247 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2795 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2795  transcriptional regulator  100 
 
 		 230 aa  471  1e-132  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.131484  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2513  transcriptional regulator, MerR family  51.92 
 
 		 230 aa  209  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.106172  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2769  transcriptional regulator, MerR family  49.1 
 
 		 230 aa  207  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.545239  normal  0.552398 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2106  MerR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 156 aa  67.8  0.0000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.63412  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1538  MerR family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 153 aa  63.9  0.000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.129222  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001544  predicted transcriptional regulator LiuR of leucine degradation pathway MerR family  38.1 
 
 		 124 aa  63.2  0.000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0132  MerR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 160 aa  61.2  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.159933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0024  MerR family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 156 aa  61.2  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0461  MerR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 174 aa  61.2  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0313707  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02411  Transcriptional regulator, MerR family protein  33.04 
 
 		 151 aa  61.2  0.00000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2820  MerR family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 176 aa  60.8  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.218132  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0091  MerR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 138 aa  60.8  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.266234  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1604  MerR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 132 aa  60.1  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.408044  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0464  transcriptional regulator, MerR family  38.46 
 
 		 134 aa  58.5  0.00000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000376  predicted transcriptional regulator LiuR of leucine degradation pathway MerR family  42.5 
 
 		 128 aa  58.2  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4252  MerR family transcriptional regulator  38.39 
 
 		 134 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.285942  normal  0.211109 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05481  hypothetical protein  38.81 
 
 		 127 aa  57.8  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2996  transcriptional regulator, MerR family  29.84 
 
 		 152 aa  57  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0102  regulatory protein, MerR  35.71 
 
 		 130 aa  57  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0004  MerR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 169 aa  57.4  0.0000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2120  MerR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 147 aa  57  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00663209  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1994  MerR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 135 aa  56.6  0.0000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2806  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  31.48 
 
 		 158 aa  56.6  0.0000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.37472  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3791  MerR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 149 aa  56.2  0.0000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.23211 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2244  regulatory protein, MerR  33.33 
 
 		 135 aa  55.5  0.0000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4442  MerR family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 145 aa  55.1  0.0000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0160175 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2743  transcriptional regulator, MerR family  35.21 
 
 		 130 aa  55.1  0.0000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.785681  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2972  MerR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 135 aa  55.1  0.0000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.54764  normal  0.504684 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2845  MerR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 135 aa  55.1  0.0000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1459  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 132 aa  55.1  0.0000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.425414 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0181  MerR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 144 aa  55.1  0.0000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.911706  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1898  transcriptional regulator, putative  33.33 
 
 		 134 aa  54.7  0.000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0576  MerR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 134 aa  54.7  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0456359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2321  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 134 aa  54.7  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2393  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 134 aa  54.7  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.790409 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2726  transcriptional regulator, MerR family protein  31.43 
 
 		 136 aa  54.3  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.505695  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1531  transcriptional regulator, MerR family  33.33 
 
 		 135 aa  54.7  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.152534  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1673  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 134 aa  54.7  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2827  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 135 aa  54.7  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2472  regulatory protein, MerR  38.46 
 
 		 130 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0886191 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5291  transcriptional regulator, MerR family  40.66 
 
 		 145 aa  53.5  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0253946  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1311  MerR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 132 aa  54.3  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0266  transcriptional regulator, MerR family  37.84 
 
 		 161 aa  54.3  0.000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00988584 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3063  MerR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 142 aa  53.5  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.858131  normal  0.492052 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2851  transcriptional regulator, MerR family  35.14 
 
 		 135 aa  54.3  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2569  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 133 aa  53.9  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3273  regulatory protein GnyR  36.9 
 
 		 134 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2796  MerR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 132 aa  53.5  0.000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1053  MerR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 173 aa  53.5  0.000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.582501 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0267  MerR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 152 aa  52.8  0.000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2924  MerR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 131 aa  53.1  0.000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1094  MerR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 159 aa  52.8  0.000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3539  transcriptional regulator, putative  32.93 
 
