43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1504 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_1504  Linocin_M18 bacteriocin protein  100 
 
 		 270 aa  549  1e-155  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3018  Linocin_M18 bacteriocin protein  49.44 
 
 		 270 aa  275  6e-73  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.942345 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0417  Linocin_M18 bacteriocin protein  45.56 
 
 		 264 aa  249  3e-65  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0119  Linocin_M18 bacteriocin protein  40.51 
 
 		 278 aa  202  4e-51  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000660345  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1705  Linocin_M18 bacteriocin protein  37.55 
 
 		 284 aa  185  6e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1316  Linocin_M18 bacteriocin protein  34.18 
 
 		 278 aa  182  5.0000000000000004e-45  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00600572  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4282  Linocin_M18 bacteriocin protein  34.33 
 
 		 270 aa  159  5e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.180613  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1283  Linocin_M18 bacteriocin protein  33.21 
 
 		 263 aa  125  9e-28  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0692096  normal  0.795749 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1095  Linocin_M18 bacteriocin protein  30.71 
 
 		 262 aa  112  6e-24  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.236732  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4139  uncharacterized protein linocin/CFP29  30.94 
 
 		 272 aa  103  3e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.101347  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4270  uncharacterized protein linocin/CFP29  31.34 
 
 		 272 aa  101  1e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4292  uncharacterized protein linocin/CFP29  30.8 
 
 		 272 aa  99  8e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.92184  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0144  Linocin_M18 bacteriocin protein  28.31 
 
 		 265 aa  89  7e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0142  Linocin_M18 bacteriocin protein  27.94 
 
 		 265 aa  89  8e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0207  uncharacterized linocin/CFP29-like protein  26.49 
 
 		 373 aa  85.9  6e-16  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.502019 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1254  Linocin_M18 bacteriocin protein  29.01 
 
 		 359 aa  85.9  7e-16  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.574463 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15970  Linocin_M18 bacteriocin protein  23.79 
 
 		 265 aa  77.8  0.0000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4015  Linocin_M18 bacteriocin protein  22.46 
 
 		 265 aa  73.9  0.000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3837  Linocin_M18 bacteriocin protein  23.53 
 
 		 266 aa  71.2  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.257523  normal  0.287603 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1761  Linocin_M18 bacteriocin protein  27.7 
 
 		 264 aa  69.7  0.00000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00497858  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2248  Linocin_M18 bacteriocin protein  22.06 
 
 		 276 aa  67.4  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00352886  decreased coverage  0.00701181 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5413  Linocin_M18 bacteriocin protein  24.23 
 
 		 271 aa  67  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0315923 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5123  Linocin_M18 bacteriocin protein  21.11 
 
 		 265 aa  65.9  0.0000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.439561  normal  0.576043 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1404  Linocin_M18 bacteriocin protein  24.81 
 
 		 271 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5666  Linocin_M18 bacteriocin protein  23.86 
 
 		 271 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.448725  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6425  Linocin_M18 bacteriocin protein  24.81 
 
 		 271 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.572619  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7088  Linocin_M18 bacteriocin protein  24.81 
 
 		 271 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.819744  normal  0.114126 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4563  Linocin_M18 bacteriocin protein  23.17 
 
 		 267 aa  63.5  0.000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7000  Linocin_M18 bacteriocin protein  24.24 
 
 		 271 aa  63.5  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6415  Linocin_M18 bacteriocin protein  23.48 
 
 		 271 aa  63.2  0.000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.116094  normal  0.258544 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3202  Linocin_M18 bacteriocin protein  21.98 
 
 		 265 aa  62.8  0.000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.579175  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1626  Linocin_M18 bacteriocin protein  20.74 
 
 		 265 aa  62  0.00000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1590  Linocin M18 bacteriocin protein  22.14 
 
 		 274 aa  60.8  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1969  Linocin_M18 bacteriocin protein  23.36 
 
 		 273 aa  61.2  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.719362  normal  0.138388 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0002  Linocin_M18 bacteriocin protein  25.36 
 
 		 265 aa  60.8  0.00000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000133397  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3309  Linocin_M18 bacteriocin protein  21.25 
 
 		 268 aa  59.7  0.00000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0325181 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5472  Linocin_M18 bacteriocin protein  20.6 
 
 		 267 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.122868  normal  0.0319656 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1880  uncharacterized linocin/CFP29-like protein  24.12 
 
 		 358 aa  57.4  0.0000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  decreased coverage  0.00000112619  normal  0.747435 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1418  uncharacterized linocin/CFP29-like protein  25.25 
 
 		 352 aa  57.8  0.0000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.377117 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0974  Linocin_M18 bacteriocin protein  21.45 
 
 		 280 aa  58.2  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0935693  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10813  29 kDa antigen cfp29  20 
 
 		 265 aa  57  0.0000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3834  hypothetical protein  19.48 
 
 		 267 aa  55.1  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4594  Linocin_M18 bacteriocin protein  22.67 
 
 		 282 aa  49.7  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0142366  hitchhiker  0.00338806 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>