More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5235 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5235  oxidoreductase protein  100 
 
 
275 aa  563  1.0000000000000001e-159  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.79 
 
 
277 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.44916 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1440  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.48 
 
 
277 aa  135  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.313918 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.33 
 
 
282 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.390824  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1627  oxidoreductase  33.84 
 
 
255 aa  121  9.999999999999999e-27  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.06 
 
 
339 aa  116  3e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.11 
 
 
258 aa  112  5e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.461582  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.45 
 
 
248 aa  112  5e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0361624 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.8 
 
 
264 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2848  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.23 
 
 
246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.65 
 
 
246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3370  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.57 
 
 
285 aa  109  5e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.976299 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0729  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.24 
 
 
259 aa  109  5e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.503076  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5584  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.16 
 
 
344 aa  109  6e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.753226  normal  0.910238 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.39 
 
 
253 aa  109  6e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.29 
 
 
249 aa  108  8.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0293  short chain dehydrogenase  33.98 
 
 
267 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.58 
 
 
252 aa  108  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2393  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.33 
 
 
247 aa  107  2e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.114782  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4381  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.68 
 
 
248 aa  106  5e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.297747  hitchhiker  0.00314525 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2676  short chain dehydrogenase  30.62 
 
 
264 aa  105  6e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.989358 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.99 
 
 
258 aa  105  7e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1889  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.94 
 
 
256 aa  105  1e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3779  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.68 
 
 
266 aa  104  1e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00111461  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0458  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.79 
 
 
257 aa  104  1e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.706164 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3101  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.35 
 
 
280 aa  104  1e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.300242  normal  0.231356 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0375  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.47 
 
 
254 aa  104  2e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.187579 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0726  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.28 
 
 
366 aa  103  2e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.642345  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.82 
 
 
257 aa  104  2e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000174096  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2049  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  26.22 
 
 
230 aa  103  3e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.96 
 
 
251 aa  103  3e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1782  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.45 
 
 
244 aa  103  3e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.788783  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.67 
 
 
251 aa  103  4e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000426585  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.67 
 
 
251 aa  103  4e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.236394  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2713  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.08 
 
 
266 aa  103  4e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1974  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.74 
 
 
258 aa  102  5e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.13 
 
 
247 aa  102  5e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3472  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.24 
 
 
254 aa  102  6e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.52 
 
 
258 aa  102  7e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1902  short chain dehydrogenase  30.89 
 
 
269 aa  102  7e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0327948  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3438  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.16 
 
 
252 aa  102  7e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2910  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.55 
 
 
251 aa  102  8e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.640216  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0301  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.96 
 
 
305 aa  102  8e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0783167 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1686  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.74 
 
 
269 aa  102  9e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.292744  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3968  short chain dehydrogenase  29.8 
 
 
269 aa  101  1e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0231224  normal  0.018096 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5815  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.17 
 
 
270 aa  101  1e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.309971 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3415  short chain dehydrogenase  31.06 
 
 
268 aa  101  1e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.560569  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.41 
 
 
275 aa  102  1e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.433019  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4325  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.25 
 
 
250 aa  100  2e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00118279  normal  0.0328571 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0468  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.05 
 
 
257 aa  101  2e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1785  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  35.23 
 
 
250 aa  100  2e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0427  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.05 
 
 
256 aa  100  2e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4265  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  31.25 
 
 
250 aa  100  2e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1914  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.66 
 
 
255 aa  100  2e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.142248  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3950  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.51 
 
 
246 aa  101  2e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.661417  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1293  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.51 
 
 
246 aa  101  2e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.252649  hitchhiker  0.0000000000000846656 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4636  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.75 
 
 
254 aa  100  3e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3893  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.51 
 
 
246 aa  100  3e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.34 
 
 
248 aa  100  3e-20  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0408  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.04 
 
 
240 aa  100  3e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1562  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.69 
 
 
275 aa  100  3e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0498761  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0026  short chain dehydrogenase  33.62 
 
 
319 aa  100  3e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.122051  normal  0.68068 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0437  short chain dehydrogenase  30.7 
 
 
267 aa  100  3e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3702  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.51 
 
 
246 aa  99.8  4e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.852261  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3592  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.51 
 
 
246 aa  99.8  4e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3610  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.51 
 
 
246 aa  99.8  4e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3989  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.51 
 
 
246 aa  99.8  4e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0408742  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1055  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.21 
 
 
258 aa  99.8  4e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.8 
 
 
258 aa  99.8  4e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.500717  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.8 
 
 
258 aa  99.8  4e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3865  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.51 
 
 
246 aa  99.8  4e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.78131e-47 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.8 
 
 
258 aa  99.8  4e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2690  short chain dehydrogenase  31.22 
 
 
255 aa  99.8  4e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3674  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.51 
 
 
246 aa  99.8  5e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.119797  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2801  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.29 
 
 
249 aa  99.8  5e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.24 
 
 
264 aa  99.8  5e-20  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0281  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.31 
 
 
250 aa  99.4  5e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0874808  normal  0.889529 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0395  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.62 
 
 
275 aa  99.8  5e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0438  short chain dehydrogenase  31.88 
 
 
267 aa  99.4  6e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0130  short chain dehydrogenase  30.19 
 
 
265 aa  99  7e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.727225  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2453  short chain dehydrogenase  30.38 
 
 
261 aa  99  7e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05081  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  34.72 
 
 
250 aa  99  7e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.162194 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0112  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.98 
 
 
244 aa  99  8e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7039  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.77 
 
 
258 aa  99  8e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.607221 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5709  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.97 
 
 
347 aa  99  8e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0723  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.76 
 
 
275 aa  99  8e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.158642  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3899  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  32.98 
 
 
246 aa  99  8e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000498723  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.61 
 
 
252 aa  98.6  9e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01434  Short chain dehydrogenase family protein  29.41 
 
 
239 aa  98.6  9e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  33.51 
 
 
249 aa  97.8  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2238  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.69 
 
 
317 aa  98.2  1e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33 
 
 
282 aa  98.2  1e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0441  short chain dehydrogenase  30.26 
 
 
267 aa  98.2  1e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3588  short chain dehydrogenase  30.26 
 
 
267 aa  98.6  1e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0579  short chain dehydrogenase  32.98 
 
 
336 aa  98.6  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4738  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.36 
 
 
260 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.9226  normal  0.284155 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0185  short chain dehydrogenase  31.58 
 
 
256 aa  97.4  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0085  gluconate 5-dehydrogenase  31.25 
 
 
256 aa  97.4  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.81 
 
 
255 aa  97.4  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.710312  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1484  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.89 
 
 
260 aa  97.1  2e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.591298  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>