 
 
 
532 aa  75.5  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0235494 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0142  histidine kinase  38.39 
 
 
614 aa  74.7  0.000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1764  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  38.78 
 
 
729 aa  73.6  0.000000000007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.0298102 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2669  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  26.49 
 
 
808 aa  73.2  0.00000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0137  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  37.6 
 
 
732 aa  73.2  0.00000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1082  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32.59 
 
 
730 aa  72.4  0.00000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.292082  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0548  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.4 
 
 
639 aa  70.5  0.00000000006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.271418  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3073  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  36.59 
 
 
677 aa  70.1  0.00000000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3390  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.28 
 
 
671 aa  70.1  0.00000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0414779  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1594  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32.84 
 
 
543 aa  70.1  0.00000000009  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.489984  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1412  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  35.29 
 
 
808 aa  68.6  0.0000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.961328  normal  0.598579 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0137  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.94 
 
 
731 aa  68.2  0.0000000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  hitchhiker  0.00776306  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1296  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  37.11 
 
 
729 aa  67.8  0.0000000004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.54969  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0140  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.73 
 
 
620 aa  67.8  0.0000000004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  hitchhiker  0.000754265  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1976  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  29.61 
 
 
578 aa  67.4  0.0000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.000000151566  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1371  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.6 
 
 
639 aa  67.4  0.0000000006  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1437  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.42 
 
 
640 aa  67  0.0000000007  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0613  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.93 
 
 
641 aa  66.6  0.0000000008  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20550  methyl-accepting chemotaxis protein  36.36 
 
 
733 aa  66.2  0.000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.375054  normal  0.44591 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1789  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  37.11 
 
 
729 aa  65.9  0.000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000025801 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3437  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  28.39 
 
 
646 aa  65.1  0.000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.143807  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3594  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  28.39 
 
 
646 aa  63.9  0.000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4309  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  37.27 
 
 
659 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.226298 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0290  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.01 
 
 
639 aa  62.8  0.00000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.400694  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0464  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.05 
 
 
614 aa  62.8  0.00000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.778528  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0792  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  33.6 
 
 
651 aa  62  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0942  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.08 
 
 
676 aa  62.4  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2240  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.16 
 
 
672 aa  62  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2144  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.25 
 
 
556 aa  62  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0401  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  21.6 
 
 
615 aa  62  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000192098 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1985  histidine kinase  28.16 
 
 
672 aa  62  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0239  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.1 
 
 
793 aa  61.2  0.00000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3714  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.77 
 
 
660 aa  61.2  0.00000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4192  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.77 
 
 
660 aa  61.2  0.00000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0520721  normal  0.510764 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0495  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32 
 
 
795 aa  60.8  0.00000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.132321  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1547  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.69 
 
 
613 aa  60.8  0.00000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002906  methyl-accepting chemotaxis protein  37.25 
 
 
678 aa  60.5  0.00000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.816112  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4315  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.37 
 
 
656 aa  60.1  0.00000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011893  Mnod_8793  hypothetical protein  32.14 
 
 
173 aa  60.1  0.00000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.369764  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0210  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  34.62 
 
 
632 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.248487  normal  0.150257 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2123  hypothetical protein  25.81 
 
 
173 aa  59.3  0.0000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.97009  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2270  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.65 
 
 
661 aa  59.7  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1684  methyl-accepting chemotaxis protein I  36.36 
 
 
676 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4070  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.77 
 
 
660 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4296  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.77 
 
 
660 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1080  methyl-accepting chemotaxis protein  35.59 
 
 
687 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.469209  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3221  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.77 
 
 
660 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.229974 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2308  methyl-accepting chemotaxis protein II  36.36 
 
 
684 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4007  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.1 
 
 
656 aa  58.2  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.755968  normal  0.278919 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0507  methyl-accepting chemotaxis protein  36.36 
 
 
630 aa  58.5  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0140  putative methyl-accepting chemotaxis protein  36.36 
 
 
684 aa  58.5  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0610174  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0994  methyl-accepting chemotaxis protein  36.36 
 
 
678 aa  58.5  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.799426  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2939  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  32.67 
 
 
672 aa  57.4  0.0000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5403  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  34.78 
 
 
538 aa  57  0.0000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0372  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.58 
 
 
614 aa  57.4  0.0000006  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.899415  normal  0.0476359 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3828  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  29.25 
 
 
506 aa  56.6  0.0000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.188818  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1128  sensor histidine kinase  32.73 
 
 
677 aa  56.6  0.0000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1544  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.39 
 
 
731 aa  56.2  0.000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1953  histidine kinase  26.47 
 
 
661 aa  56.2  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02266  hypothetical protein  33.94 
 
 
680 aa  56.2  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5515  chemotaxis sensory transducer  27.4 
 
 
658 aa  55.8  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.501051  normal  0.584272 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003502  signal transduction histidine kinase  30.43 
 
 
659 aa  55.5  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3481  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  34.69 
 
 
674 aa  55.8  0.000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0772  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  27.52 
 
 
646 aa  55.8  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00540264  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0366  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  36.79 
 
 
643 aa  54.7  0.000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0151066 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1291  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.78 
 
 
690 aa  54.7  0.000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6894  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  31.33 
 
 
657 aa  54.7  0.000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.068141  normal  0.373533 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>