More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5862 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_5600  succinic semialdehyde dehydrogenase  81.74 
 
 
484 aa  790    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.637375 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4998  succinic semialdehyde dehydrogenase  69.42 
 
 
489 aa  686    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4416  succinic semialdehyde dehydrogenase  80 
 
 
485 aa  787    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5862  succinate semialdehyde dehydrogenase  100 
 
 
485 aa  984    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.211994  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5024  succinic semialdehyde dehydrogenase  79.18 
 
 
485 aa  768    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.597938 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4969  succinic semialdehyde dehydrogenase  76.03 
 
 
482 aa  737    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.506966  normal  0.048465 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1587  succinic semialdehyde dehydrogenase  63.9 
 
 
489 aa  622  1e-177  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1481  succinate-semialdehyde dehydrogenase  63.08 
 
 
489 aa  616  1e-175  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.670932  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5660  succinate semialdehyde dehydrogenase  61.75 
 
 
484 aa  617  1e-175  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1820  succinate-semialdehyde dehydrogenase  63.29 
 
 
489 aa  617  1e-175  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0808  succinate-semialdehyde dehydrogenase  63.29 
 
 
489 aa  617  1e-175  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0492  succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)  63.29 
 
 
489 aa  617  1e-175  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.27369  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2125  succinate-semialdehyde dehydrogenase  63.29 
 
 
489 aa  617  1e-175  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.481281  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0394  succinic semialdehyde dehydrogenase  63.29 
 
 
489 aa  617  1e-175  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.41264  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4662  succinic semialdehyde dehydrogenase  60.79 
 
 
493 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2120  succinate-semialdehyde dehydrogenase  63.29 
 
 
489 aa  612  9.999999999999999e-175  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.71661  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2936  succinate semialdehyde dehydrogenase  63.49 
 
 
485 aa  612  9.999999999999999e-175  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.890492  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2774  succinic semialdehyde dehydrogenase  59.3 
 
 
486 aa  608  1e-173  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0279  succinate semialdehyde dehydrogenase  61.81 
 
 
489 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.89832  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5242  succinic semialdehyde dehydrogenase  61.6 
 
 
489 aa  604  9.999999999999999e-173  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.426538  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3732  succinic semialdehyde dehydrogenase  63.02 
 
 
485 aa  601  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.253461  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1976  succinate semialdehyde dehydrogenase  59.59 
 
 
496 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.275824  normal  0.526034 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3363  succinic semialdehyde dehydrogenase  62.03 
 
 
489 aa  604  1.0000000000000001e-171  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.159343 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4712  succinic semialdehyde dehydrogenase  61.6 
 
 
489 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4850  succinic semialdehyde dehydrogenase  59.5 
 
 
486 aa  599  1e-170  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4908  succinic semialdehyde dehydrogenase  61.39 
 
 
489 aa  600  1e-170  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3004  succinic semialdehyde dehydrogenase  61.39 
 
 
489 aa  600  1e-170  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1691  succinic semialdehyde dehydrogenase  59.34 
 
 
484 aa  600  1e-170  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.943711  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5362  succinic semialdehyde dehydrogenase  61.39 
 
 
489 aa  600  1e-170  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0257  succinate-semialdehyde dehydrogenase  63.84 
 
 
485 aa  597  1e-169  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49080  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  59.75 
 
 
483 aa  595  1e-169  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.133526  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1640  succinate-semialdehyde dehydrogenase  63.31 
 
 
483 aa  592  1e-168  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.37932  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2207  succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)  60.25 
 
 
480 aa  591  1e-168  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.335018  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1588  succinate-semialdehyde dehydrogenase  63.1 
 
 
483 aa  588  1e-167  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.985863  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0149  succinic semialdehyde dehydrogenase  62.6 
 
 
485 aa  590  1e-167  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3395  succinate semialdehyde dehydrogenase  58.06 
 
 
509 aa  589  1e-167  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.610857  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0173  succinic semialdehyde dehydrogenase  60.76 
 
 
479 aa  588  1e-167  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4942  succinate-semialdehyde dehydrogenase I, NADP-dependent  58.95 
 
 
482 aa  588  1e-167  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.498743  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4421  succinic semialdehyde dehydrogenase  60.76 
 
 
479 aa  588  1e-167  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0951  succinic semialdehyde dehydrogenase  59.58 
 
 
482 aa  584  1e-166  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1045  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  57.83 
 
 
482 aa  582  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0300  succinate-semialdehyde dehydrogenase  58.53 
 
 
480 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1093  succinic semialdehyde dehydrogenase  57.97 
 
 
486 aa  583  1.0000000000000001e-165  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3903  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  57.62 
 
 
482 aa  582  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.85959 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0517  succinic semialdehyde dehydrogenase  58.88 
 
 
486 aa  582  1.0000000000000001e-165  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000530591  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2781  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  57.62 
 
 
482 aa  583  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.610238 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3722  succinic semialdehyde dehydrogenase  60.95 
 
 
500 aa  583  1.0000000000000001e-165  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2991  succinic semialdehyde dehydrogenase  58.47 
 
 
485 aa  584  1.0000000000000001e-165  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.6539300000000001e-18 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2941  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  57.83 
 