 		 132 aa  52.8  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2235  MerR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 132 aa  52.8  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2385  MerR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 132 aa  52.8  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.857198 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1944  MerR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 132 aa  52.8  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0920422  hitchhiker  0.000346668 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1720  MerR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 134 aa  52.4  0.000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1363  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 134 aa  52.4  0.000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.381305 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0820  MerR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 131 aa  52  0.000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.575513  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0770  MerR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 151 aa  52  0.000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.744449  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3609  transcriptional regulator, MerR family  39.39 
 
 		 288 aa  52.4  0.000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.279155  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0339  MerR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 253 aa  51.6  0.000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.841288 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3222  MerR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 132 aa  52  0.000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.012049 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2489  putative transcriptional regulator, MerR family  30.61 
 
 		 162 aa  51.2  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00633728 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3653  MerR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 133 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0576381 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4538  transcriptional activator for superoxide response; Fe-S center for redox-sensing (MerR family)  35.21 
 
 		 169 aa  51.2  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.485722  normal  0.455986 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1556  MerR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 133 aa  51.6  0.00001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.659749  normal  0.641907 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4525  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  40.91 
 
 		 154 aa  51.2  0.00001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38430  regulatory gene of gnyRDBHAL cluster, GnyR  35.71 
 
 		 134 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.187805 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3099  MerR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 143 aa  51.6  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00609185  decreased coverage  0.00847969 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4525  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  40.62 
 
 		 152 aa  50.4  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2386  MerR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 255 aa  50.8  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4661  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  40.62 
 
 		 152 aa  50.4  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0926  transcriptional regulator, MerR family  35.21 
 
 		 144 aa  50.4  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.129238  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2969  MerR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 130 aa  50.8  0.00002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0979935  normal  0.0797223 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4610  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  40.62 
 
 		 152 aa  50.4  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.327282 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0745  aldo/keto reductase  32.65 
 
 		 449 aa  50.4  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4517  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  40.62 
 
 		 152 aa  50.4  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0840  transcriptional regulator  36.71 
 
 		 133 aa  50.4  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.413569 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4611  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  40.62 
 
 		 152 aa  50.4  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0111034  normal  0.796254 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1864  MerR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 198 aa  50.8  0.00002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1189  MerR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 156 aa  50.8  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06555  Zn(II)-responsive regulator of ZntA  34.78 
 
 		 145 aa  50.1  0.00003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0280  putative transcription regulator protein  30.08 
 
 		 165 aa  49.7  0.00004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0843024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2292  MerR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 131 aa  49.7  0.00004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4735  transcriptional regulator, MerR family  31.43 
 
 		 132 aa  49.7  0.00004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03935  DNA-binding transcriptional dual regulator, Fe-S center for redox-sensing  39.39 
 
 		 154 aa  49.3  0.00005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.015828  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3929  transcriptional regulator, MerR family  39.39 
 
 		 154 aa  49.3  0.00005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4305  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  39.39 
 
 		 154 aa  49.3  0.00005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000675  redox-sensitive transcriptional activator soxR  34.78 
 
 		 143 aa  49.3  0.00005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.27209  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4581  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  39.39 
 
 		 154 aa  49.3  0.00005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3964  MerR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 154 aa  49.3  0.00005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0321214 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03895  hypothetical protein  39.39 
 
 		 154 aa  49.3  0.00005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0184757  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4616  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  39.39 
 
 		 154 aa  49.3  0.00005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5566  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  39.39 
 
 		 154 aa  49.3  0.00005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.953635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2034  MerR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 128 aa  49.3  0.00005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.327556  normal  0.554633 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02196  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  36.71 
 
 		 148 aa  48.9  0.00006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0537  MerR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 160 aa  48.9  0.00007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.400616  normal  0.698337 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49570  transcriptional regulatory protein, MerR family  34.38 
 
 		 133 aa  48.9  0.00007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0397848  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5131  MerR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 166 aa  47.8  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.533425  normal  0.589756 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>