215 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_1935 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



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Organism name

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Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002967  TDE1454  sugar transporter  69.82 
 
 
454 aa  649    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1935  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  100 
 
 
461 aa  931    Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1367  Na+/xyloside symporter or related transporter  31.57 
 
 
634 aa  255  1.0000000000000001e-66  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.316422  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0305  Na+/xyloside symporter or related transporter  32.2 
 
 
479 aa  247  3e-64  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0574168  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03952  hypothetical protein  31.05 
 
 
469 aa  231  2e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03991  melibiose:sodium symporter  31.05 
 
 
469 aa  231  2e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4586  melibiose:sodium symporter  31.05 
 
 
481 aa  231  2e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3907  melibiose:sodium symporter  31.05 
 
 
473 aa  231  2e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4361  melibiose:sodium symporter  31.05 
 
 
473 aa  231  2e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4674  melibiose:sodium symporter  31.05 
 
 
473 aa  231  2e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3872  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  31.05 
 
 
469 aa  229  7e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5634  melibiose:sodium symporter  31.05 
 
 
481 aa  229  7e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2246  Na+/xyloside symporter related transporter  30.04 
 
 
462 aa  229  1e-58  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1314  Na+/xyloside symporter related transporter  27.98 
 
 
470 aa  227  4e-58  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.313105  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0071  melibiose:sodium symporter  29.41 
 
 
448 aa  223  6e-57  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00245996  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0880  Na+/xyloside symporter related transporter  29.7 
 
 
640 aa  223  7e-57  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0363049  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4645  melibiose:sodium symporter  30.04 
 
 
476 aa  222  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.752392  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4645  melibiose:sodium symporter  30.04 
 
 
476 aa  222  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4554  melibiose:sodium symporter  30.04 
 
 
476 aa  222  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4563  melibiose:sodium symporter  30.04 
 
 
476 aa  222  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4694  melibiose:sodium symporter  30.04 
 
 
476 aa  222  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.772252  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1065  Na+/lactose symporter related transporter  30.5 
 
 
639 aa  219  6e-56  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0728  Na+/xyloside symporter  28.21 
 
 
495 aa  207  5e-52  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0449813  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1768  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  29.81 
 
 
650 aa  207  5e-52  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.00000000025521  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1086  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  27.54 
 
 
640 aa  201  1.9999999999999998e-50  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0748  sodium:glactoside symporter family protein  29.21 
 
 
454 aa  177  2e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.329176  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0764  sugar glycoside-pentoside-hexuronide (GPH):cation symporter family protein  29.21 
 
 
454 aa  177  4e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00819234  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002666  galactose permease  28.85 
 
 
462 aa  154  2.9999999999999998e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0789  glucuronide transporter  26.13 
 
 
469 aa  145  1e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1614  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  25 
 
 
448 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0329184  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3314  glucuronide transporter  23.71 
 
 
457 aa  132  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0733  sodium:glactoside symporter family protein  24.34 
 
 
465 aa  130  6e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.958172  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0709  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  25.05 
 
 
474 aa  130  7.000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0195  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  25.05 
 
 
474 aa  130  7.000000000000001e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0477575 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0781  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  25.05 
 
 
474 aa  129  9.000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2992  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  23.83 
 
 
472 aa  129  1.0000000000000001e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3732  sugar:cation symporter family protein  25.86 
 
 
443 aa  127  3e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.170381  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2327  glucuronide transporter  24.52 
 
 
457 aa  126  9e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1583  glucuronide transporter  23.97 
 
 
457 aa  125  2e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2026  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  24.09 
 
 
457 aa  123  6e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.232812  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1691  glucuronide transporter  24.09 
 
 
457 aa  123  6e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1824  glucuronide transporter  23.87 
 
 
457 aa  123  6e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01585  glucuronide transporter  23.87 
 
 
457 aa  123  9e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01575  hypothetical protein  23.87 
 
 
457 aa  123  9e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.845658  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1269  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  25.98 
 
 
465 aa  123  9e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.727469  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2993  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  26.4 
 
 
475 aa  122  1.9999999999999998e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.624539  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0657  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  26.35 
 
 
465 aa  121  1.9999999999999998e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.242235  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3957  putative transporter  24.07 
 
 
460 aa  121  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4076  putative transporter  24.07 
 
 
460 aa  120  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.591118  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3967  putative transporter  24.07 
 