 
482 aa  582  1.0000000000000001e-165  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3399  succinic semialdehyde dehydrogenase  60.74 
 
 
500 aa  584  1.0000000000000001e-165  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.547981  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1275  succinic semialdehyde dehydrogenase  61.84 
 
 
483 aa  582  1.0000000000000001e-165  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4617  succinic semialdehyde dehydrogenase  60.91 
 
 
488 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.224958  normal  0.233649 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4355  succinic semialdehyde dehydrogenase  59.12 
 
 
493 aa  579  1e-164  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00805728 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4999  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  59.29 
 
 
480 aa  581  1e-164  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.354077  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0237  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  59.08 
 
 
480 aa  578  1e-164  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02517  succinate-semialdehyde dehydrogenase I, NADP-dependent  57.62 
 
 
482 aa  580  1e-164  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0213  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  59.29 
 
 
480 aa  580  1e-164  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.246043 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0091  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  58.11 
 
 
480 aa  578  1e-164  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1292  succinic semialdehyde dehydrogenase  58.06 
 
 
485 aa  580  1e-164  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00190928  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2796  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  57.62 
 
 
482 aa  580  1e-164  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0228  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  59.29 
 
 
480 aa  580  1e-164  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.927727 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02481  hypothetical protein  57.62 
 
 
482 aa  580  1e-164  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1022  succinic semialdehyde dehydrogenase  57.2 
 
 
482 aa  577  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0786  succinic semialdehyde dehydrogenase  59.63 
 
 
493 aa  576  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1099  succinic semialdehyde dehydrogenase  58.53 
 
 
482 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.681795  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6301  succinic semialdehyde dehydrogenase  59.12 
 
 
492 aa  575  1.0000000000000001e-163  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0343  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  57.47 
 
 
483 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3193  succinic semialdehyde dehydrogenase  61.39 
 
 
480 aa  577  1.0000000000000001e-163  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2402  succinic semialdehyde dehydrogenase  59.34 
 
 
490 aa  574  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.341651 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1756  succinate-semialdehyde dehydrogenase (NADP+)  58.8 
 
 
491 aa  574  1.0000000000000001e-162  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1171  succinic semialdehyde dehydrogenase  57.89 
 
 
482 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0195542  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0231  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  58.09 
 
 
483 aa  574  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1113  succinic semialdehyde dehydrogenase  58.11 
 
 
482 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2988  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  57.47 
 
 
482 aa  573  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.853074  normal  0.0957266 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0100  succinic semialdehyde dehydrogenase  60.13 
 
 
484 aa  573  1.0000000000000001e-162  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3092  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  57.47 
 
 
482 aa  572  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5115  succinate semialdehyde dehydrogenase  56.43 
 
 
489 aa  573  1.0000000000000001e-162  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.891091 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3187  succinic semialdehyde dehydrogenase  57.89 
 
 
482 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.450535  normal  0.0362336 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2971  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  57.47 
 
 
482 aa  574  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0217153 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3191  succinate semialdehyde dehydrogenase  57.47 
 
 
483 aa  572  1.0000000000000001e-162  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2493  succinate semialdehyde dehydrogenase  60.21 
 
 
490 aa  573  1.0000000000000001e-162  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.295666 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03430  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  57.05 
 
 
483 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.59013  hitchhiker  1.44142e-17 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1204  succinic semialdehyde dehydrogenase  57.89 
 
 
482 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.160081  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2904  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  57.47 
 
 
482 aa  574  1.0000000000000001e-162  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3225  succinic semialdehyde dehydrogenase  58.51 
 
 
486 aa  569  1e-161  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00532289  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3441  succinate semialdehyde dehydrogenase  57.98 
 
 
479 aa  568  1e-161  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.301737  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3748  succinate semialdehyde dehydrogenase  59.79 
 
 
484 aa  571  1e-161  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4681  succinic semialdehyde dehydrogenase  58.26 
 
 
492 aa  568  1e-161  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0187  succinate-semialdehyde dehydrogenase I  57.08 
 
 
480 aa  571  1e-161  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3222  succinic semialdehyde dehydrogenase  57.14 
 
 
484 aa  568  1e-161  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0028  succinate-semialdehyde dehydrogenase oxidoreductase protein  61.03 
 
 
497 aa  568  1e-160  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4208  succinate semialdehyde dehydrogenase  57.85 
 
 
500 aa  565  1e-160  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.485625  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8306  succinic semialdehyde dehydrogenase  58.26 
 
 
493 aa  566  1e-160  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.985186  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0909  succinic semialdehyde dehydrogenase  57.44 
 
 
488 aa  565  1e-160  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.107387  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0112  succinic semialdehyde dehydrogenase  57.23 
 
 
484 aa  565  1e-160  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0274  succinic semialdehyde dehydrogenase  58.84 
 
 
492 aa  563  1.0000000000000001e-159  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4443  succinic semialdehyde dehydrogenase  58.3 
 
 
483 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.094172 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2913  succinate semialdehyde dehydrogenase  59.7 
 
 
482 aa  561  1.0000000000000001e-159  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0320472  normal  0.673658 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2995  succinate semialdehyde dehydrogenase  59.92 
 
 
482 aa  562  1.0000000000000001e-159  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0765297  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3004  succinic semialdehyde dehydrogenase  58.02 
 
 
482 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>