 
460 aa  120  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.286007  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4030  putative transporter  24.07 
 
 
460 aa  120  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4014  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  25.93 
 
 
466 aa  120  6e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.85917  normal  0.255078 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3708  sugar:cation symporter family protein  24.27 
 
 
442 aa  119  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0070  putative transporter  24.4 
 
 
464 aa  118  1.9999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.602143  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0701  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  25.47 
 
 
478 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.657348  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0936  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  26.88 
 
 
478 aa  117  5e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1395  hypothetical protein  24.59 
 
 
443 aa  116  8.999999999999998e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00525698 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3175  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  25.71 
 
 
442 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0664881  normal  0.904255 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1130  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  26.22 
 
 
441 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0456  putative symporter YagG  26.13 
 
 
459 aa  115  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0319555 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3350  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  26.19 
 
 
477 aa  115  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0162  Na+/galactoside symporter  24.58 
 
 
468 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1315  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  24.45 
 
 
442 aa  113  6e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03761  predicted transporter  21.65 
 
 
467 aa  113  8.000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5322  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter family protein  21.43 
 
 
467 aa  113  8.000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.357419 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03710  hypothetical protein  21.65 
 
 
467 aa  113  8.000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1215  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  25.72 
 
 
441 aa  113  9e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.525269  normal  0.0570071 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3697  sugar:cation symporter family protein  22.27 
 
 
467 aa  112  1.0000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.455392  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1182  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  25.78 
 
 
441 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.020658  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4261  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter family protein  21.43 
 
 
467 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0170  Na+/galactoside symporter  24.24 
 
 
468 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.671323  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0162  Na+/galactoside symporter  24.24 
 
 
468 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0163  Na+/galactoside symporter  24.16 
 
 
468 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0167  Na+/galactoside symporter  24.24 
 
 
468 aa  112  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.774115  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4110  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  22.03 
 
 
467 aa  111  3e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2284  putative cation symporter  21.86 
 
 
461 aa  111  3e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00974122 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4399  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter family protein  21.43 
 
 
467 aa  110  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4000  putative transporter  23.06 
 
 
460 aa  110  5e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.947516  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0048  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  22.84 
 
 
460 aa  110  7.000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3335  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  24.78 
 
 
460 aa  110  7.000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.736057  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1144  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  23.75 
 
 
468 aa  110  7.000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_010468  EcolC_0054  putative transporter  22.84 
 
 
460 aa  110  7.000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.320086 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3868  putative transporter  22.84 
 
 
479 aa  109  8.000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_009801  EcE24377A_4161  putative transporter  22.84 
 
 
479 aa  109  8.000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_010658  SbBS512_E4108  putative transporter  22.84 
 
 
479 aa  109  1e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03515  predicted transporter  22.84 
 
 
460 aa  108  2e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.371706  n/a   
 
 
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NC_012892  B21_03467  hypothetical protein  22.84 
 
 
460 aa  108  2e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.333065  n/a   
 
 
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NC_010717  PXO_02748  cation symporter  23.4 
 
 
462 aa  108  2e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_011353  ECH74115_5030  putative transporter  22.84 
 
 
460 aa  107  3e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_011205  SeD_A4405  glucuronide carrier protein  22.54 
 
 
473 aa  106  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.196167  normal 
 
 
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NC_010506  Swoo_1146  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  24.51 
 
 
442 aa  106  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_008531  LEUM_1245  Na+/xyloside symporter related transporter  20.84 
 
 
467 aa  105  2e-21  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_009441  Fjoh_4954  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  22.98 
 
 
463 aa  105  2e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0843133  n/a   
 
 
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NC_011094  SeSA_A4227  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  22.25 
 
 
473 aa  105  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_007954  Sden_2608  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  25.41 
 
 
442 aa  104  3e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_011083  SeHA_C4339  putative permease  22.42 
 
 
474 aa  104  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_011149  SeAg_B4248  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  22.42 
 
 
472 aa  104  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_011080  SNSL254_A4293  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  22.42 
 
 
472 aa  104  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0966548  normal 
 
 
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NC_011353  ECH74115_5323  sugar transporter family protein  21.57 
 
 
461 aa  103  6e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.333242 
 
 
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NC_011205  SeD_A4406  inner membrane symporter YihP  21.35 
 
 
460 aa  102  1e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0907861  normal 
 
 
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